Класс: BioIndexedFile
Извлечение записей из исходного файла, сопоставленного с объектом BioIndexedFile, с помощью числового индекса
Entries = getEntryByIndex(BioIFobj, Indices)
Entries = getEntryByIndex(BioIFobj, Indices)BioIFobj, объект BioIndexedFile. Он извлекает и конкатенирует записи, заданные Indices, числовой вектор положительных целых чисел. Возвращается Entries, вектор символов конкатенированных записей. Значение каждого элемента в Indices должно быть меньше или равно количеству записей в исходном файле. Отношение «один к одному» существует между количеством и порядком элементов в Indices и выходные Entries, даже если Indices имеет повторяющиеся значения.
|
Объект |
|
Числовой вектор положительных целых чисел. Значение каждого элемента должно быть меньше или равным количеству записей в исходном файле, сопоставленном с |
|
Вектор символов конкатенированных записей, извлеченный из исходного файла, сопоставленного с |
Создайте объект BioIndexedFile для доступа к таблице, содержащей перекрестные ссылки между именами генов и терминами онтологии генов (GO):
% Create variable containing full absolute path of source file
sourcefile = which('yeastgenes.sgd');
% Create a BioIndexedFile object from the source file. Indicate
% the source file is a tab-delimited file where contiguous rows
% with the same key are considered a single entry. Store the
% index file in the Current Folder. Indicate that keys are
% located in column 3 and that header lines are prefaced with !
gene2goObj = BioIndexedFile('mrtab', sourcefile, '.', ...
'KeyColumn', 3, 'HeaderPrefix','!')Верните первую, третью и пятую записи из исходного файла:
% Access 1st, 3rd, and 5th entries subset_entries = getEntryByIndex(gene2goObj, [1 3 5]);
Используйте этот метод для визуализации и исследования подмножества записей в исходном файле в целях валидации.