soapread

Считывание данных из файла пакета анализа коротких олигонуклеотидов (SOAP)

Синтаксис

SOAPStruct = soapread(File) SOAPStruct = soapread(File,Name,Value)

Описание

SOAPStruct = soapread(File) читает File, файл в формате SOAP (версия 2.15) и возвращает данные в SOAPStruct, массив структур MATLAB ®.

SOAPStruct = soapread(File,Name,Value) считывает файл в формате SOAP с дополнительными параметрами, заданными одним или несколькими Name,Value аргументы пары.

Входные аргументы

File

Символьный вектор или строка, указывающая имя файла, путь и имя файла или текст файла в формате SOAP. Если указано только имя файла, он должен находиться в пути поиска MATLAB или в текущей папке.

soapread функция считывает файлы в формате SOAP (версия 2.15).

Аргументы пары «имя-значение»

Укажите дополнительные пары, разделенные запятыми Name,Value аргументы. Name является именем аргумента и Value - соответствующее значение. Name должен отображаться внутри кавычек. Можно указать несколько аргументов пары имен и значений в любом порядке как Name1,Value1,...,NameN,ValueN.

'BlockRead'

Скаляр или вектор, который управляет считыванием одной записи последовательности или блока записей последовательности из файла в формате SOAP, содержащего несколько последовательностей. Введите скаляр N, чтобы прочитать N-я запись в файле. Введите вектор 1 на 2 [M1, M2], чтобы прочитать блок записей, начиная с M1 вход и окончание в M2 вход. Чтение всех оставшихся записей в файле, начиная с M1 введите положительное значение для M1 и введите Inf для M2.

'AlignDetails'

Логическое указание, включать или нет AlignDetails в поле SOAPStruct выходной аргумент. AlignDetails содержит информацию о несоответствиях, вставках и удалениях в трассе. Варианты: true (по умолчанию) или false.

Значение по умолчанию: true

Выходные аргументы

SOAPStruct

Массив N-by-1 структур, содержащий информацию о выравнивании последовательности и отображении из файла в формате SOAP, где N - количество записей выравнивания, сохраненных в файле в формате SOAP. Каждая структура содержит следующие поля.

Область	Описание
`QueryName`	Имя выровненной последовательности чтения.
`Sequence`	Символьный вектор, содержащий буквенные представления последовательности считывания. Это обратное дополнение, если считанная последовательность выравнивается по обратной цепи ссылочной последовательности.
`Quality`	Символьный вектор, содержащий ASCII-представление показателя качества на базу для последовательности считывания. Оценка качества изменяется на обратную, если считанная последовательность выравнивается по обратной цепи ссылочной последовательности.
`NumHits`	Общее число экземпляров, в которых эта последовательность считывания выровнена по одинаковой длине оснований в другой области ссылочной последовательности.
`PairedEndSourceFile`	Флаг (a или b), указывающий исходный файл, которому принадлежит последовательность чтения. Это поле применяется только к последовательностям чтения, парным в трассе.
`Length`	Скаляр, указывающий длину считываемой последовательности.
`Strand`	+ или − указание направления (прямого или обратного) ссылочной последовательности, по которому выравнивается считанная последовательность.
`ReferenceName`	Имя или числовой идентификатор ссылочной последовательности, по которой выравнивается считанная последовательность.
`Position`	Положение (смещение по одному) прямой опорной последовательности, где начинается крайняя левая база выравнивания считанной последовательности.
`AlignDetails`	Сведения о несоответствиях, вставках и удалениях на трассе. Для файлов в формате SOAP версии 2.15 это поле содержит строки CIGAR.

Примеры

Прочтите записи выравнивания (записи) из sample01.soap файл в массив структур MATLAB и доступ к некоторым данным:

% Read the alignment records stored in the file sample01.soap
data = soapread('sample01.soap')

data = 

17x1 struct array with fields:
    QueryName
    Sequence
    Quality
    NumHits
    PairedEndSourceFile
    Length
    Strand
    ReferenceName
    Position
    AlignDetails

% Access the quality score for the 6th entry
data(6).Quality

ans =

<>.>>>8>;:1>>>3>6>

% Determine the strand direction (forward or reverse) of the reference
% sequence to which the 12th entry aligns
data(12).Strand

ans =

-

Считывание блока записей (записей) выравнивания из sample01.soap в массив структур MATLAB:

% Read a block of six entries from a SOAP file
data_5_10 = soapread('sample01.soap','blockread', [5 10])

data_5_10 = 

6x1 struct array with fields:
    QueryName
    Sequence
    Quality
    NumHits
    PairedEndSourceFile
    Length
    Strand
    ReferenceName
    Position
    AlignDetails

Совет

Если файл в формате SOAP слишком велик для чтения с использованием доступной памяти, попробуйте выполнить одно из следующих действий:

Используйте BlockRead аргументы пары «имя-значение» для чтения подмножества записей.
Создать BioIndexedFile объект из файла в формате SOAP (с использованием 'TABLE' для Format), а затем получить доступ к записям с помощью методов BioIndexedFile класс.

Ссылки

Li, R., Yu, C., Li, Y., Lam, T., Yiu, S., Kristiansen, K. и Wang, J. (2009). SOAP2: усовершенствованный сверхбыстрый инструмент для короткой настройки чтения. Биоинформатика 25, 15, 1966-1967.

[2] Ли, Р., Ли, Я., Кристиансен, К. и Ван, Дж. (2008). SOAP: короткая программа олигонуклеотидного выравнивания. Биоинформатика 24 (5), 713-714.

См. также

bamread | fastqread | samread

Темы

Работа с данными секвенирования следующего поколения

Внешние веб-сайты

Архив для чтения последовательности

Представлен в R2010b

Документация