bioma.data.MIAME класс

Пакет: bioma.data
Суперклассы:

Содержат экспериментальную информацию из эксперимента по экспрессии генов микрочипов

Описание

Класс MIAME предназначен для того, чтобы содержать информацию об экспериментальных методах и условиях из эксперимента по экспрессии генов микрочипов. Он свободно соответствует спецификации «Минимальная информация об эксперименте с микрочипами» (MIAME). Он может содержать информацию о:

Конструкция эксперимента
Микрочипы, используемые в эксперименте
Используемые образцы
Подготовка образцов и маркировка
Процедуры и параметры гибридизации
Элементы управления нормализацией
Информация о предварительной обработке
Спецификации обработки данных

Он обеспечивает удобный способ хранения связанной информации об эксперименте с микрочипами в одной структуре данных (объекте).

Класс MIAME включает свойства и методы, которые позволяют получать, извлекать и изменять информацию эксперимента, связанную с экспериментом с микрочипами. Эти свойства и методы полезны для просмотра и анализа информации.

Строительство

MIAMEobj = bioma.data.MIAME() создает пустой объект MIAME для хранения информации эксперимента из эксперимента экспрессии генов микрочипов.

MIAMEobj = bioma.data.MIAME(GeoSeriesStruct) создает объект MIAME из структуры, содержащей данные серии Gene Expression Omnibus (GEO).

MIAMEobj = bioma.data.MIAME(..., 'PropertyName', PropertyValue) создает объект с помощью опций, указанных как пары имя/значение свойства.

MIAMEobj = bioma.data.MIAME(...,'Investigator', InvestigatorValue) указывает имя исследователя эксперимента.

MIAMEobj = bioma.data.MIAME(...,'Lab', LabValue) указывает лабораторию, проводившую эксперимент.

MIAMEobj = bioma.data.MIAME(...,'Contact', ContactValue) определяет контактную информацию для исследователя эксперимента или лаборатории.

MIAMEobj = bioma.data.MIAME(...,'URL', URLValue) указывает URL эксперимента.

Входные аргументы

`GeoSeriesStruct`	Данные серии Gen Expression Omnibus (GEO), указанные либо: Структура MATLAB ®, возвращенная `getgeodata` функция `Structure.Header.Series` подструктура, возвращенная `getgeodata` функция
`InvestigatorValue`	Вектор символов, указывающий имя исследователя эксперимента.
`LabValue`	Вектор символов, определяющий лабораторию, проводившую эксперимент.
`ContactValue`	Вектор символов, указывающий контактную информацию для исследователя эксперимента или лаборатории
`URLValue`	Вектор символов, указывающий URL эксперимента.

Свойства

`Abstract`	Аннотация, описывающая эксперимент Символьный вектор, содержащий аннотацию, описывающую эксперимент.
`Arrays`	Информация о микрочипах, использованных в эксперименте Клеточная матрица, содержащая информацию о микрочипах, используемых в эксперименте. Информация может включать имя массива, платформу массива, количество функций в массиве и т. д.
`Contact`	Контактная информация для исследователя эксперимента или лаборатории Массив символов, содержащий контактную информацию для исследователя эксперимента или лаборатории.
`ExptDesign`	Краткое описание конструкции эксперимента Символьный массив, содержащий описание конструкции эксперимента.
`Hybridization`	Информация о гибридизации эксперимента Клеточный массив, содержащий информацию о протоколе гибридизации, используемом в эксперименте. Информация может включать время гибридизации, концентрацию, объем, температуру и так далее.
`Investigator`	Имя исследователя эксперимента Массив символов, содержащий имя исследователя эксперимента.
`Laboratory`	Название лаборатории, где проводился эксперимент Символьный массив, содержащий имя лаборатории.
`Other`	Другая информация об эксперименте Клеточный массив, содержащий другую информацию об эксперименте, не охватываемую другими свойствами.
`Preprocessing`	Информация о этапах предварительной обработки эксперимента Массив ячеек, содержащий информацию о шагах предварительной обработки, используемых для данных эксперимента.
`PubMedID`	Идентификаторы PubMed для соответствующих публикаций. Символьный массив, содержащий идентификаторы PubMed для документов, относящихся к набору данных, используемому в эксперименте.
`QualityControl`	Информация о контроле качества эксперимента Массив ячеек, содержащий информацию о шагах контроля качества эксперимента. Информация может включать реплики, замену красителей и т.д.
`Samples`	Информация о образцах, использованных в эксперименте Клеточный массив, содержащий информацию о образцах, использованных в эксперименте. Информация может включать источник образца, организм образца, тип обработки, соединение, протокол маркировки, внешний контроль и так далее.
`Title`	Название эксперимента Символьный массив, содержащий заголовок эксперимента с одним предложением.
`URL`	URL для эксперимента Символьный массив, содержащий URL-адрес для эксперимента.

