Отображение набора выравниваний профиля HMM
hmmprofmerge(Sequences)
hmmprofmerge(Sequences, Names)
hmmprofmerge(Sequences, Names, Scores)
Sequences | Массив последовательностей. Sequences может также быть структурированным массивом с выровненными последовательностями в поле Aligned или Sequencesи необязательные имена в поле Header или Name. |
Names | Имена для последовательностей. Введите массив ячеек из векторов символов. |
Scores | Парные счета выравнивания от функции |
hmmprofmerge( открывает веб-браузер по умолчанию и отображает набор предварительно выровненных последовательностей в профиль модели HMM. Выход выровнен, соответствующий состояниям HMM.Sequences)
Match states - Прописные буквы
Insert states - Строчные буквы или звездочки (*)
Delete states - штрихи
Периоды (.) складываются в положения, соответствующие вставкам в других последовательностях. Входные последовательности должны иметь одинаковое количество состояний профиля, то есть счетчик соединений заглавных букв и штрихов должен быть одинаковым.
hmmprofmerge( помечает последовательности Sequences, Names)Names.
hmmprofmerge( сортировка отображаемых последовательностей с помощью Sequences, Names, Scores)Scores.
load('hmm_model_examples','model_7tm_2') %load model
load('hmm_model_examples','sequences') %load sequences
for ind =1:length(sequences)
[scores(ind),sequences(ind).Aligned] =...
hmmprofalign(model_7tm_2,sequences(ind).Sequence);
end
hmmprofmerge(sequences, scores)