Извлечение данных формата Gene Expression Omnibus (GEO)
GEOData = getgeodata(AccessionNumber)
getgeodata(AccessionNumber,
'ToFile', ToFileValue)
GEOData = getgeodata(AccessionNumber,'TimeOut',TimeOutValue)
AccessionNumber | Вектор символов, задающий уникальный идентификатор для записи GEO Sample (GSM), Data Set (GDS), Platform (GPL) или Series (GSE) в базе данных GEO. Данные секвенирования следующего поколения не могут быть получены с помощью этой функции. Совет
|
ToFileValue | Вектор символов, задающий имя файла или путь и имя файла для сохранения данных. Если вы задаете только имя файла, этот файл будет сохранен в текущей папке MATLAB. |
TimeOutValue | Тайм-аут подключения в секундах, задается как положительная скалярная величина. Значение по умолчанию является 5. Для получения дополнительной информации смотрите здесь. |
GEOData | Структура MATLAB, содержащая информацию для записи GEO, полученной из базы данных GEO. |
GEOData = getgeodata(AccessionNumber)
| Область | Описание |
|---|---|
Scope | Тип извлеченных данных (SAMPLE, DATASET, PLATFORM или SERIES) |
Accession | Номер присоединения для записи в базу данных ГЭП. |
Header | Информация об эксперименте с микромассивами. |
ColumnDescriptions | Массив ячеек, содержащий описания столбцов в данных. |
ColumnNames | Массив ячеек, содержащий имена столбцов в данных. |
Data | Массив, содержащий данные микромассивов. |
Identifier(только файлы GDS) | Массив ячеек, содержащий идентификаторы зондов. |
IDRef(только файлы GDS) | Массив ячеек, содержащий индексы к зондам. |
Примечание
В настоящее время getgeodata функция поддерживает выборки (GSM), Data Set (GDS), Platform (GPL) и Series (GSE).
getgeodata( сохраняет данные, возвращенные из базы данных, в файл. AccessionNumber,
'ToFile', ToFileValue)
Примечание
Вы можете прочитать файл в формате GEO SOFT обратно в программное обеспечение MATLAB, используя geosoftread функция. Вы можете прочитать файл в формате GEO SERIES обратно в программное обеспечение MATLAB с помощью geoseriesread функция.
Для получения дополнительной информации см.
GEOData = getgeodata(AccessionNumber,'TimeOut',TimeOutValue)
geoStruct = getgeodata('GSM1768')