Exponenta Banner

hmmprofmerge

Отображение набора выравниваний профиля HMM

Синтаксис

hmmprofmerge(Sequences)
hmmprofmerge(Sequences, Names)
hmmprofmerge(Sequences, Names, Scores)

Аргументы

SequencesМассив последовательностей. Sequences может также быть структурированным массивом с выровненными последовательностями в поле Aligned или Sequencesи необязательные имена в поле Header или Name.
Names

Имена для последовательностей. Введите массив ячеек из векторов символов.

Scores

Парные счета выравнивания от функции hmmprofalign. Введите вектор значений с той же длиной, что и количество последовательностей в Sequences.

Описание

hmmprofmerge(Sequences) открывает веб-браузер по умолчанию и отображает набор предварительно выровненных последовательностей в профиль модели HMM. Выход выровнен, соответствующий состояниям HMM.

  • Match states - Прописные буквы

  • Insert states - Строчные буквы или звездочки (*)

  • Delete states - штрихи

Периоды (.) складываются в положения, соответствующие вставкам в других последовательностях. Входные последовательности должны иметь одинаковое количество состояний профиля, то есть счетчик соединений заглавных букв и штрихов должен быть одинаковым.

hmmprofmerge(Sequences, Names) помечает последовательности Names.

hmmprofmerge(Sequences, Names, Scores) сортировка отображаемых последовательностей с помощью Scores.

Примеры

load('hmm_model_examples','model_7tm_2')  %load model
load('hmm_model_examples','sequences')  %load sequences

for ind =1:length(sequences)
    [scores(ind),sequences(ind).Aligned] =...
        hmmprofalign(model_7tm_2,sequences(ind).Sequence);
    end
hmmprofmerge(sequences, scores)

См. также

|

Представлено до R2006a

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка