mzxmlread

Чтение данных из файла mzXML

Свернуть все на странице

Синтаксис

mzXMLStruct = mzxmlread(myFile)
mzXMLStruct = mzxmlread(myFile,Name,Value)

Описание

пример

mzXMLStruct = mzxmlread(myFile) возвращает MATLAB® структура, mzXMLStruct, из файла mzXML, myFile.

пример

mzXMLStruct = mzxmlread(myFile,Name,Value) считывает файл mzXML, myFile, а затем возвращает структуру MATLAB, mzXMLStruct, с использованием дополнительных опций, заданных одним или несколькими Name,Value аргументы в виде пар.

Примеры

свернуть все

В этом примере файл results_1.mzxml не предусмотрен. Вы можете найти выборку mzXML-файлов в:

Считайте файл mzXML в структуру MATLAB.

out = mzxmlread('results_1.mzxml')
out = 

     scan: [2000x1 struct]
    mzXML: [1x1 struct]
    index: [1x1 struct]

Просмотр первого скана в файле mzXML путем создания отдельных переменных, содержащих отношение масса к заряду (mz_ratio) и интенсивности (Y) значения соответственно. Затем постройте график этих значений.

mz_ratio = out.scan(1).peaks.mz(1:2:end); 
Y = out.scan(1).peaks.mz(2:2:end); 
stem(mz_ratio,Y,'marker','none')

В этом примере файл results_2.mzxml не предусмотрен. Вы можете найти выборку mzXML-файлов в:

Считайте файл mzXML в структуру MATLAB, извлекая сканы с индексом 1000.

out1 = mzxmlread('results_2.mzxml','ScanIndices',1000)
out1 = 

     scan: [1x1 struct]
    mzXML: [1x1 struct]
    index: [1x1 struct]

Считывайте файл mzXML в структуру MATLAB, извлекая несколько сканы по индексам 1000, 1500 и 2000.

out2 = mzxmlread('results_2.mzxml','ScanIndices',[1000 1500 2000])
out2 = 

     scan: [3x1 struct]
    mzXML: [1x1 struct]
    index: [1x1 struct]

Считывайте файл в структуру MATLAB, извлекая область значений сканов от индексов 1000 до 2000.

out3 = mzxmlread('results_2.mzxml','ScanIndices',[1000:2000])
out3 = 

    scan: [1001x1 struct]
    mzXML: [1x1 struct]
    index: [1x1 struct]

Входные параметры

свернуть все

Входной файл, заданный как вектор символов или строка, содержащая имя файла mzXML. Файл должен соответствовать спецификациям mzXML 2.1 или более ранних версий. Ознакомиться со спецификацией mzXML 2.1 можно здесь:

http://sashimi.sourceforge.net/schema_revision/mzXML_2.1/Doc/mzXML_2.1_tutorial.pdf

Аргументы в виде пар имя-значение

Задайте необязательные разделенные разделенными запятой парами Name,Value аргументы. Name - имя аргумента и Value - соответствующее значение. Name должны находиться внутри кавычек. Можно задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке Name1,Value1,...,NameN,ValueN.

Пример: 'TimeRange',[5.0 10.0],'Verbose',true

Уровни спектров, заданные как положительное целое число или вектор целых чисел, указывающие, какие сканы извлекать сканы из myFile. По умолчанию, mzxmlread считывает все уровни спектров.

Для получения сводной информации об уровнях спектров в файле mzXML используйте mzxmlinfo функция.

Если вы используете 'Levels' аргумент пары "имя-значение", тогда вы не можете использовать 'ScanIndices'.

Пример: 'Levels',5

Область значений времени, заданный как двухэлементный числовой массив, такой как [Start End] указывает, какие сканы извлекать из myFile. The Start и End скалярные значения должны быть между startTime и endTime атрибуты msRun элемент в myFile. The Start скалярное значение должно быть меньше End. По умолчанию, mzxmlread считывает все сканы.

Для получения сводной информации о временных областях значений в файле mzXML используйте mzxmlinfo функция.

Если вы используете 'TimeRange' аргумент пары "имя-значение", тогда вы не можете использовать 'ScanIndices'.

Пример: 'TimeRange',[5.1 10.2]

Индексы сканирования, заданные как положительное целое число или вектор положительных целых чисел, указывающих, какие сканы извлекать из myFile. Используйте целое число, чтобы задать один скан, или вектор из целых чисел, чтобы задать несколько сканы. По умолчанию, mzxmlread считывает все сканы.

Для получения сводной информации о временных областях значений в файле mzXML используйте mzxmlinfo функция.

Если вы используете 'ScanIndices' аргумент пары "имя-значение", тогда вы не можете использовать 'Levels' или 'TimeRange'.

Пример: 'ScanIndices',7000

Подробный режим, заданный как true (1), или false (0). Когда 'Verbose' установлено в true, mzxmlread отображает прогресс во время чтения myFile.

Пример: 'Verbose',false

Выходные аргументы

свернуть все

Структура из файла mzXML, возвращенная как структура MATLAB. mzXMLStruct имеет следующие поля:

ОбластьОписание
scanМассив структур, содержащий данные, относящиеся к каждому отдельному скану, такие как уровень масс-спектрометрии, суммарный ионный ток, полярность, масса предшественника (когда она применяется) и данные спектра.
indexСтруктура, содержащая индексы позиций элементов скана в XML-документе.
mzXML

Структура, содержащая все:

  • Сведения в корневом элементе схемы mzXML, такие как детали инструмента, детали эксперимента и методы предварительной обработки

  • URL-адреса, указывающие на схемы для каждого скана

  • Подход к индексации

  • Цифровая подпись, рассчитанная для текущего образца документа

Совет

Анализ данных LC/MS требует увеличения объема памяти от операционной системы.

  • Если вы получаете ошибки, связанные с памятью, попробуйте следующее:

  • Если вы получаете ошибки, связанные с Java® Пространство кучки, увеличения Java пространство кучки:

См. также

| | | |

Введенный в R2006b

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте