rebasecuts

Найдите рестрикционные ферменты, которые режут нуклеотидную последовательность

Синтаксис

[Enzymes, Sites] = rebasecuts(SeqNT) rebasecuts(SeqNT, Group) rebasecuts(SeqNT, [Q, R]) rebasecuts(SeqNT, S)

Входные параметры

`SeqNT`	Нуклеотидная последовательность.
`Group`	Массив ячеек из символьных векторов или строкового вектора, представляющий имена допустимых рестрикционных ферментов.
`Q`, `R`	Базовые положения, которые ограничивают поиск всеми сайтами между базовыми `Q` и базовые `R`.
`S`	Базовое положение, которое ограничивает поиск всеми сайтами после базового `S`.

Выходные аргументы

`Enzymes`	Массив ячеек из символьных векторов, содержащий имена рестрикционных ферментов из REBASE^®, база данных рестрикционных ферментов.
`Sites`	Вектор сайтов вырезания, идентифицируемый номером базового положения, перед каждым вырезом.

Описание

[Enzymes, Sites] = rebasecuts(SeqNT) находит все рестрикционные ферменты, которые режут SeqNT, нуклеотидная последовательность.

rebasecuts(SeqNT, Group) ограничивает поиск следующими Group, список ферментов.

rebasecuts(SeqNT, [Q, R]) ограничивает поиск теми ферментами, которые разрезают после положения основания, заданного Q и перед базовым положением, заданным R.

rebasecuts(SeqNT, S) ограничивает поиск теми ферментами, которые разрезают сразу после положения основания, заданного S.

REBASE, база данных рестрикционных ферментов, представляет собой набор информации о рестрикционных ферментах и родственных белках. Для получения дополнительной информации о REBASE смотрите:

http://rebase.neb.com/rebase/rebase.html

Примеры

Создайте нуклеотидную последовательность.
```
seq = 'AGAGGGGTACGCGCTCTGAAAAGCGGGAACCTCGTGGCGCTTTATTAA';
```
Найти все возможные ферменты и сайты расщепления в последовательности.
```
 [enzymes, sites] = rebasecuts(seq)
```

Найти, где рестрикционные ферменты CfoI и Tru9I вырезать последовательность.

[enzymes, sites] = rebasecuts(seq, {'CfoI','Tru9I'})

enzymes = 

    'CfoI'
    'CfoI'
    'Tru9I'

sites =

    13
    39
    45

Найдите все возможные ферменты, которые разрезают после основы 7.
```
enzymes  = rebasecuts(seq, 7)

enzymes = 

    'Csp6I'
    'CviQI'
    'RsaNI'
```

Найдите все возможные ферменты, которые разрезаются между основами 11 и 37.

enzymes  = rebasecuts(seq, [11 37])

enzymes = 

    'AccII'
    'AspLEI'
    'BmiI'
    'Bsh1236I'
    'BspFNI'
    'BspLI'
    'BstFNI'
    'BstHHI'
    'BstUI'
    'CfoI'
    'FnuDII'
    'GlaI'
    'HhaI'
    'Hin6I'
    'HinP1I'
    'Hpy188I'
    'HspAI'
    'MvnI'
    'NlaIV'
    'PspN4I'
    'SetI'

Ссылки

[1] Roberts, R.J., Vincze, T., Posfai, J. and Macelis, D. (2007). REBASE - ферменты и гены для рестрикции и модификации ДНК. Nucl. Acids Res. 35, D269-D270.

[2] Официальный веб-сайт REBASE: http://rebase.neb.com.

См. также

cleave | cleavelookup | regexp | restrict | seq2regexp

Представлено до R2006a

Документация