Класс: BioIndexedFile
Извлечение записей из исходного файла, сопоставленного с объектом BioIndexedFile, с помощью алфавитно-цифрового ключа
Entries = getEntryByKey(BioIFobj, Key)
Entries = getEntryByKey(BioIFobj, Key)BioIFobj, объект BioIndexedFile. Он извлекает и конкатенирует записи, заданные Keyмассив вектора символов или ячеек векторов символов, задающий один или несколько алфавитно-цифровых ключей. Возвращается Entries, вектор символов конкатенированных записей. Если ключи в исходном файле не уникальны, это возвращает все записи, которые соответствуют указанному ключу, все в положении ключа в Key массив ячеек. Если ключи в исходном файле уникальны, существует отношение «один к одному» между количеством и порядком элементов в Key и выходные Entries.
|
Объект |
|
Вектор символов или массив ячеек из векторов символов, задающих один или несколько ключей в исходном файле, сопоставленном с |
|
Вектор символов конкатенированных записей, извлеченный из исходного файла, сопоставленного с |
Создайте объект BioIndexedFile для доступа к таблице, содержащей перекрестные ссылки между именами генов и терминами онтологии генов (GO):
% Create variable containing full absolute path of source file
sourcefile = which('yeastgenes.sgd');
% Create a BioIndexedFile object from the source file. Indicate
% the source file is a tab-delimited file where contiguous rows
% with the same key are considered a single entry. Store the
% index file in the Current Folder. Indicate that keys are
% located in column 3 and that header lines are prefaced with !
gene2goObj = BioIndexedFile('mrtab', sourcefile, '.', ...
'KeyColumn', 3, 'HeaderPrefix','!')Возвращает записи из исходного файла, которые заданы ключами AAC1 и AAD10:
% Access entries that have the keys AAC1 and AAD10
subset_entries = getEntryByKey(gene2goObj, {'AAC1' 'AAD10'});
Используйте этот метод для визуализации и исследования подмножества записей в исходном файле в целях валидации.