seqshoworfs

Последовательно отображать открытые рамки считывания

Синтаксис

seqshoworfs(SeqNT) seqshoworfs(SeqNT, ...'Frames', FramesValue, ...) seqshoworfs(SeqNT, ...'GeneticCode', GeneticCodeValue, ...) seqshoworfs(SeqNT, ...'MinimumLength', MinimumLengthValue, ...) seqshoworfs(SeqNT, ...'AlternativeStartCodons', AlternativeStartCodonsValue, ...) seqshoworfs(SeqNT, ...'Color', ColorValue, ...) seqshoworfs(SeqNT, ...'Columns', ColumnsValue, ...)

Аргументы

`SeqNT`	Нуклеотидная последовательность. Введите вектор символа или строку с помощью `A`, `T` (`U`), `G`, `C`, и многозначные символы `R`, `Y`, `K`, `M`, `S`, `W`, `B`, `D`, `H`, `V`, `N`, или вектор целых чисел. Можно также ввести структуру с полем. `Sequence`.
`FramesValue`	Свойство для выбора фрейма. Войти `1`, `2`, `3`, `-1`, `-2`, `-3`, введите вектор с целыми числами или `'all'`. Значение по умолчанию - вектор `[1 2 3]`. Структуры `-1`, `-2`, и `-3` соответствуют первому, второму и третьему кадрам считывания для обратного дополнения.
`GeneticCodeValue`	Имя генетического кода. Введите кодовый номер или кодовое имя из таблицы Генетический код.
`MinimumLengthValue`	Свойство для установки минимального количества кодонов в ORF.
`AlternativeStartCodonsValue`	Свойство для контроля с использованием альтернативных стартовых кодонов. Введите либо `true` или `false`. Значение по умолчанию: `false`.
`ColorValue`	Цвет для выделения рамки считывания. Укажите одно из следующих значений: Трехэлементный числовой вектор значений RGB Символьный вектор или строка, содержащая предварительно определенный однобуквенный цветовой код Символьный вектор или строка, содержащая предопределенное имя цвета Например, для использования голубого введите `[0 1 1]`, `'c'`, или `'cyan'`. Дополнительные сведения об указании цветов см. в разделе Параметры цвета. Чтобы задать различные цвета для трех рамок чтения, используйте `1`около-`3` массив ячеек значений цвета. При отображении кадров обратного чтения дополнения используйте `1`около-`6` массив ячеек значений цвета. Цветовая схема по умолчанию - синяя для первого кадра считывания, красная для второго и зеленая для третьего.
`ColumnsValue`	Свойство для указания количества столбцов в выходных данных.

Генетический код

Кодовый номер	Кодовое имя
`1`	`Standard`
`2`	`Vertebrate Mitochondrial`
`3`	`Yeast Mitochondrial`
`4`	`Mold`, `Protozoan`, `Coelenterate Mitochondrial`, и `Mycoplasma/Spiroplasma`
`5`	`Invertebrate Mitochondrial`
`6`	`Ciliate`, `Dasycladacean`, и `Hexamita Nuclear`
`9`	`Echinoderm Mitochondrial`
`10`	`Euplotid Nuclear`
`11`	`Bacterial` и `Plant Plastid`
`12`	`Alternative Yeast Nuclear`
`13`	`Ascidian Mitochondrial`
`14`	`Flatworm Mitochondrial`
`15`	`Blepharisma Nuclear`
`16`	`Chlorophycean Mitochondrial`
`21`	`Trematode Mitochondrial`
`22`	`Scenedesmus Obliquus Mitochondrial`
`23`	`Thraustochytrium Mitochondrial`

Описание

seqshoworfs идентифицирует и выделяет все открытые рамки считывания с использованием стандарта или альтернативного генетического кода.

seqshoworfs(SeqNT) отображает последовательность с выделенными открытыми кадрами считывания и возвращает структуру начальных и конечных позиций для каждого ORF в каждом кадре считывания. Стандартный генетический код используется с стартовым кодоном 'AUG' и стоп-кодоны 'UAA', 'UAG', и 'UGA'.

seqshoworfs(SeqNT, ...'PropertyName', PropertyValue, ...) требования seqshoworfs с необязательными свойствами, использующими пары имя/значение свойства. Можно указать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и не чувствителен к регистру. Эти пары имя/значение свойства следующие:

seqshoworfs(SeqNT, ...'Frames', FramesValue, ...) определяет отображаемые кадры чтения. По умолчанию отображаются первые, вторые и третьи кадры считывания с выделенными в каждом кадре ORF.

seqshoworfs(SeqNT, ...'GeneticCode', GeneticCodeValue, ...) указывает генетический код, используемый для поиска открытых кадров чтения.

seqshoworfs(SeqNT, ...'MinimumLength', MinimumLengthValue, ...) устанавливает минимальное количество кодонов для ORF, которое должно считаться действительным. Значение по умолчанию: 10.

seqshoworfs(SeqNT, ...'AlternativeStartCodons', AlternativeStartCodonsValue, ...) использует альтернативные начальные кодоны, если AlternativeStartCodons имеет значение true. Например, в митохондриальном генетическом коде человека AUA и AUU известны альтернативные стартовые кодоны. Дополнительные сведения об альтернативных стартовых кодонах см. в разделе

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Utils/wprintgc.cgi?mode=t#SG1

seqshoworfs(SeqNT, ...'Color', ColorValue, ...) указывает цвет, используемый для выделения открытых рамок считывания на выходном дисплее. Цветовая схема по умолчанию - синяя для первого кадра считывания, красная для второго и зеленая для третьего.

seqshoworfs(SeqNT, ...'Columns', ColumnsValue, ...) указывает количество столбцов в строке для использования в выходных данных. Значение по умолчанию: 64.

Примеры

Отображение открытых рамок считывания в случайной нуклеотидной последовательности.

s = randseq(200, 'alphabet', 'dna');
seqshoworfs(s);

Отображение открытых рамок считывания в последовательности GenBank ®.

HLA_DQB1 = getgenbank('NM_002123');
seqshoworfs(HLA_DQB1.Sequence);

Подробнее

свернуть все

Параметры цвета

Ниже перечислены предопределенные цвета и их эквиваленты RGB-триплетов. Краткие и длинные имена являются векторами символов, задающими один из восьми заданных цветов. Триплет RGB представляет собой трехэлементный вектор строки, элементы которого задают интенсивности красной, зеленой и синей составляющих цвета; интенсивности должны находиться в диапазоне [0 1].

Триплет RGB	Краткое имя	Длинное имя
`[1 1 0]`	`y`	`yellow`
`[1 0 1]`	`m`	`magenta`
`[0 1 1]`	`c`	`cyan`
`[1 0 0]`	`r`	`red`
`[0 1 0]`	`g`	`green`
`[0 0 1]`	`b`	`blue`
`[1 1 1]`	`w`	`white`
`[0 0 0]`	`k`	`black`

См. также

Представлен до R2006a

Документация