Методы

объединиться	Объединение двух объектов MIAME
isempty	Определение пустого объекта MIAME

Иерархия экземпляров

Объект ExpressionSet содержит объект MIAME.

Признаки

Сведения об атрибутах классов см. в разделе Атрибуты классов.

Копирование семантики

Значение. Сведения о том, как это влияет на использование класса, см. в разделе Копирование объектов.

Примеры

свернуть все

Создание объекта MIAME

Создайте структуру MATLAB, содержащую данные серии Gene Expression Omnibus (GEO).

geoStruct = getgeodata('GSE4616');

Импортируйте пакет bioma.data, чтобы сделать функцию конструктора доступной.

import bioma.data.*

Создайте объект MIAME из структуры.

MIAMEObj1 = MIAME(geoStruct)

MIAMEObj1 = 

Experiment Description:
  Author name: Mika,,Silvennoinen
Riikka,,KivelÃ¤
Maarit,,Lehti
Anna-Maria,,Touvras
Jyrki,,Komulainen
Veikko,,Vihko
Heikki,,Kainulainen
  Laboratory: LIKES - Research Center
  Contact information: Mika,,Silvennoinen
  URL: 
  PubMedIDs: 17003243
  Abstract: A 90 word abstract is available. Use the Abstract property.
  Experiment Design: A 234 word summary is available. Use the ExptDesign property.
  Other notes: 
    [1x84 char]

Укажите URL-адрес объекта MIAME.

MIAMEObj1.URL = 'www.nonexistinglab.com'

MIAMEObj1 = 

Experiment Description:
  Author name: Mika,,Silvennoinen
Riikka,,KivelÃ¤
Maarit,,Lehti
Anna-Maria,,Touvras
Jyrki,,Komulainen
Veikko,,Vihko
Heikki,,Kainulainen
  Laboratory: LIKES - Research Center
  Contact information: Mika,,Silvennoinen
  URL: www.nonexistinglab.com
  PubMedIDs: 17003243
  Abstract: A 90 word abstract is available. Use the Abstract property.
  Experiment Design: A 234 word summary is available. Use the ExptDesign property.
  Other notes: 
    [1x84 char]

Можно также построить объект MIAME с помощью пользовательских свойств.

MIAMEObj2 = MIAME('investigator', 'Jane Researcher',...
                  'lab', 'One Bioinformatics Laboratory',...
                  'contact', 'jresearcher@lab.not.exist',...
                  'url', 'www.lab.not.exist',...
                  'title', 'Normal vs. Diseased Experiment',...
                  'abstract', 'Example of using expression data',...
                  'other', {'Notes:Created from a text file.'})

MIAMEObj2 = 

Experiment Description:
  Author name: Jane Researcher
  Laboratory: One Bioinformatics Laboratory
  Contact information: jresearcher@lab.not.exist
  URL: www.lab.not.exist
  PubMedIDs: 
  Abstract: A 4 word abstract is available. Use the Abstract property.
  No experiment design summary available.
  Other notes: 
    'Notes:Created from a text file.'

См. также

bioma.data.ExptData | bioma.data.MetaData | bioma.data.MIAME | bioma.ExpressionSet | getgeodata

Документация