mattest | Выполните t-тест из двух образцов для оценки дифференциальной экспрессии генов из двух экспериментальных условий или фенотипов |
mafdr | Оценить положительную частоту ложного обнаружения для проверки множественных гипотез |
mavolcanoplot | Создание отношения значимости и экспрессии генов (кратное изменение) график рассеяния данных микрочипов |
mairplot | Создание графика зависимости интенсивности от коэффициента рассеяния данных микрочипов |
maboxplot | Создание рамочного графика для данных микрочипов |
maloglog | Создание графика регистрации данных микрочипов |
mapcaplot | Создание графика анализа основных компонентов (PCA) данных микрочипов |
nbintest | Непарный тест гипотез для данных подсчета с небольшими размерами выборки |
redbluecmap | Создание карты красных и синих цветов |
redgreencmap | Создание карты красного и зеленого цветов |
probesetplot | Установить значения интенсивности зонда Plot Affymetrix |
metafeatures | Алгоритм метагена аттрактора для проектирования функций с использованием взаимного информационного обучения |
rankfeatures | Ранжирование ключевых признаков по критериям разделяемости классов |
randfeatures | Создание рандомизированного подмножества функций |
knnimpute | Вычислить отсутствующие данные методом ближайшего соседа |
crossvalind | Создание индексов для обучающих и тестовых наборов |
classperf | Оценка производительности классификатора |
DataMatrix | Создать объект DataMatrix |
DataMatrix object | Структура данных, инкапсулирующая данные и метаданные из эксперимента с микрочипами, чтобы их можно было индексировать по идентификаторам генов или зондов и по идентификаторам образцов |
bioma.ExpressionSet | Содержат данные эксперимента по экспрессии генов микрочипов |
bioma.data.ExptData | Содержат значения данных из эксперимента с микрочипами |
bioma.data.MetaData | Содержать метаданные из эксперимента с микрочипами |
bioma.data.MIAME | Содержат экспериментальную информацию из эксперимента по экспрессии генов микрочипов |
NegativeBinomialTest | Результат проверки непарной гипотезы |
HeatMap | Объект, содержащий свойства отображения матрицы и тепловой карты |
clustergram | Объект, содержащий данные анализа иерархической кластеризации |
Управление данными экспрессии генов в объектах
Обзор объектов для данных экспрессии генов микрочипов
Представление значений данных выражения в объектах DataMatrix
Создание объектов DataMatrix, получение и установка свойств и доступ к данным.
Представление значений данных выражений в объектах ExptData
Создание объектов ExptData, использование свойств и методов, а также доступ к данным.
Представление метаданных образцов и элементов в объектах MetaData
Создание объектов MetaData, использование свойств и методов, а также доступ к данным.
Представление информации эксперимента в объекте MIAME
Создание объектов MIAME, использование свойств и методов, а также доступ к данным.
Представление всех данных в объекте ExpressionSet
Создание объектов ExpressionSet, использование свойств и методов, а также доступ к данным.
Средства анализа данных микрочипов
Среда MATLAB ® широко используется для анализа данных микрочипов, включая считывание, фильтрацию, нормализацию и визуализацию данных микрочипов .
Статистическое обучение и визуализация
Можно классифицировать и идентифицировать элементы в наборах данных, настраивать эксперименты перекрестной проверки и сравнивать различные методы классификации.
