hmmprofalign

Выровняйте последовательность запросов по профилю с помощью скрытого выравнивания марковской модели

Синтаксис

Score = hmmprofalign(Model, Seq) [Score, Alignment] = hmmprofalign(Model, Seq) [Score, Alignment, Pointer] = hmmprofalign(Model, Seq) hmmprofalign(..., 'ShowScore', ShowScoreValue, ...) hmmprofalign(..., 'Flanks', FlanksValue, ...) hmmprofalign(..., 'ScoreFlanks', ScoreFlanksValue, ...) hmmprofalign(..., 'ScoreNullTransitions', ScoreNullTransitionsValue, ...)

Аргументы

`Model`	Скрытая модель Маркова, созданная функцией `hmmprofstruct`.
`Seq`	Аминокислотная или нуклеотидная последовательность. Вы также можете ввести структуру с полем `Sequence`.
`ShowScoreValue`	Управление отображением пространства подсчета очков и пути выигрыша. Варианты `true` или `false` (по умолчанию).
`FlanksValue`	Управление включением символов, сгенерированных состояниями FLANKING INSERT, в последовательность выхода. Варианты `true` или `false` (по умолчанию).
`ScoreFlanksValue`	Управляет включением вероятностей перехода для фланкирующих состояний в необработанный счет. Варианты `true` или `false` (по умолчанию).
`ScoreNullTransitionsValue`	Управляет корректировкой необработанного счета, используя модель null для переходов (`Model.NullX`). Варианты `true` или `false` (по умолчанию).

Описание

Score = hmmprofalign(Model, Seq) возвращает счет для оптимального выравнивания запрашиваемой аминокислотной или нуклеотидной последовательности (Seq) в профиль скрытой модели Маркова (Model). Счета вычисляются с использованием логарифмических коэффициентов для вероятностей выбросов и логарифмических вероятностей для переходов состояний.

[Score, Alignment] = hmmprofalign(Model, Seq) также возвращает вектор символов, показывающую оптимальное выравнивание профиля.

Заглавные буквы и штрихи соответствуют состояниям MATCH и DELETE соответственно (объединенное количество равно количеству состояний в модели). Строчные буквы излучаются состояниями INSERT. Для получения дополнительной информации о профиле HMM см. hmmprofstruct.

[Score, Alignment, Pointer] = hmmprofalign(Model, Seq) также возвращает вектор той же длины, что и модель профиля, с индексами, указывающими на соответствующие символы последовательности запросов. Нулевые указатели (NaN) означают, что такие состояния не излучают символ в выровненной последовательности, потому что они представляют скачки модели из состояния BEGIN состояния MATCH, модель перескакивает из состояния MATCH в состояние END или потому, что выравнивание прошло через состояния DELETE.

hmmprofalign (..., 'PropertyName', PropertyValue, ...) вызывает hmmprofalign с необязательными свойствами, которые используют пары имя/значение свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должны быть заключены в одинарные кавычки и нечувствительны к регистру. Эти имена свойства/пары значения свойств следующие:

hmmprofalign(..., 'ShowScore', ShowScoreValue, ...), когда ShowScoreValue является true, отображает пространство подсчета очков и путь выигрыша.

hmmprofalign(..., 'Flanks', FlanksValue, ...), когда FlanksValue является true, включает символы, сгенерированные состояниями FLANKING INSERT в выход последовательности.

hmmprofalign(..., 'ScoreFlanks', ScoreFlanksValue, ...), когда ScoreFlanksValue является true, включает вероятности перехода для фланкирующих состояний в необработанном счете.

hmmprofalign(..., 'ScoreNullTransitions', ScoreNullTransitionsValue, ...), когда ScoreNullTransitionsValue является true, корректирует необработанный счет, используя модель null для переходов (Model.NullX).

Примечание

Несколько целевых выравниваний не поддерживаются в этой реализации. Все Model.LoopX вероятности игнорируются.

Примеры

свернуть все

Выровняйте последовательность запросов по профилю с помощью выравнивания модели HMM

Открыть Live Script

В этом примере показано, как выровнять последовательность запросов по профилю модели HMM с помощью выравнивания модели HMM.

Загрузите структуру профиля HMM 7 трансмембранного рецептора (семейство Secretin).

load('hmm_model_examples','model_7tm_2');

Загрузите пример последовательности и выровните его по структуре профиля с помощью выравнивания HMM.

load('hmm_model_examples','sequences');
humanSeq = sequences(1).Sequence;
[a,s]=hmmprofalign(model_7tm_2,humanSeq,'showscore',true)

Figure contains an axes. The axes with title log-odds score for best path contains 2 objects of type image, line.

a = 483.7231

s = 
'YILVKAIYTLGYSVS-LMSLATGSIILCLFRKLHCTRNYIHLNLFLSFILRAISVLVKDDVLYSSSgtlhcpdqpsswvgCKLSLVFLQYCIMANFFWLLVEGLYLHTLL-VA---MLPPRRCFLAYLLIGWGLPTVCIGAWTAAR------------LYLEDTGC-WDTN-DHSVPWWVIRIPILISIIVNFVLFISIIRILLQKLT----SPDVGGNDQSQYKRLAKSTLLLIPLFGVHYMVFAVFPIS----ISSKYQILFELCLGSFQGLVVAVLYCFLNSEV'

См. также

Представлено до R2006a

Документация