Создание объекта реакции и добавление к объекту модели
reactionObj = addreaction(modelObj,'ReactionValue')
reactionObj = addreaction(modelObj, 'ReactantsValue', 'ProductsValue')
reactionObj = addreaction(modelObj, 'ReactantsValue', RStoichCoefficients, 'ProductsValue', PStoichCoefficients)
reactionObj = addreaction(...'PropertyName', PropertyValue...)
| SimBiology
®model object. |
| Задайте уравнение реакции. Введите символьный вектор. Дефис, которому предшествует пробел, за которым следует прямоугольная скобка ( Примеры: Если имеется несколько отсеков или для указания имени отсека, используйте Примеры: |
| Вектор символов, определяющий имя вида, массив ячеек векторов символов, видовой объект или массив видовых объектов. Если используются наименования, то при наличии нескольких отсеков их следует отнести к наименованиям отсеков. |
| Вектор символов, определяющий имя вида, массив ячеек векторов символов, видовой объект или массив видовых объектов. Если используются наименования, то при наличии нескольких отсеков их следует отнести к наименованиям отсеков. |
| Стехиометрические коэффициенты для реагентов, длина массива равна длине |
| Стехиометрические коэффициенты для изделий, длина массива равна длине |
Примечание
Если вы квалифицируете название какого-либо вида с именем отсека, то вы должны квалифицировать каждый вид с соответствующим названием отсека.
reactionObj = addreaction(modelObj,'ReactionValue')ReactionValueReaction, присваивает свойству объект (объекты) вида реагента Reactants, присваивает свойству объект (объекты) вида изделия Productsи назначает model object к свойству Parent. В объекте «Модель» (modelObj), этот метод присваивает объект реакции свойству Reactionsи возвращает объект реакции (reactionObj).
reactionObj = addreaction(modelObj, 'a -> b')
При определении реакции с новым видом:
Если в модели нет объектов-отсеков, метод создает объект-отсек (называется ') в модели и добавляет вновь созданные виды в это отделение.unnamed'
Если только один объект отсека (compObj) существует в модели, метод создает видовой объект в этом отсеке.
При наличии более одного объекта отсека (compObj) в модели необходимо определить название вида с именем отсека.
Например, cell.glucose обозначает, что вы хотите поместить вид с именем glucose в отсек с именем cell. Дополнительно, если отсек назван cell не существует, процесс добавления реакции создает отсек и называет его cell.
Можно вручную добавить вид к объекту-отсеку с помощью метода addspecies.
Можно добавить виды к объекту реакции с помощью методов addreactant или addproduct. С помощью методов можно удалить виды из реакционного объекта. rmreactantrmproduct. Собственность Reaction модифицируют добавлением или удалением частиц из уравнения реакции.
Объект реакции SimBiology можно скопировать в объект модели с помощью функции copyobj. Объект реакции SimBiology можно удалить из объекта модели SimBiology с помощью функции delete.
Дополнительные свойства реакционного объекта можно просмотреть с помощью get команда. Например, уравнение реакции reactionObj можно просмотреть с помощью команды get(. Дополнительные свойства реактивного объекта можно изменить с помощью команды reactionObj, 'Reaction')set.
reactionObj = addreaction(modelObj, 'ReactantsValue', 'ProductsValue')Reaction с использованием реагента (ReactantsValueProductsValueReactants и Productsи назначает объект модели свойству Parent. В объекте модели (modelObj), этот метод присваивает объект реакции свойству Reactionsи возвращает объект реакции (reactionObj). Предполагается, что стехиометрические значения 1.
reactionObj = addreaction( добавляет стехиометрические коэффициенты (modelObj, 'ReactantsValue', RStoichCoefficients, 'ProductsValue', PStoichCoefficients)RStoichCoefficientsPStoichCoefficients) для вида продукта к свойству Stoichiometry. Длина Reactants и RCoefficients должны быть равны, и длина Products и PCoefficients должно быть равным.
определяет дополнительные свойства. Пары имя/значение свойства могут быть в любом формате, поддерживаемом функцией reactionObj = addreaction(...'PropertyName', PropertyValue...)set.
Примечание
Если вы используете addreaction метод создания выражения скорости реакции, которое не является непрерывным и дифференцируемым, см. в разделе Использование событий для устранения прерываний в выражениях скорости реакции и правила перед моделированием модели.
Методы для реакционных объектов
| addkineticlaw (реакция) | Создание объекта кинетического закона и добавление к объекту реакции |
| addproduct (реакция) | Добавление объекта вида продукта к объекту реакции |
| аддактант (реакция) | Добавление видового объекта в качестве реагента к реакционному объекту |
| copyobj | Копировать объект SimBiology и его нижестоящие элементы |
| удалить | Удалить объект SimBiology |
| показ | Отображение сводки объекта SimBiology |
| добраться | Получение свойств объекта SimBiology |
| getadjacencymatrix (модель) | Получение матрицы смежности из объекта модели |
| getstoichmatrix (модель) | Получение матрицы стехиометрии из объекта модели |
| переименовать | Переименование объекта и обновление выражений |
| rmproduct (реакция) | Удаление видового объекта из продуктов реакционного объекта |
| рмреагент (реакция) | Удаление видового объекта из реагентов реакционного объекта |
| набор | Задать свойства объекта SimBiology |
Свойства объектов реакции
| Активный | Указать объект, используемый во время моделирования |
| KineticLaw | Показать кинетический закон, используемый для ReactionRate |
| Имя | Укажите имя объекта |
| Примечания | HTML-текст, описывающий объект SimBiology |
| Родитель | Указать родительский объект |
| Товары | Набор продуктов реакции |
| Реагенты | Набор реакционных реагентов |
| Реакция | Реакция объекта реакции |
| ReactionRate | Уравнение скорости реакции в объекте реакции |
| Обратимый | Укажите, является ли реакция обратимой или необратимой |
| Стехиометрия | Видовые коэффициенты в реакции |
| Тэг | Укажите метку для объекта SimBiology |
| Напечатать | Отображение типа объекта SimBiology |
| UserData | Укажите данные для связывания с объектом |
Создайте модель, добавьте объект реакции и назначьте выражение для уравнения скорости реакции.
Создайте объект модели, а затем добавьте объект реакции.
modelObj = sbiomodel('my_model'); reactionObj = addreaction(modelObj, 'a -> c + d');
Создание объекта кинетического закона для объекта реакции типа 'Henri-Michaelis-Menten'.
kineticlawObj = addkineticlaw(reactionObj, 'Henri-Michaelis-Menten');reactionObj KineticLaw свойство настроено на kineticlawObj.
'Henri-Michaelis-Menten' кинетический закон имеет две переменные параметра (Vm и Km) и одну видовую переменную (S), которые должны быть установлены. Чтобы задать эти переменные, сначала создайте переменные параметров как объекты параметров (parameterObj1, parameterObj2) с именами Vm_d, и Km_dи назначить объекты Parent значение свойства для kineticlawObj.
parameterObj1 = addparameter(kineticlawObj, 'Vm_d'); parameterObj2 = addparameter(kineticlawObj, 'Km_d');
Задайте имена переменных для объекта кинетического закона.
set(kineticlawObj,'ParameterVariableNames', {'Vm_d' 'Km_d'}); set(kineticlawObj,'SpeciesVariableNames', {'a'});
Убедитесь, что скорость реакции выражена правильно в объекте реакции. ReactionRate собственность.
get (reactionObj, 'ReactionRate')MATLAB возвращает:
ans = Vm_d*a/(Km_d+a)
model object, addkineticlaw, addproduct, addreactant, rmproduct, rmreactant