Найдите правило расщепления для фермента или соединения
cleavelookup
cleavelookup('Code', CodeValue)
cleavelookup('Name', NameValue)
CodeValue | Вектор символов, задающий код, представляющий сокращение для фермента или соединения. Действительные коды см. в таблице Cleave Lookup. |
NameValue | Вектор символов, задающий имя фермента или соединения. Допустимые имена см. в таблице Cleave Lookup. |
cleavelookup отображает таблицу кодов сокращений, положений расщепления, шаблонов расщепления и полных имен ферментов и соединений, правила расщепления для которых заданы библиотекой правил расщепления. Правила исключений Trysin также перечислены в таблице. Для получения дополнительной информации см. инструмент ExPASy PeptideCutter.
Интерполяция расщепления
| Код | Положение | Шаблон | Полное имя |
|---|---|---|---|
ARG-C | 1 | R | ARG-C протеиназа |
ASP-N | 2 | D | ASP-N эндопептидаза |
BNPS | 1 | W | BNPS-Скатоле |
CASP1 | 1 | (?<=[FWYL]\w[HAT])D(?=[^PEDQKR]) | Каспаза 1 |
CASP2 | 1 | (?<=DVA)D(?=[^PEDQKR]) | Каспаза 2 |
CASP3 | 1 | (?<=DMQ)D(?=[^PEDQKR]) | Каспаза 3 |
CASP4 | 1 | (?<=LEV)D(?=[^PEDQKR]) | Каспаза 4 |
CASP5 | 1 | (?<=[LW]EH)D | Каспаза 5 |
CASP6 | 1 | (?<=VE[HI])D(?=[^PEDQKR]) | Каспаза 6 |
CASP7 | 1 | (?<=DEV)D(?=[^PEDQKR]) | Каспаза 7 |
CASP8 | 1 | (?<=[IL]ET)D(?=[^PEDQKR]) | Каспаза 8 |
CASP9 | 1 | (?<=LEH)D | Каспаза 9 |
CASP10 | 1 | (?<=IEA)D | Каспаза 10 |
CH-HI | 1 | ([FY](?=[^P]))|(W(?=[^MP])) | Химотрипсин - высокая специфичность |
CH-LO | 1 | ([FLY](?=[^P]))|(W(?=[^MP]))| (M(?=[^PY]))|(H(?=[^DMPW])) | Химотрипсин - низкая специфичность |
CLOST | 1 | R | Clostripain |
CNBR | 1 | M | CNBR |
ELANE | 1 | [AV] | Нейтрофильная эластаза |
ENTKIN | 1 | (?<=[DE][DE][DE])K | Энтерокиназа |
FACTXA | 1 | (?<=[AFGILTVM][DE]G)R | Коэффициент XA |
FORMIC | 1 | D | Муравьиная кислота |
GLUEND | 1 | E | Глутамилендопептидаза |
GRANB | 1 | (?<=IEP)D | Гранзим B |
HYDROX | 1 | N(?=G) | Гидроксиламин |
IODOB | 1 | W | Иодособензойная кислота |
LYSC | 1 | K | Lysc |
NLATEV | 1 | (?<=Y\w)Q(?=[GS]) | NLA в вирусе травления табака |
NTCB | 1 | C | NTCB |
PEPS | 1 | ((?<=[^HKR][^P])[^R](?=[FL][^P]))|((?<=[^HKR][^P])[FL](?=\w[^P])) | Пепсин PH = 1,3 |
PEPS2 | 1 | ((?<=[^HKR][^P])[^R](?=[FLWY][^P]))|((?<=[^HKR][^P])[FLWY](?=\w[^P])) | Пепсин PH > 2 |
PROEND | 1 | (?<=[HKR])P(?=[^P]) | Пролин-эндопептидаза |
PROTK | 1 | [AEFILTVWY] | Протеиназа K |
STAPHP | 1 | (?<=[^E])E | Стафилококковая пептидаза I |
THERMO | 1 | [^DE](?=[AFILMV]) | Термолизин |
THROMB | 1 | ((?<=\w\wG)R(?=G))| ((?<=[AFGILTVM][AFGILTVWA]P)R(?=[^DE][^DE])) | Тромбин |
TRYPS | 1 | ((?<=\w)[KR](?=[^P]))| ((?<=W)K(?=P))|((?<=M)R(?=P)) | Трипсин |
XTRYPS | 1 | ((?<=C)K[DHY])|((?<=D)K(?=D))|((?<=R)R(?=[HR]))|((?<=C)R(?=K)) | Исключения из трипсина |
cleavelookup('Code', отображает положение расщепления, шаблон расщепления и полное имя фермента или соединения, заданные CodeValue)CodeValue, вектор символов, задающий сокращение.
cleavelookup('Name', отображает положение расщепления, шаблон расщепления и код сокращения фермента или соединения, заданные как NameValue)NameValue, вектор символов, задающий имя фермента или соединения.
Отобразите положение расщепления, шаблон расщепления и код сокращения фермента Каспазы 1.
cleavelookup('name', 'CASPASE 1')
ans =
1 (?<=[FWYL]\w[HAT])D(?=[^PEDQKR]) CASP1Отобразите положение расщепления, шаблон расщепления и полное имя фермента с кодом сокращения CASP1.
cleavelookup('code', 'CASP1')
ans =
1 (?<=[FWYL]\w[HAT])D(?=[^PEDQKR]) CASPASE 1cleave | rebasecuts | restrict