Sequence Alignment
Сравните нуклеотидные или аминокислотные последовательности, используя парные или множественные функции выравнивания последовательностей. Стандартные алгоритмы для парных выравниваний включают Needleman-Wunsch (nwalign) и Смит-Уотерман (swalign) алгоритмы. Вы также можете выполнить выравнивание нескольких последовательностей, используя различные функции, такие как multialign и profalign, и визуализировать результаты выравнивания в Sequence Alignment приложения. В сложение можно использовать скрытую модель Маркова (HMM), чтобы выровнять последовательность запросов по профилю HMM. Выполните поиск BLAST по известным последовательностям в онлайновых базах данных с помощью различных программ BLAST.
Приложения
| Sequence Alignment | Визуализация и редактирование нескольких выравниваний последовательности |
Функции
localalign | Верните локальные оптимальные и неоптимальные выравнивания между двумя последовательностями |
nwalign | Глобально выровнять две последовательности с помощью алгоритма Нидлемана-Вунша |
swalign | Локально выровнять две последовательности с помощью алгоритма Смита-Уотермана |
seqdotplot | Создайте точечный график из двух последовательностей |
seqpdist | Вычислите парное расстояние между последовательностями |
seqalignviewer | Визуализация и редактирование выравнивания нескольких последовательностей |
multialign | Выравнивание нескольких последовательностей с помощью прогрессивного метода |
profalign | Выравнивание двух профилей с помощью глобального выравнивания Нидлемана-Вунша |
seqconsensus | Вычислите консенсусную последовательность |
seqprofile | Вычислите профиль последовательности из набора умноженных выровненных последовательностей |
seqlogo | Отобразите логотип последовательности для нуклеотидных или аминокислотных последовательностей |
hmmprofalign | Выровняйте последовательность запросов по профилю с помощью скрытого выравнивания марковской модели |
hmmprofestimate | Оценка профиля скрытых параметров модели Маркова (HMM) с использованием псевдоконтов |
hmmprofgenerate | Сгенерируйте случайную последовательность, полученную из скрытой марковской модели профиля (HMM) |
hmmprofmerge | Отображение набора выравниваний профиля HMM |
hmmprofstruct | Создайте или отредактируйте скрытую структуру профиля модели Маркова (HMM) |
showhmmprof | Постройте скрытый профиль модели Маркова (HMM) |
blastncbi | Составьте удаленный идентификатор запроса отчета NCBI BLAST или ссылку на отчет NCBI BLAST |
Темы
Сравнение последовательностей с использованием алгоритмов Sequence Alignment
Определение подобия между двумя последовательностями является общей задачей в вычислительной биологии.
Просмотр и выравнивание нескольких последовательностей
Используйте приложение Sequence Alignment, чтобы визуально просмотреть несколько выравнивания и внести корректировки вручную.
Выравнивания последовательности
Можно выбрать из списка методов анализа, чтобы сравнить нуклеотидные или аминокислотные последовательности с помощью парных или нескольких функций выравнивания последовательностей.
Утилиты и статистика последовательности
Можно манипулировать и анализировать свои последовательности, чтобы получить более глубокое понимание физических, химических и биологических характеристик ваших данных.
