Добавление видового объекта в качестве реагента к реакционному объекту
speciesObj = addreactant(reactionObj, 'NameValue')
addreactant(reactionObj, speciesObj, StoichCoefficient)
addreactant(reactionObj, 'NameValue', StoichCoefficient)
reactionObj | Объект реакции. |
NameValue | Названия видовых объектов. Введите символьный вектор или массив символьных векторов. На видовой объект могут ссылаться другие объекты с использованием его имени. Можно использовать функцию |
speciesObj | Видовой объект или вектор видовых объектов. |
StoichCoefficient | Стехиометрические коэффициенты для реагентов. Введите положительный скаляр или вектор положительных двойников. Если вектор, он должен иметь то же количество элементов, что и количество видов, указанное |
speciesObj = addreactant(reactionObj, 'NameValue')speciesObj). В видовом объекте этот метод присваивает значение (NameValue) к свойству Name. В объекте реакции этот метод присваивает свойству видовой объект Reactants, изменяет уравнение реакции в свойстве Reaction для включения новых видов и добавления стехиометрического коэффициента -1 к свойству Stoichiometry.
При определении реакции с новым видом:
Если в модели нет объектов-отсеков, метод создает объект-отсек (называется ') в модели и добавляет вновь созданные виды в это отделение.unnamed'
Если только один объект отсека (compObj) существует в модели, метод создает видовой объект в этом отсеке.
При наличии более одного объекта отсека (compObj) в модели необходимо определить название вида с именем отсека.
Например, cell.glucose обозначает, что вы хотите поместить вид с именем glucose в отсек с именем cell. Дополнительно, если отсек назван cell не существует, процесс добавления реакции создает отсек и называет его cell.
Создание и добавление видового объекта в объект-отсек с помощью метода addspecies.
addreactant(, в видовом объекте (reactionObj, speciesObj, StoichCoefficient)speciesObj), назначает родительский объект speciesObj собственность Parent. В объекте реакции (reactionObj), он назначает видовой объект свойству Reactants, изменяет уравнение реакции в свойстве Reaction для включения новых видов и добавления стехиометрического коэффициента -1 к свойству Stoichiometry. Если speciesObj является массивом клеток видовых объектов, то StoichCoefficient должен быть вектором двойников той же длины, что и speciesObj.
addreactant(, в дополнение к описанию выше, добавляет стехиометрический коэффициент (reactionObj, 'NameValue', StoichCoefficient)StoichCoefficient) к свойству Stoichiometry. Если NameValue является массивом клеток названий видов, то StoichCoefficient должен быть вектором двойников той же длины, что и NameValue.
На имена видов ссылаются объекты реакции, объекты кинетического закона и объекты модели. При изменении Name вида реакция также использует новое название. Однако необходимо настроить все другие применимые элементы, такие как правила, использующие виды, и объект кинетического закона.
Дополнительные сведения об именах видов см. в разделе Определение названий видов в SimBiology.
Создайте объект модели, а затем добавьте объект реакции.
modelObj = sbiomodel('my_model'); reactionObj = addreaction(modelObj, 'A -> U');
Изменение reaction из the reactionObj от A -> U быть A + 3 C -> U.
speciesObj = addreactant(reactionObj, 'C', 3);