Панель инструментов включает функции, объекты и методы создания, хранения и доступа к данным микрочипов.
Функция конструктора объекта, DataMatrixпозволяет создать объект DataMatrix для инкапсуляции данных и метаданных (имен строк и столбцов) из эксперимента с микрочипами. Объект DataMatrix хранит экспериментальные данные в матрице со строками, обычно соответствующими именам генов или идентификаторам зондов, и столбцами, обычно соответствующими идентификаторам образцов. Объект DataMatrix также хранит метаданные, включая имена генов или идентификаторы зондов (в качестве имен строк) и идентификаторы образцов (в качестве имен столбцов).
Можно ссылаться на значения выражений микрочипов в объекте DataMatrix так же, как и на данные в массиве MATLAB ®, то есть с помощью линейной или логической индексации. Альтернативно, вы можете ссылаться на эти экспериментальные данные по идентификаторам генов (зондов) и идентификаторам образцов. Индексирование по этим идентификаторам позволяет быстро и удобно получать доступ к подмножествам данных без необходимости поддержания дополнительных массивов индексов .
Многие операторы MATLAB и арифметические функции доступны объектам DataMatrix с помощью методов. Эти методы позволяют изменять, объединять, сравнивать, анализировать, выводить на печать и получать доступ к информации из объектов DataMatrix. Кроме того, можно легко расширить функциональные возможности с помощью общих функций на основе элементов. dmarrayfun и dmbsxfunи путем ручного доступа к свойствам объекта DataMatrix.
Примечание
Таблицы, описывающие свойства и методы объекта DataMatrix, см. на странице ссылок на объект DataMatrix.
Загрузите MAT-файл, поставляемый с программным обеспечением Bioinformatics Toolbox™, который содержит дрожжевые данные. Этот MAT-файл включает три переменные: yeastvaluesматрица данных экспрессии генов 614 на 7, genesмассив ячеек из 614 регистрационных номеров GenBank ® для маркировки строк вyeastvalues, и times, вектор значений времени 1 на 7 для маркировки столбцов в yeastvalues.
load filteredyeastdata
Создание переменных, содержащих подмножество данных, в частности первые пять строк и первые четыре столбца yeastvalues матрица, genes массив ячеек и times вектор.
yeastvalues = yeastvalues(1:5,1:4); genes = genes(1:5,:); times = times(1:4);
Импортируйте пакет объектов микрочипов так, чтобы DataMatrix будет доступна функция конструктора.
import bioma.data.*
Используйте DataMatrix функция конструктора для создания небольшого объекта DataMatrix из данных экспрессии генов.
dmo = DataMatrix(yeastvalues,genes,times)
dmo =
0 9.5 11.5 13.5
SS DNA -0.131 1.699 -0.026 0.365
YAL003W 0.305 0.146 -0.129 -0.444
YAL012W 0.157 0.175 0.467 -0.379
YAL026C 0.246 0.796 0.384 0.981
YAL034C -0.235 0.487 -0.184 -0.669Вы используете get и set для извлечения и установки свойств объекта DataMatrix.
Используйте get метод отображения свойств объекта DataMatrix, dmo.
get(dmo)
Name: ''
RowNames: {5x1 cell}
ColNames: {' 0' ' 9.5' '11.5' '13.5'}
NRows: 5
NCols: 4
NDims: 2
ElementClass: 'double'Используйте set метод для указания имени объекта DataMatrix, dmo.
dmo = set(dmo,'Name','MyDMObject');
Используйте get снова метод для отображения свойств объекта DataMatrix, dmo.
get(dmo)
Name: 'MyDMObject'
RowNames: {5x1 cell}
ColNames: {' 0' ' 9.5' '11.5' '13.5'}
NRows: 5
NCols: 4
NDims: 2
ElementClass: 'double'Примечание
Описание всех свойств объекта DataMatrix см. на странице ссылки на объект DataMatrix.
Объекты DataMatrix поддерживают следующие типы индексирования для извлечения, назначения и удаления данных:
Индексирование в скобках ()
Точка. индексация
Используйте индексирование в скобках для извлечения подмножества данных в dmo и назначить его новому объекту DataMatrix dmo2:
dmo2 = dmo(1:5,2:3)
dmo2 =
9.5 11.5
SS DNA 1.699 -0.026
YAL003W 0.146 -0.129
YAL012W 0.175 0.467
YAL026C 0.796 0.384
YAL034C 0.487 -0.184Использование индексирования в скобках для извлечения подмножества данных с использованием имен строк и столбцов и назначения его новому объекту DataMatrix dmo3:
dmo3 = dmo({'SS DNA','YAL012W','YAL034C'},'11.5')
dmo3 =
11.5
SS DNA -0.026
YAL012W 0.467
YAL034C -0.184Примечание
Если для индексирования в объект DataMatrix используется массив ячеек из имен строк или столбцов, имена должны быть уникальными, даже если имена строк или столбцов в объекте DataMatrix не являются уникальными.
Используйте индексирование в скобках для назначения новых данных подмножеству элементов в dmo2:
dmo2({'SS DNA', 'YAL003W'}, 1:2) = [1.700 -0.030; 0.150 -0.130]
dmo2 =
9.5 11.5
SS DNA 1.7 -0.03
YAL003W 0.15 -0.13
YAL012W 0.175 0.467
YAL026C 0.796 0.384
YAL034C 0.487 -0.184Используйте индексирование в скобках для удаления подмножества данных в dmo2:
dmo2({'SS DNA', 'YAL003W'}, :) = []
dmo2 =
9.5 11.5
YAL012W 0.175 0.467
YAL026C 0.796 0.384
YAL034C 0.487 -0.184Примечание
В следующих примерах обратите внимание на то, что при использовании точечного индексирования с объектами DataMatrix указываются все строки или все столбцы с помощью двоеточия в одной кавычке. (':').
Используйте индексирование точек для извлечения данных из 11.5 только столбец dmo:
timeValues = dmo.(':')('11.5')
timeValues =
-0.0260
-0.1290
0.4670
0.3840
-0.1840Использование точечного индексирования для назначения новых данных подмножеству элементов в dmo:
dmo.(1:2)(':') = 7
dmo =
0 9.5 11.5 13.5
SS DNA 7 7 7 7
YAL003W 7 7 7 7
YAL012W 0.157 0.175 0.467 -0.379
YAL026C 0.246 0.796 0.384 0.981
YAL034C -0.235 0.487 -0.184 -0.669Используйте индексирование точек для удаления всей переменной из dmo:
dmo.YAL034C = []
dmo =
0 9.5 11.5 13.5
SS DNA 7 7 7 7
YAL003W 7 7 7 7
YAL012W 0.157 0.175 0.467 -0.379
YAL026C 0.246 0.796 0.384 0.981Используйте индексирование точек для удаления двух столбцов из dmo:
dmo.(':')(2:3)=[]
dmo =
0 13.5
SS DNA 7 7
YAL003W 7 7
YAL012W 0.157 -0.379
YAL026C 0.246 0.981