Использовать table для хранения табличных данных, которые можно использовать в дальнейшем при подборе и анализе в командной строке. Использовать readtable для импорта данных без интерпретации заголовков столбцов NONMEM ®. readtable функция позволяет использовать аргументы пары имя-значение, в которых можно указать такие параметры, как тип разделителя и содержит ли первая строка имена заголовков. Если требуется использовать данные для фитинга с помощью sbiofit или sbiofitmixed, преобразовать его в groupedData формат с использованием groupedData.
Для подготовки файла данных к импорту удалите все комментарии, присутствующие в начале файла.
Например:
% Text files data = readtable('tobramycin.txt'); % Text files with . in place of missing values data = readtable('tobramycin.txt', 'TreatAsEmpty', '.');
Дополнительные сведения о форматировании файла данных для фитинга см. в разделе Создание файла данных с определениями SimBiology.
Используйте sbionmimport для импорта данных из форматированных файлов NONMEM. Сведения об импорте данных без интерпретации заголовков столбцов в формате NONMEM см. в разделе Импорт данных из файлов.
Чтобы подготовить файл данных для импорта, удалите все комментарии, присутствующие в начале файла, и выберите один из следующих методов импорта данных:
Если файл данных содержит только значения заголовка столбца, показанные в разделе Поддержка импорта форматированных файлов NONMEM, используйте синтаксис, показанный в следующем примере:
filename = 'C:\work\datafiles\dose.xls'; ds = sbionmimport(filename);
Если в файле данных метки заголовков столбцов отличаются от таблицы, показанной в разделе Поддержка импорта форматированных файлов NONMEM, и требуется применить интерпретацию заголовков NONMEM:
Создайте объект определения файла NONMEM. Этот объект позволяет определить, что означают заголовки столбцов в файле данных в SimBiology ®. В следующем примере столбец, содержащий значения ответа, CP, в то время как в файлах в формате NONMEM столбец помечен DV.
Для использования набора данных тобрамицина [1] создайте объект определения файла NONMEM и определите следующее:
def = sbionmfiledef;
def.DoseLabel = 'DOSE';
def.GroupLabel = 'ID';
def.TimeLabel = 'TIME';
def.DependentVariableLabel = 'CP';
def.MissingDependentVariableLabel = 'MDV';
def.EventIDLabel = 'EVID';
def.ContinuousCovariateLabels = {'WT', 'HT', 'AGE', 'SEX', 'CLCR'};Файл может содержать любое имя заголовков столбцов. Посмотрите sbionmfiledef для списка свойств, которые можно настроить в объекте определения файла NONMEM.
Используйте sbionmimport для импорта файла данных с определениями заголовков столбцов, указанными в объекте определения файла NONMEM. Например, перейдите к matlabroot/toolbox/simbio/simbiodemos/matlabroot - папка, в которой установлен MATLAB ®).
[data, pkDataObject] = sbionmimport('tobramycin.txt', def, ...
'TreatAsEmpty', '.');В этом примере показано, как получить объект PKData. PKDataObj, при импорте, так как объект PKData будет использоваться для подгонки модели позже.
sbionmimport функция принимает пары свойство-имя-значение, принятые dataset. Например, если набор данных не содержит заголовков столбцов, используйте 'ReadVarNames', false чтобы указать, что sbionmimport должен считывать значения из первой строки файла.
Сведения о создании модели в соответствии с данными см. в разделе Создание фармакокинетической модели с помощью командной строки.
Дополнительные сведения о поддерживаемых форматах данных и функциях импорта данных в рабочую область MATLAB см. в разделе Методы импорта данных.
Можно также импортировать данные с помощью мастера импорта MATLAB для импорта данных в виде текстовых файлов (например, .txt и .dat), MAT-файлы и файлы электронных таблиц (например, .xls).
Мастер импорта MATLAB обрабатывает источник данных. Мастер распознает разделители данных, а также заголовки строк или столбцов, чтобы упростить процесс выбора и импорта данных в рабочую область MATLAB. Данные можно импортировать в приложение SimBiology Model Analyzer из рабочей области MATLAB.
groupedData | readtable | sbionmfiledef | sbionmimport