Информация о кинетическом законе для реакции
Объект кинетического закона содержит информацию об абстрактном кинетическом законе, применяемом к реакции, и предоставляет шаблон для скорости реакции. В модели программное обеспечение SimBiology ® использует информацию, предоставленную в полностью определенном объекте кинетического закона, для определения ReactionRate свойство в объекте реакции.
При первом создании объекта кинетического закона необходимо указать имя используемого абстрактного кинетического закона. Программное обеспечение SimBiology заполняет KineticLawName собственность и Expression свойство в объекте кинетического закона с именем указанного абстрактного кинетического закона и математическим выражением соответственно. Программное обеспечение также заполняет ParameterVariables собственность и SpeciesVariables свойство объекта кинетического закона со значениями, найденными в соответствующих свойствах объекта абстрактного кинетического закона.
Для получения скорости реакции необходимо полностью определить объект кинетического закона:
В ParameterVariableNames укажите параметры из модели, которые требуется заменить в выражении (Expression свойство).
В SpeciesVariableNames укажите виды из модели, которые требуется заменить в выражении.
Программное обеспечение SimBiology заменяет в выражении имена переменных параметров и видовых переменных в порядке, указанном в ParameterVariables и SpeciesVariables свойства соответственно.
Затем программное обеспечение показывает замещенное выражение как скорость реакции в ReactionRate свойство реакционного объекта. Если объект кинетического закона не полностью определен, ReactionRate имущество остается ' ' (пусто).
Ссылки на страницы ссылок на свойства объектов кинетического закона см. в разделе Сводка свойств.
Свойства определяют характеристики объекта. Используйте getset
Сведения о том, как соответствующие свойства связаны друг с другом, см. в разделе Командная строка.
В следующих разделах используется пример кинетического закона, чтобы показать, как можно полностью определить объект кинетического закона для получения скорости реакции в приложении SimBiology Model Builder и в командной строке.
Кинетический закон Анри-Михаэлиса-Ментена выражается следующим образом:
+ S)
В программном обеспечении SimBiology Henri-Michaelis-Menten является встроенным абстрактным кинетическим законом, где Vm и Km определены в ParameterVariables свойство абстрактного объекта кинетического закона, и S определяется в SpeciesVariables свойство абстрактного объекта кинетического закона.
Чтобы полностью определить кинетический закон в приложении, определите имена видовых переменных и переменных параметров, которые участвуют в скорости реакции. Пример см. в разделе Добавление и настройка реакций.
Чтобы полностью определить объект кинетического закона в командной строке, определите имена параметров в ParameterVariableNames свойство объекта kinetic law и определите названия видов в SpeciesVariableNames свойство объекта кинетического закона. Например, для применения Henri-Michaelis-Menten абстрактный кинетический закон к реакции
A -> B where Vm = Va, Km = Ka and S = A
Va и Ka в ParameterVariableNames для замены переменных, которые находятся в ParameterVariables собственность (Vm и Km). Определить A в SpeciesVariableName свойство, используемое для замены видовой переменной в SpeciesVariables собственность (S). Укажите порядок параметров модели, которые будут использоваться для замещения, в том же порядке, в котором переменные параметров перечислены в ParameterVariables собственность. Аналогично, укажите порядок видов, если представлено несколько видовых переменных. % Find the order of the parameter variables
% in the kinetic law expression.
get(kineticlawObj, 'ParameterVariables')
ans =
'Vm' 'Km'
% Find the species variable in the
% kinetic law expression
get(kineticlawObj, 'SpeciesVariables')
ans =
'S'
% Specify the parameters and species variables
% to be used in the substitution.
% Remember to specify order, for example Vm = Va
% Vm is listed first in 'ParameterVariables',
% therefore list Va first in 'ParameterVariableNames'.
set(kineticlawObj,'ParameterVariableNames', {'Va' 'Ka'});
set(kineticlawObj,'SpeciesVariableNames', {'A'});A)
Подробное описание процедуры см. в разделе Примеры.
