restrict

Разделите нуклеотидную последовательность в сайте рестрикции

Синтаксис

Fragments = restrict(SeqNT, Enzyme) Fragments = restrict(SeqNT, NTPattern, Position) [Fragments, CuttingSites] = restrict(...) [Fragments, CuttingSites, Lengths] = restrict(...) ... = restrict(..., 'PartialDigest', PartialDigestValue)

Аргументы

`SeqNT`	Одно из следующих: Вектор символов или строка, задающая нуклеотидную последовательность. Действительные буквенные коды см. в таблице Сопоставление нуклеотидных буквенных кодов с целыми числами. Вектор-строка из целых чисел, задающий нуклеотидную последовательность. Для допустимых целых чисел смотрите таблицу Сопоставление нуклеотидных целых чисел с буквенными кодами. MATLAB^® структура, содержащая `Sequence` поле, которое содержит нуклеотидную последовательность, такую как возвращенная `fastaread`, `fastqread`, `emblread`, `getembl`, `genbankread`, или `getgenbank`.
`Enzyme`	Вектор символов или строка, задающая имя рестрикционного фермента из REBASE^®, база данных рестрикционных ферментов. Совет Некоторые ферменты определяют правила резки как для цепи, так и для ее цепи дополнения. `restrict` применяет правило резания только для цепи 5 '- > 3'. Для решения проблемы применения правила резки фермента для обеих цепей, смотрите Примеры.
`NTPattern`	Короткий шаблон распознавания нуклеотидной последовательности для поиска в `SeqNT`, большую последовательность. `NTPattern` может быть любым из следующих: Вектор символов или строка Регулярное выражение
`Position`	Одно из следующих: Целое число, задающее положение в `SeqNT` вырезать, относительно `NTPattern`. Двухэлементный вектор, задающий две позиции в `SeqNT` вырезать, относительно `NTPattern`. Примечание Позиционные `0` соответствует вырезу перед первой основой `NTPattern`.
`PartialDigestValue`	Значение от `0` на `1` (по умолчанию), указывая вероятность того, что сайт расщепления будет вырезан.

Описание

Fragments = restrict(SeqNT, Enzyme) вырезы SeqNT, нуклеотидная последовательность, в фрагменты в местах рестрикции Enzyme, рестрикционный фермент. restrict функция сохраняет значения возврата в Fragments, массив ячеек из последовательностей.

Fragments = restrict(SeqNT, NTPattern, Position) вырезы SeqNT, нуклеотидная последовательность, во фрагменты в сайтах рестрикции, заданных NTPattern, шаблон распознавания нуклеотидов и Position.

[Fragments, CuttingSites] = restrict(...) возвращает числовой вектор с индексами, представляющими сайты резания. restrict функция добавляет 0 к началу CuttingSites вектор так, чтобы количество элементов в CuttingSites равен количеству элементов в Fragments. Можно использовать CuttingSites + 1 указание на первую основу каждого фрагмента, соответствующего исходной последовательности.

[Fragments, CuttingSites, Lengths] = restrict(...) возвращает числовой вектор с длинами каждого фрагмента.

... = restrict(..., 'PartialDigest', PartialDigestValue) моделирует частичный дайджест, где каждый сайт ограничений в последовательности имеет PartialDigestValue или вероятность быть вырезанным.

REBASE, база данных рестрикционных ферментов, представляет собой набор информации о рестрикционных ферментах и родственных белках. Для получения дополнительной информации о REBASE или для поиска REBASE имени рестрикционного фермента смотрите:

http://rebase.neb.com/rebase/rebase.html

Примеры

Пример 71. Разделение нуклеотидной последовательности путем определения фермента

Введите нуклеотидную последовательность.
```
Seq = 'AGAGGGGTACGCGCTCTGAAAAGCGGGAACCTCGTGGCGCTTTATTAA';
```
Используйте рестрикционный фермент HspAI (который задает последовательность распознавания GCGC и положение расщепления 1) для расщепления нуклеотидной последовательности.
```
fragmentsEnzyme = restrict(Seq,'HspAI')
```
MATLAB возвращает:
```
fragmentsEnzyme = 

    'AGAGGGGTACG'
    'CGCTCTGAAAAGCGGGAACCTCGTGG'
    'CGCTTTATTAA'
```

