Класс: BioMap
Последовательность фильтров считывается флагом SAM
Indices = filterByFlag(BioObj, FlagName, FlagValue)
Indices = filterByFlag(BioObj, Subset, FlagName, FlagValue)
Indices = filterByFlag(..., FlagName1, FlagValue1, FlagName2, FlagValue2,
...)
Indices = filterByFlag(BioObj, FlagName, FlagValue)Indicesвектор логических индексов, указывающий на считанные последовательности в BioObj, а BioMap объект, с FlagName установлено на FlagValue.
Indices = filterByFlag(BioObj, Subset, FlagName, FlagValue)Indicesвектор логических индексов, указывающий последовательности чтения, которые удовлетворяют заданным критериям из подмножества записей в BioMap объект.
Indices = filterByFlag(..., FlagName1, FlagValue1, FlagName2, FlagValue2,
...)
|
Объект |
|
Любое из следующих для задания подмножества элементов в
|
|
Вектор символов или строка, задающая один из следующих флагов для фильтрации:
|
|
Логическое значение, указывающее на состояние флага. A |
|
Вектор логических индексов, указывающий последовательности чтения в |
Создайте a BioMap объект, а затем определите последовательности чтения, которые оба отображены в правильной паре и сначала в паре:
% Construct a BioMap object from a SAM file
BMObj1 = BioMap('ex1.sam');
% Filter the elements using 'pairedInMap' and 'readIsFirst' flags
Indices = filterByFlag(BMObj1, 'pairedInMap', true,...
'readIsFirst', true);
% Return the headers of the filtered elements
filtered_Headers = BMObj1.Header(Indices);