Следующая таблица суммирует взаимосвязи между свойствами абстрактного объекта кинетического закона и объекта кинетического закона в контексте приведенного выше примера.
| Собственность | Цель недвижимости | Абстрактный объект кинетического закона | Объект кинетического закона |
|---|---|---|---|
Name (абстрактный объект кинетического закона)KineticLawName (объект кинетического закона) | Название абстрактного кинетического закона, применяемого к реакции. Например:Henri-Michaelis -Menten | Только для чтения для встроенного абстрактного кинетического закона. Определяется пользователем для определяемого пользователем абстрактного кинетического закона. | Только для чтения |
Expression | Математическое выражение, используемое для определения уравнения скорости реакции. Например: + S) | Только для чтения для встроенного абстрактного кинетического закона. Определяется пользователем для определяемого пользователем абстрактного кинетического закона. | Только для чтения; зависит от абстрактного кинетического закона, применяемого к реакции. |
ParameterVariables | Переменные в Expression это параметры. Например:Vm and Km | Только для чтения для встроенного абстрактного кинетического закона. Определяется пользователем для определяемого пользователем абстрактного кинетического закона. | Только для чтения; зависит от абстрактного кинетического закона, применяемого к реакции. |
SpeciesVariables | Переменные в Expression это виды. Например: S | Только для чтения для встроенного абстрактного кинетического закона. Определяется пользователем для определяемого пользователем абстрактного кинетического закона. | Только для чтения; зависит от абстрактного кинетического закона, применяемого к реакции. |
ParameterVariableNames | Переменные в ReactionRate это параметры. Например: Va and Ka | Неприменимо | Определите эти переменные, соответствующие ParameterVariables. |
SpeciesVariablesNames | Переменные в ReactionRate это виды. Например: A | Неприменимо | Определите эти переменные, соответствующие SpeciesVariables. |
| addkineticlaw (реакция) | Создание объекта кинетического закона и добавление к объекту реакции |
| addparameter (модель, кинетика) | Создание объекта параметра и добавление в модель или объект кинетического закона |
| copyobj | Копировать объект SimBiology и его нижестоящие элементы |
| удалить | Удалить объект SimBiology |
| показ | Отображение сводки объекта SimBiology |
| добраться | Получение свойств объекта SimBiology |
| гетпараметры (кинетика) | Получение определенных параметров в объекте кинетического закона |
| getspecies (кинетик) | Получение определенных видов в объекте кинетического закона |
| переименовать | Переименование объекта и обновление выражений |
| переупорядочение (модель, отсек, кинетический закон) | Переупорядочить списки компонентов |
| набор | Задать свойства объекта SimBiology |
| setparameter (кинетикло) | Указание конкретных параметров в объекте кинетического закона |
| setspecies (кинетикло) | Указать виды в объекте кинетического закона |
| Выражение | Выражение для определения уравнения скорости реакции или выражения наблюдаемого объекта |
| KineticLawName | Наименование кинетического закона, применяемого к реакции |
| Имя | Укажите имя объекта |
| Примечания | HTML-текст, описывающий объект SimBiology |
| ParameterVariableNames | Клеточный массив параметров скорости реакции |
| ParameterVariables | Параметры в определении кинетического закона |
| Параметры | Массив объектов параметров |
| Родитель | Указать родительский объект |
| SpeciesVariableNames | Клеточный массив видов в уравнении скорости реакции |
| SpeciesVariables | Виды в абстрактном кинетическом праве |
| Тэг | Укажите метку для объекта SimBiology |
| Напечатать | Отображение типа объекта SimBiology |
| UserData | Укажите данные для связывания с объектом |
В этом примере показано, как определить скорость реакции.
Создайте объект модели и добавьте в модель объект реакции.
modelObj = sbiomodel ('my_model');
reactionObj = addreaction (modelObj, 'A -> B');Определите кинетический закон для объекта реакции.
kineticlawObj = addkineticlaw(reactionObj, 'Henri-Michaelis-Menten');
Запрос параметров и видовых переменных, определенных в кинетическом законе.
get(kineticlawObj, 'ParameterVariables')
ans =
'Vm' 'Km'
get(kineticlawObj, 'SpeciesVariables')
ans =
'S'
Определить Va и Ka как ParameterVariableNames, которые соответствуют ParameterVariables Vm и Km. Чтобы задать эти переменные, сначала создайте переменные параметров как объекты параметров (parameterObj1, parameterObj2) с именами Va и Ka, а затем добавить их в kineticlawObj. Видовой объект с Name A создается при reactionObj создан и не нуждается в переопределении.
parameterObj1 = addparameter(kineticlawObj, 'Va'); parameterObj2 = addparameter(kineticlawObj, 'Ka');
Задайте имена переменных для объекта кинетического закона.
set(kineticlawObj,'ParameterVariableNames', {'Va' 'Ka'});
set(kineticlawObj,'SpeciesVariableNames', {'A'});Убедитесь, что скорость реакции выражена правильно в объекте реакции. ReactionRate собственность.
get (reactionObj, 'ReactionRate')
MATLAB ® возвращает:
ans = Va*A/(Ka+A)
AbstractKineticLaw object, Configset object, Model object, Parameter object, Reaction object, Root object, Rule object, Species object
Свойство SimBiology Expression