Пример 72. Разделение нуклеотидной последовательности путем определения шаблона и положения

Введите нуклеотидную последовательность.
```
Seq = 'AGAGGGGTACGCGCTCTGAAAAGCGGGAACCTCGTGGCGCTTTATTAA';
```
Используйте шаблон последовательности GCGC с точкой расщепления в положении 3 для расщепления нуклеотидной последовательности.
```
fragmentsPattern = restrict(Seq,'GCGC',3)
```
MATLAB возвращает:
```
fragmentsPattern = 

    'AGAGGGGTACGCG'
    'CTCTGAAAAGCGGGAACCTCGTGGCG'
    'CTTTATTAA'
```

Пример 73. Разделение нуклеотидной последовательности путем определения регулярного выражения для шаблона

Введите нуклеотидную последовательность.
```
Seq = 'AGAGGGGTACGCGCTCTGAAAAGCGGGAACCTCGTGGCGCTTTATTAA';
```
Используйте регулярное выражение, чтобы задать шаблон последовательности.
```
fragmentsRegExp = restrict(Seq,'GCG[^C]',3)
```
MATLAB возвращает:
```
fragmentsRegExp = 

    'AGAGGGGTACGCGCTCTGAAAAGCG'
    'GGAACCTCGTGGCGCTTTATTAA'
```

Пример 74. Возврат участков резания и длин фрагментов

Введите нуклеотидную последовательность.
```
Seq = 'AGAGGGGTACGCGCTCTGAAAAGCGGGAACCTCGTGGCGCTTTATTAA';
```

Захватывайте места резания и длины фрагментов, а также фрагменты.

[fragments, cut_sites, lengths] = restrict(Seq,'HspAI')

MATLAB возвращает:

fragments = 
    'AGAGGGGTACG'
    'CGCTCTGAAAAGCGGGAACCTCGTGG'
    'CGCTTTATTAA'

cut_sites =
     0
    11
    37

lengths =
    11
    26
    11

Пример 75. Разделение двухцепочечной нуклеотидной последовательности

Некоторые ферменты определяют правила резки как для цепи, так и для ее цепи дополнения. restrict применяет правило резания только для цепи 5 '- > 3'. Это правило можно применить вручную для цепи дополнения .

Введите нуклеотидную последовательность.
```
seq = 'CCCGCNNNNNNN';
```
Используйте seqcomplement функция для определения цепи комплемента, которая находится в направлении 3 '- > 5'.
```
seqc = seqcomplement(seq)
```
MATLAB возвращает:
```
seqc =

GGGCGNNNNNNN
```
Разрежьте первую нить, используя рестрикционный фермент FauI (который задает шаблон последовательности распознавания CCCGC и положение расщепления 9).
```
cuts_strand1 = restrict(seq, 'FauI')
```
MATLAB возвращает:
```
cuts_strand1 = 

    'CCCGCNNNN'
    'NNN'
```
Вырежьте цепь дополнения согласно правилу, заданному FauI (который задает шаблон последовательности распознавания GGGCG с точкой расщепления в положении 11).
```
cuts_strand2 = restrict(seqc, 'GGGCG', 11)
```
MATLAB возвращает:
```
cuts_strand2 = 

    'GGGCGNNNNNN'
    'N'
```

Ссылки

[1] Roberts, R.J., Vincze, T., Posfai, J. and Macelis, D. (2007). REBASE - ферменты и гены для рестрикции и модификации ДНК. Nucl. Acids Res. 35, D269-D270.

[2] Официальный веб-сайт REBASE: http://rebase.neb.com.

См. также

Представлено до R2006a

Документация