Документация

Повышение производительности за счет ускорения

Можно ускорить моделирование, преобразовав модель в скомпилированный код C, который выполняется быстрее. Дополнительные сведения см. в разделе Ускорение моделирования и анализа модели. Если моделирование все еще медленное после ускорения, могут возникнуть проблемы с допусками решателя. Попробуйте остальные советы, не ускоряя модель.

Отладка модели с помощью MaximumNumberOfLogs и MaximumWallClock

MaximumNumberOfLogs и MaximumWallClock - это некоторые из опций конфигурации, которые можно использовать для остановки моделирования непосредственно перед ошибкой. Затем можно проверить необычные смоделированные значения, такие как отрицательные количества видов.

Например, установить MaximumNumberOfLogs кому 1 получить значения модели сразу после применения правил начального и повторного назначения. Если задано значение 2, и моделирование завершается неуспешно с ошибкой интеграции, то это, вероятно, указывает на ошибку с правилами назначения.

При изменении MaximumNumberOfLogs, многократно моделируйте модель, используя те же условия, которые приводят к ошибке. Модель может моделироваться без ошибок, пока не будет достигнуто определенное значение MaximumNumberOfLogs. Затем проверьте смоделированные значения в окончательное время моделирования. Если отображаются отрицательные значения для определенных состояний, например отрицательные количества видов, проверьте выражения в модели, которые могут повлиять на эти состояния. Обновите выражения, чтобы учесть возможные проблемы, такие как отрицательные значения или деление на 0, путем перегруппировки уравнений и/или вставки некоторых защитных элементов, таких как max(0,x) или max(eps,x), где x - переменная, ответственная за ошибку.

Кроме того, можно просмотреть уравнения модели для проверки начальных условий, таких как количества видов и значения параметров в момент моделирования = 0, чтобы проверить, соответствуют ли значения ожидаемым. Дополнительные сведения см. в разделе getequations или Show Model Equations and Initial Conditions (Показать уравнения модели и начальные условия).

Проверьте решатель ОДУ

Если модель жесткая и выбран неподходящий решатель, размер шага решателя может быть снижен до неоправданно малого уровня по сравнению с интервалом интегрирования. Убедитесь, что вы выбрали либо ode15s или sundials в качестве решателя жестких ОДУ.

Отключить AbsoluteToleranceScaling

Выключить AbsoluteToleranceScaling.

SimBiology использует AbsoluteTolerance и RelativeTolerance для контроля точности интегрирования во время моделирования. В частности, AbsoluteTolerance управляет наибольшей допустимой абсолютной ошибкой на любом этапе моделирования.

Когда AbsoluteToleranceScaling включено (по умолчанию), каждое состояние имеет собственный абсолютный допуск, который может увеличиваться в процессе моделирования. Иногда автоматическое масштабирование является недостаточным для моделей, которые имеют кинетику в значительной степени различных масштабах. Например, скорость реакции может быть порядка 1022, в то время как другой 0.1. Выключением AbsoluteToleranceScaling, вы можете смоделировать модель.

Ослабить допуски

Если ошибка допуска моделирования все еще существует после отключения AbsoluteToleranceScaling, попробуйте ослабить относительные и абсолютные допуски.

Набор RelativeTolerance до $${10}^{-\mathrm{m}}$$+ 1, где m - количество значащих цифр, требуемых в решении X. Если X имеет несколько масштабов, начните с использования меньшего X и увеличьте оттуда, если допуск не соблюден.

Набор AbsoluteTolerance до значения X, которое пренебрежимо мало для вашей проблемы. Аналогично, начинайте с меньшего X и увеличивайтесь оттуда.

Дополнительные сведения см. в разделе Выбор абсолютного допуска и относительного допуска для моделирования.

Набор MassUnits и AmountUnits

MassUnits и AmountUnits свойства определяют соответствующие единицы измерения массы или количества, которые SimBiology использует внутри во время моделирования модели, когда UnitConversion включен. Рекомендуется использовать единицу измерения по умолчанию (<automatic>), но в некоторых случаях вам может потребоваться изменить его.

Изменение MassUnits или AmountUnits к единице, чтобы смоделированные значения не были слишком большими (то есть больше, чем 106) или слишком маленьким (то есть меньше, чем 10-6).

Предположим, что у вас есть модель с состоянием, которое принимает значения вокруг 10-12 молей для всего моделирования. Возможно, следует установить AmountUnits кому picomole. В этом случае значения внутреннего моделирования будут приблизительно 1, вместо того, чтобы вокруг 10-12 как и в случае по умолчанию.

Использование командной строки

Для доступа и изменения SolverOptionsиспользуйте следующие команды, где m1 является моделью SimBiology.

configset = getconfigset(m1);
solverOpts = configset.SolverOptions;
solverOpts.AbsoluteTolerance = 1e-5;
solverOpts.RelativeTolerance = 1e-5;
solverOpts.AbsoluteToleranceScaling = false;

Доступ к параметрам моделирования непосредственно из configset object.

configset = getconfigset(m1);
configset.MaximumNumberOfLogs = 1;
configset.MaximumWallClock = 10;

Использование графического интерфейса

Если используется приложение SimBiology Model Analyzer, можно получить доступ к параметрам, щелкнув Параметры моделирования (Simulation Settings) на вкладке Главная страница (Home).