Документация

Необходимые условия

A BioRead объект представляет набор чтений последовательности. Каждый элемент объекта связан с последовательностью, заголовком последовательности и информацией о качестве последовательности.

Создайте a BioRead объект одним из двух способов:

Создайте объект BioRead из FASTQ- или SAM-форматированного файла

Используйте BioRead функция конструктора для создания BioRead объект из FASTQ-форматированного файла и установите Name свойство:

BRObj1 = BioRead('SRR005164_1_50.fastq', 'Name', 'MyObject')

BRObj1 = 

  BioRead with properties:

     Quality: [50x1 File indexed property]
    Sequence: [50x1 File indexed property]
      Header: [50x1 File indexed property]
       NSeqs: 50
        Name: 'MyObject'

Функция конструктора создает a BioRead Объект и, если файл индекса еще не существует, он также создает файл индекса с таким же именем файла, но с расширением .IDX. Этот индексный файл по умолчанию хранится в том же месте, что и исходный файл.

Необходимые условия

A BioMap объект представляет набор чтений последовательности, сопоставленных с одной ссылочной последовательностью. Каждый элемент объекта связан с последовательностью чтения, заголовком последовательности, информацией о качестве последовательности и информацией о выравнивании/отображении.

При построении BioMap объект из файла BAM, максимальный размер файла ограничен операционной системой и доступной памятью.

Создайте a BioMap объект одним из двух способов:

Создайте объект BioMap из сам- или BAM-форматированного файла

Функция конструктора создает BioMap Объект и, если индекс файлов еще не существует, это также создает один или два файла индекса:

Создайте объект BioMap из структуры SAM или BAM

Получение свойства из объекта BioRead или BioMap

Вы можете получить определенное свойство из элементов в BioRead или BioMap объект.

Например, чтобы извлечь все заголовки из BioRead объект, используйте Header свойство следующим образом:

allHeaders = BRObj1.Header;

Этот синтаксис возвращает массив ячеек, содержащий заголовки для всех элементов в BioRead объект.

Точно так же, чтобы извлечь все начальные положения выровненных последовательностей чтения из BioMap объект, используйте Start свойство объекта:

allStarts = BMObj1.Start;

Этот синтаксис возвращает вектор, содержащий начальные положения выровненных последовательностей чтения относительно номеров позиций в ссылочной последовательности в BioMap объект.

Получение нескольких свойств из объекта BioRead или BioMap

Можно получить несколько свойств из a BioRead или BioMap объект в одной команде с использованием get способ. Например, чтобы извлечь и начальные положения, и заголовки информации о BioMap объект, используйте get способ следующим образом:

multiProp = get(BMObj1, {'Start', 'Header'});

Этот синтаксис возвращает массив ячеек, содержащий все начальные положения и информацию о заголовках a BioMap объект.

Получение подмножества информации из объекта BioRead или BioMap

Использование специализированного get методы с числовым вектором, логическим вектором или массивом ячеек заголовков, чтобы получить подмножество информации от объекта. Например, чтобы извлечь первые 10 элементов из a BioRead объект, используйте getSubset метод:

newBRObj = getSubset(BRObj1, [1:10]);

Этот синтаксис возвращает новый BioRead объект, содержащий первые 10 элементов в оригинале BioRead объект.

Для примера, чтобы извлечь первые 12 позиций последовательностей с заголовками SRR005164.1, SRR005164.7 и SRR005164.16, используйте getSubsequence метод:

subSeqs = getSubsequence(BRObj1, ...
          {'SRR005164.1', 'SRR005164.7', 'SRR005164.16'}, [1:12]')

subSeqs = 

    'TGGCTTTAAAGC'
    'CCCGAAAGCTAG'
    'AATTTTGCGGCT'

Например, чтобы получить информацию о третьем элементе в BioMap объект, используйте getInfo метод:

Info_3 = getInfo(BMObj1, 3);

Этот синтаксис возвращает разделенную табуляцией вектор символов, содержащую эту информацию для третьего элемента:

Необходимые условия

Изменение свойств (кроме Name и Reference) a BioRead или BioMap объект, данные должны быть в памяти, а не индексированы. Чтобы убедиться, что данные находятся в памяти, выполните одно из следующих действий:

Предоставления пользовательских заголовков для последовательностей

Во-первых, создайте объект с данными в памяти:

BRObj1 = BioRead('SRR005164_1_50.fastq','InMemory',true);

Чтобы предоставить пользовательские заголовки для интересующих последовательностей (в этом случае последовательности с 1 по 5), выполните следующее:

BRObj1.Header(1:5) = {'H1', 'H2', 'H3', 'H4', 'H5'};

Также можно использовать setHeader метод:

BRObj1 = setHeader(BRObj1, {'H1', 'H2', 'H3', 'H4', 'H5'}, [1:5]);

Несколько других специализированных set методы позволяют вам задать свойства подмножества элементов в BioRead или BioMap объект.

Фильтрация несопоставленных последовательностей чтения

Фильтруйте последовательности чтения, которые не отображены в пару