Exponenta Banner

getSummary

Класс: BioMap

Печать сводных данных по BioMap объект

Синтаксис

getSummary(BioObj)
ds = getSummary(BioObj)

Описание

getSummary(BioObj) печатает сводные данные BioMap объект. Сводные данные включают имена ссылок, количество последовательностей, сопоставленных с каждой ссылкой, и геномную область значений, который последовательности покрывают в каждой ссылке.

ds = getSummary(BioObj) возвращает сводную информацию в dataset массив.

Входные параметры

BioObj

Объект BioMap класс.

Выходные аргументы

ds

dataset массив, содержащий сводные данные BioMap объект, BioObj. Массив набора данных имеет наблюдение (строку) для каждой ссылки в BioObjи две переменные (столбцы): количество последовательностей, сопоставленных с каждой ссылкой, и геномная область значений, который покрывают последовательности в каждой ссылке.

getSummary хранит дополнительные метаданные для BioMap объект в UserData свойство ds, к которому вы можете получить доступ, используя ds.Properties.UserData.

Примеры

Создайте a BioMap и отобразите сводные данные объекта:

% Construct a BioMap object from a SAM file 
BMObj2 = BioMap('ex2.sam');
getSummary(BMObj2)
BioMap summary:
                                  Name: ''
                        Container_Type: 'Data is file indexed.'
             Total_Number_of_Sequences: 3307
    Number_of_References_in_Dictionary: 2

            Number_of_Sequences    Genomic_Range
    seq1    1501                   1  1569      
    seq2    1806                   1  1567

См. также

Темы

Внешние веб-сайты

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка