Микромассив
Экспрессия генов и генетический вариант анализа данных микромассивов
Микромассивы содержат олигонуклеотидные или кДНК-зонды для измерения уровней экспрессии генов в геномной шкале. Bioinformatics Toolbox™ позволяет вам предварительно обработать данные экспрессии из микромассивов с помощью различных методов нормализации и фильтрации. Используйте нормализованные данные для идентификации дифференциально экспрессированных генов и выполнения обогащения результатов экспрессии с помощью Gene Ontology. Можно также обнаружить генетические варианты, такие как изменения числа копий (CNV) и однонуклеотидный полиморфизм (SNP), по данным сравнительной геномной гибридизации (CGH). Визуализируйте сети взаимодействия ген и белок-белок с помощью алгоритмов теории графиков.
Подсвеченные темы
- Импорт и управление данными
Импорт данных и аннотаций из Affymetrix® GeneChip®, Иллюмина®, Agilent®, Gene Expression Omnibus (GEO), ImaGene®, SPOT, GenePix® GPR и GAL; управление экспериментальными данными и выборкой метаданных по стандарту MIAME
- Предварительная обработка
Подготовьте данные необработанных микромассивов для анализа с помощью корректировки фона, нормализации и фильтрации выражений; обширная предварительная обработка данных Affymetrix и Illumina. Извлечение аннотаций зондов из файлов библиотеки
- Экспрессионный анализ
Идентифицируйте, визуализируйте и классифицируйте дифференциально экспрессируемые гены и профили экспрессии
- Генетический анализ вариантов
Найти, проанализировать и визуализировать генетические варианты, такие как изменения числа копий (CNV) и полиморфизмы с одним нуклеотидом (SNP)
- Генная онтология
Информация о генной онтологии (GO) в реальном времени; обогатительный анализ результатов экспрессии микромассивов с использованием сетей Gene Ontology
- Анализ и визуализация сети
Примените основные алгоритмы теории графиков к взаимодействиям белок-белок (PPI) и другим генным сетям; просматривать сетевые отношения с помощью интерактивных карт, иерархических графиков и путей
