Представление информации эксперимента в объекте MIAME

Обзор объектов MIAME

Информацию об экспериментальных методах и условиях можно хранить в эксперименте по экспрессии генов микрочипов в объекте MIAME. Он свободно соответствует спецификации «Минимальная информация об эксперименте с микрочипами» (MIAME). Он может содержать информацию о:

Конструкция эксперимента
Используемые микрочипы
Используемые образцы
Подготовка образцов и маркировка
Процедуры и параметры гибридизации
Элементы управления нормализацией
Информация о предварительной обработке
Спецификации обработки данных

Объект MIAME включает свойства и методы, которые позволяют получать, извлекать и изменять информацию эксперимента, связанную с экспериментом с микрочипами. Эти свойства и методы полезны для просмотра и анализа информации. Список свойств и методов см. в разделе Класс MIAME.

Построение объектов MIAME

Полные сведения о построении объектов MIAME см. в разделе Класс MIAME.

Построение объекта MIAME из структуры GEO

Импорт bioma.data пакет так, чтобы MIAME функция конструктора доступна.
```
import bioma.data.*
```
Используйте getgeodata функция для возврата структуры MATLAB ®, содержащей данные серии Gene Expression Omnibus (GEO), относящиеся к регистрационному номеру GSE4616 .
```
geoStruct = getgeodata('GSE4616')

geoStruct = 

    Header: [1x1 struct]
      Data: [12488x12 bioma.data.DataMatrix]
```
Используйте MIAME функция конструктора для создания объекта MIAME из структуры.
```
MIAMEObj1 = MIAME(geoStruct);
```

Отображение информации об объекте MIAME, MIAMEObj.

MIAMEObj1 

MIAMEObj1 = 

Experiment Description:
  Author name: Mika,,Silvennoinen
Riikka,,KivelÃ¤
Maarit,,Lehti
Anna-Maria,,Touvras
Jyrki,,Komulainen
Veikko,,Vihko
Heikki,,Kainulainen
  Laboratory: LIKES - Research Center
  Contact information: Mika,,Silvennoinen
  URL: 
  PubMedIDs: 17003243
  Abstract: A 90 word abstract is available. Use the Abstract property.
  Experiment Design: A 234 word summary is available. Use the ExptDesign property.
  Other notes: 
    [1x80 char]

Построение объекта MIAME из свойств

Импорт bioma.data пакет так, чтобыMIAME функция конструктора доступна.
```
import bioma.data.*
```

Используйте MIAME функция конструктора для создания объекта MIAME с использованием отдельных свойств.

MIAMEObj2 = MIAME('investigator', 'Jane Researcher',...
                  'lab', 'One Bioinformatics Laboratory',...
                  'contact', 'jresearcher@lab.not.exist',...
                  'url', 'www.lab.not.exist',...
                  'title', 'Normal vs. Diseased Experiment',...
                  'abstract', 'Example of using expression data',...
                  'other', {'Notes:Created from a text file.'});

Отображение информации об объекте MIAME, MIAMEObj2.

MIAMEObj2

MIAMEObj2 = 

Experiment Description:
  Author name: Jane Researcher
  Laboratory: One Bioinformatics Laboratory
  Contact information: jresearcher@lab.not.exist
  URL: www.lab.not.exist
  PubMedIDs: 
  Abstract: A 4 word abstract is available. Use the Abstract property.
  No experiment design summary available.
  Other notes: 
    'Notes:Created from a text file.'

Использование свойств объекта MIAME

Для доступа к свойствам объекта MIAME используйте следующий синтаксис:

objectname.propertyname

Например, чтобы получить идентификатор PubMed публикаций, связанных с объектом MIAME:

MIAMEObj1.PubMedID

ans =

17003243

Чтобы задать свойства объекта MIAME, используйте следующий синтаксис:

objectname.propertyname = propertyvalue

Например, для установки Laboratory свойство объекта MIAME:

MIAMEObj1.Laboratory = 'XYZ Lab'

Примечание

Имена свойств чувствительны к регистру. Список и описание всех свойств объекта MIAME см. в разделе Класс MIAME.

Использование методов объекта MIAME

Для использования методов объекта MIAME используйте любой из следующих синтаксисов:

objectname.methodname

или

methodname(objectname)

Например, чтобы определить, пуст ли объект MIAME:

MIAMEObj1.isempty

ans =

     0

Примечание

Полный список методов объекта MIAME см. в разделе Класс MIAME.

Документация