Преобразуйте структуру mzXML в пиковый список
[Peaklist, Times]
= mzxml2peaks(mzXMLStruct)
[Peaklist, Times]
= mzxml2peaks(mzXMLStruct, 'Levels', LevelsValue)
mzXMLStruct | MATLAB® структура, содержащая информацию из файла mzXML, например, созданную |
LevelsValue | Положительное целое число или вектор целых чисел, который задает уровень (ы) спектров в |
Peaklist | Одно из следующих:
|
Times | Вектор времени удерживания, сопоставленный с набором данных жидкостной хроматографии/масс-спектрометрии (LC/MS) или газовой хроматографии/масс-спектрометрии (GC/MS). Количество элементов в Times равен количеству элементов в Peaklist. |
[ извлекает пиковую информацию из Peaklist, Times]
= mzxml2peaks(mzXMLStruct)mzXMLStruct, структуру MATLAB, содержащую информацию из файла mzXML, например, созданную mzxmlread function, и создает Peaklist, массив ячеек из матриц, содержащий значения массы/заряда (m/z) и значения интенсивности ионов, и Timesвектор времени удерживания, сопоставленный с набором данных жидкостной хроматографии/масс-спектрометрии (LC/MS) или газовой хроматографии/масс-спектрометрии (GC/MS). mzXMLStruct включает следующие поля:
| Область | Описание |
|---|---|
scan | Массив структур, содержащий данные, относящиеся к каждому отдельному скану, такие как уровень масс-спектрометрии, суммарный ионный ток, полярность, масса предшественника (когда она применяется) и данные спектра. |
index | Структура, содержащая индексы позиций элементов скана в XML-документе. |
mzXML | Структура, содержащая:
|
[ задает уровень (ы) спектров в Peaklist, Times]
= mzxml2peaks(mzXMLStruct, 'Levels', LevelsValue)mzXMLStruct для преобразования, принимая, что спектры из тандемных наборов данных MS. По умолчанию это 1, который преобразует только спектры первого уровня, то есть спектры, содержащие ионы предшественника. Настройка LevelsValue на 2 преобразует только спектры второго уровня, которые являются спектрами фрагментов (созданными из иона предшественника).
Примечание
В следующем примере файл results.mzxml не предусмотрен. Выборка mzXML- файлов можно найти в:
Используйте mzxmlread функция для чтения файла mzXML в программное обеспечение MATLAB в качестве структуры. Затем извлеките информацию о пиках только ионов первого уровня из структуры.
mzxml_struct = mzxmlread('results.mzxml');
[peaks,time] = mzxml2peaks(mzxml_struct);
Создайте точечный график данных LC/MS.
msdotplot(peaks,time)