mzcdfread
Считайте данные масс-спектрометрии из файла netCDF
Синтаксис
mzCDFStruct = mzcdfread(File)
mzCDFStruct = mzcdfread(File,
...'TimeRange', TimeRangeValue, ...)
mzCDFStruct = mzcdfread(File,
...'ScanIndices', ScanIndicesValue, ...)
mzCDFStruct = mzcdfread(File,
...'Verbose', VerboseValue, ...)
Входные параметры
File | Вектор символов или строка, содержащая имя файла или путь и имя файла файла netCDF, который содержит данные масс-спектрометрии и соответствует стандартной спецификации ANDI/MS или ASTM E2077-00 (2005) или более ранним спецификациям. Если вы задаете только имя файла, этот файл должен быть в MATLAB® путь поиска файлов или в текущей папке. |
TimeRangeValue | Двухэлементный числовой массив Совет Временные модули указаны в глобальных атрибутах netCDF. Для получения сводной информации о временных областях значений в файле netCDF используйте Примечание Если вы задаете |
ScanIndicesValue | Положительное целое число, вектор целых чисел или двухэлементный числовой массив Совет Для получения информации об индексах скана в файле netCDF, проверьте Примечание Если вы задаете |
VerboseValue | Управляет отображением прогресса чтения |
Выходные аргументы
mzCDFStruct | Структура MATLAB, содержащая информацию масс-спектрометрии из файла netCDF. Его поля соответствуют переменным и глобальным атрибутам в файле netCDF. Если переменная netCDF содержит локальные атрибуты, создается дополнительное поле с именем поля, содержащим имя переменной |
Описание
mzCDFStruct = mzcdfread(File)File, а затем создает структуру MATLAB, mzCDFStruct.
File - вектор символов или строка, содержащая имя файла или путь и имя файла файла netCDF, который содержит данные масс-спектрометрии. Файл должен соответствовать стандартным спецификациям ANDI/MS или ASTM E2077-00 (2005) или более ранним спецификациям.
mzCDFStruct содержит поля, которые соответствуют переменным и глобальным атрибутам в файле netCDF. Если переменная netCDF содержит локальные атрибуты, создается дополнительное поле с именем поля, содержащим имя переменной _attributes. Количество и имена полей будут варьироваться в зависимости от программного обеспечения масс-спектрометра, но обычно существуют mass_values и intensity_values поля.
Совет
Анализ данных LC/MS требует увеличения объема памяти от операционной системы.
Если вы получаете ошибки, связанные с памятью, попробуйте следующее:
Увеличьте виртуальную память (пространство подкачки) для операционной системы, как описано в разделе Разрешение ошибок «Нехватка памяти».
Если вы получаете ошибки, связанные с Java® Пространство кучки, увеличения Java пространство кучки:
Если у вас есть MATLAB версии 7.10 (R2010a) или более поздней, смотрите Java Heap Настройки.
Если у вас есть MATLAB версии 7.9 (R2009b) или более ранней, см. https://www.mathworks.com/support/solutions/en/data/1-18I2C/.
mzCDFStruct = mzcdfread (File... 'PropertyName', PropertyValue, ...)mzcdfread с необязательными свойствами, которые используют пары имя/значение свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должны быть заключены в одинарные кавычки и нечувствительны к регистру. Эти имена свойства/пары значения свойств следующие:
задает область значений времени в mzCDFStruct = mzcdfread(File,
...'TimeRange', TimeRangeValue, ...)File читать. TimeRangeValue является двухэлементным числовым массивом [Start End]. По умолчанию нужно считать спектры из всех времен [0 Inf].
Совет
Временные модули указаны в глобальных атрибутах netCDF. Для получения сводной информации о временных областях значений в файле netCDF используйте mzcdfinfo функция.
Примечание
Если вы задаете TimeRangeValue, вы не можете задать ScanIndicesValue.
mzCDFStruct = mzcdfread(File,
...'ScanIndices', ScanIndicesValue, ...)File читать. ScanIndicesValue - положительное целое число, вектор целых чисел или двухэлементный числовой массив [Start_Ind End_Ind]. Start_Ind и End_Ind - каждые положительные целые числа, указывающее на число индексов скана. Start_Ind должно быть меньше End_Ind. По умолчанию считываются все сканы.
Совет
Для получения информации об индексах скана в файле netCDF, проверьте NumberOfScans поле в структуре, возвращенной mzcdfinfo функция.
Примечание
Если вы задаете ScanIndicesValue, вы не можете задать TimeRangeValue.
mzCDFStruct = mzcdfread(File,
...'Verbose', VerboseValue, ...)File. Варианты true (по умолчанию) или false.
Примеры
В следующем примере файл results.cdf не предусмотрен.
Считайте файл netCDF в программное обеспечение MATLAB как структуру.
out = mzcdfread('results.cdf');Просмотрите второй скан в файле netCDF, создав отдельные переменные, содержащие значения интенсивности и m/z, и затем постройте график этих значений. Добавьте заголовок и метки x - и ось Y с помощью полей в структуру output.
idx1 = out.scan_index(2)+1; idx2 = out.scan_index(3); y = out.intensity_values(idx1:idx2); z = out.mass_values(idx1:idx2); stem(z,y,'marker','none') title(sprintf('Time: %f',out.scan_acquisition_time(2))) xlabel(out.mass_axis_units) ylabel(out.intensity_axis_units)
См. также
jcampread | mzcdf2peaks | mzcdfinfo | mzxmlread | tgspcread