bamindexread

Чтение Индекса, BAI, файла

Свернуть все на странице

Синтаксис

Index = bamindexread(File)

Описание

Index = bamindexread(File) читает File, файл BAI и возвращает Index, MATLAB® структура, которая задает смещения в сжатом файле Binary Sequence Alignment/Map (BAM) и расширенном блоке данных для каждой опорной последовательности и области значений позиций (интервалов) в каждой опорной последовательности.

Входные параметры

File

Вектор символов или строка, задающая имя файла или путь и имя файла файла BAM или файла BAI. Если File является файлом BAM, bamindexread считывает соответствующий файл BAI, то есть файл BAI с тем же именем root и хранится в той же папке, что и файл BAM. Если вы задаете только имя файла, этот файл должен быть в пути поиска файлов MATLAB или в Текущей папке.

Выходные аргументы

Index

Массив структур MATLAB, который задает смещения в сжатый файл Binary Sequence Alignment/Map (BAM) и декомпрессированный блок данных для каждой последовательности ссылок и области значений позиций (интервалов) в последовательности ссылки. Index содержит следующие поля.

ОбластьОписание
Filename

Имя файла BAM или файла BAI, используемого для создания Index массив структур.

Index

1-by - N массив структур, где N - количество ссылочных последовательностей в соответствующем файле BAM. Каждая структура содержит следующие поля:

  • BinID - Массив идентификаторов интервала для одной эталонной последовательности.

  • BGZFOffsetStart - Смещение в файле BAM к началу первого блока BGZF, где записи выравнивания связаны с соответствующим BinID хранятся.

  • BGZFOffsetEnd - Смещение в файле BAM к началу последнего блока BGZF, где записи выравнивания связаны с соответствующим BinID хранятся.

  • DataOffsetStart - Смещение в декомпрессированном блоке данных к началу, где записи выравнивания сопоставлены с соответствующим BinID хранятся.

  • DataOffsetEnd - Смещение в декомпрессированном блоке данных в конец, где записи выравнивания связаны с соответствующим BinID хранятся.

  • LinearBGZFOffset - Смещение в файле BAM к первому выравниванию в соответствующем интервале 16384 bp.

  • LinearDataOffset - Смещение в декомпрессированном файле данных к первому выравниванию в соответствующем интервале 16384 bp.

Примеры

свернуть все

Открыть Live Script

В этом примере показано, как сгенерировать структуру индекса из файла индекса BAM.

ind = bamindexread('ex1.bam')
ind = struct with fields:
    Filename: 'ex1.bam.bai'
       Index: [1x2 struct]

См. также

|

Темы

Внешние веб-сайты

Введенный в R2010b

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте