SUNDIALS (Suite of Nonlinear and Differential/Algebraic Equation Solvers) являются частью свободно доступного стороннего пакета, разработанного в Ливерморской национальной лаборатории им. Лоуренса. Все другие решатели ОДУ, используемые для моделирования моделей SimBiology ®, такие какode45 и ode15s, являются частью пакета MATLAB ® ODE. SimBiology в настоящее время (R2018b или более поздней версии) использует SUNDIALS 3.1.0.
SimBiology всегда использует решатель SUNDIALS для выполнения анализа чувствительности модели, независимо от выбранного в качестве SolverType в наборе конфигурации.
Кроме того, при оценке параметров модели с помощью sbiofit или программа Fit Data с одной из следующих функций оценки на основе градиента: fmincon, fminunc, lsqnonlin, или lsqcurvefitSimBiology использует решатель SUNDIALS по умолчанию для вычисления чувствительности и использования их для улучшения подгонки. Если используется sbiofit, можно отключить эту функцию вычисления чувствительности, задав для аргумента пары имя-значение «Анализ чувствительности» значение false. Однако при использовании программы «Данные подгонки» отключить эту функцию невозможно. Рекомендуется по возможности сохранять функцию анализа чувствительности включенной для более точного приближения градиента и лучшего соответствия параметров.
При указании sundials для решателя программа выбирает один из двух решателей SUNDIALS, CVODE или IDA, соответствующих модели:
CVODE - решатель для систем ОДУ, как некомпетентных, так и жестких. Используется, когда модель не имеет алгебраических правил.
IDA - дифференциально-алгебраический решатель уравнений (DAE), используемый при наличии одного или нескольких алгебраических правил.
Дополнительные сведения о решателях SUNDIALS см. в разделе https://www.llnl.gov/casc/sundials/description/description.html.