Создание объекта параметра и добавление в модель или объект кинетического закона
parameterObj = addparameter(Obj, 'NameValue')
parameterObj = addparameter(Obj, 'NameValue', ValueValue)
parameterObj = addparameter(...'PropertyName', PropertyValue...)
| Model object или kineticlaw object. Введите имя переменной для объекта. |
| Свойство для объекта параметра. Введите уникальный символьный вектор. Поскольку объекты могут использовать это свойство для ссылки на параметр, объект параметра должен иметь уникальное имя на уровне его создания. Например, объект кинетического закона не может содержать два объекта параметров с именем Сведения о параметрах именования см. в разделе |
| Свойство для объекта параметра. Введите число. |
parameterObj = addparameter(создает объект параметра и возвращает объект (Obj, 'NameValue') parameterObj). В объекте параметра этот метод присваивает значение (NameValueName, присваивает значение 1 к свойству Valueи присваивает свойству объект модели или кинетического закона Parent. В модели или объекте кинетического закона (Obj), этот метод назначает объект параметра свойству Parameters.
Объект параметра определяет назначение, которое может использовать модель или кинетический закон. Область действия параметра определяется родительским параметром. Если параметр определен с помощью объекта кинетического закона, то параметр могут использовать только объект кинетического закона и объекты внутри объекта кинетического закона. Если объект параметра определен с объектом модели в качестве его родителя, то параметр могут использовать все объекты модели (включая все правила, события и кинетические законы).
modelObj = sbiomodel('cell')
parameterObj = addparameter(modelObj, 'TF1', 0.01)
modelObj = sbiomodel('cell')
reactionObj = addreaction(modelObj, 'a -> b')
kineticlawObj = addkineticlaw (reactionObj, 'MassAction')
parameterObj = addparameter(kineticlawObj, 'K1_forward', 0.1)
parameterObj = addparameter(Obj, ' создает объект параметра, присваивает значение (NameValue', ValueValue)NameValueName, присваивает значение (ValueValue) к свойству Valueи назначает model object или kineticlaw object к свойству Parent. В модели или объекте кинетического закона (Obj), этот метод назначает объект параметра свойству Parametersи возвращает объект параметра переменной (parameterObj).
parameterObj = addparameter(...' определяет необязательные значения свойств. Пары имя-значение могут быть в любом формате, поддерживаемом функцией PropertyName', PropertyValue...)set.
Область действия параметра - параметр может быть привязан к модели или кинетическому закону.
Когда кинетический закон ищет параметр в своем выражении, он сначала просматривается в списке параметров кинетического закона. Если параметр не найден, он перемещается в модель, в которой находится объект кинетического закона, и просматривается в списке параметров модели. Если параметр не найден, он перемещается к родительской модели.
Когда правило ищет параметр в своем выражении, оно ищет его в списке параметров модели. Если параметр не найден, он перемещается к родительской модели. Правило не может использовать параметр, область действия которого соответствует кинетическому закону. Таким образом, для параметра, который будет использоваться как в уравнении скорости реакции, так и в правиле, параметр должен быть привязан к модели.
Дополнительные свойства объекта параметра можно просмотреть с помощью getsetObj можно просмотреть с помощью get(Obj, 'Parameters').
Объект параметра SimBiology ® можно скопировать в модель SimBiology или объект кинетического закона с помощьюcopyobj. Объект параметра SimBiology можно удалить из модели SimBiology или объекта кинетического закона с помощью delete.
Методы для объектов параметров
| copyobj | Копировать объект SimBiology и его нижестоящие элементы |
| удалить | Удалить объект SimBiology |
| показ | Отображение сводки объекта SimBiology |
| findUsages (вид, параметр, отсек) | Узнайте, как в модели используется вид, параметр или отсек |
| добраться | Получение свойств объекта SimBiology |
| двинуться | Переместить виды SimBiology или объект параметра в новый родительский объект |
| переименовать | Переименование объекта и обновление выражений |
| набор | Задать свойства объекта SimBiology |
Свойства для объектов параметров
| Постоянный | Укажите переменное или постоянное количество видов, значение параметра или вместимость отсека |
| ConstantValue | Укажите значение переменной или постоянного параметра |
| Имя | Укажите имя объекта |
| Примечания | HTML-текст, описывающий объект SimBiology |
| Родитель | Указать родительский объект |
| Тэг | Укажите метку для объекта SimBiology |
| Напечатать | Отображение типа объекта SimBiology |
| Единицы | Единицы измерения количества видов, значение параметра, вместимость отсека, наблюдаемое выражение |
| UserData | Укажите данные для связывания с объектом |
| Стоимость | Значение вида, отсека или объекта параметра |
| ValueUnits | Единицы измерения значения параметра |
Создайте объект модели, а затем добавьте объект реакции.
modelObj = sbiomodel ('my_model'); reactionObj = addreaction (modelObj, 'a + b -> c + d');
Определите кинетический закон для объекта реакции.
kineticlawObj = addkineticlaw(reactionObj, 'MassAction');Добавьте параметр и назначьте его объекту кинетического закона (kineticlawObj); добавить другой параметр и назначить его объекту модели (modelObj).
% Add parameter to kinetic law object parameterObj1 = addparameter (kineticlawObj, 'K1'); get (kineticlawObj, 'Parameters')
MATLAB возвращает:
SimBiology Parameter Array Index: Name: Value: ValueUnits: 1 K1 1
% Add parameter with value 0.9 to model object parameterObj1 = addparameter (modelObj, 'K2', 0.9); get (modelObj, 'Parameters')
SimBiology Parameter Array Index: Name: Value: ValueUnits: 1 K2 1