rnaconvert

Преобразуйте вторичную структуру последовательности РНК между скобками и матричными обозначениями

Синтаксис

RNAStruct2 = rnaconvert(RNAStruct)

Входные параметры

RNAStruct

Вторичная структура РНК-последовательности, представленной либо:

Кронштейн- обозначение
Матрица связности

Совет

Используйте rnafold функция для создания RNAStruct.

Выходные аргументы

RNAStruct2

Вторичная структура РНК-последовательности, представленной либо:

Bracket notation - вектор символов или строка, содержащая точки и скобки, где каждая точка представляет непарную основу, в то время как пара одинаково вложенных, открывающих и закрывающих скобок представляет базовую пару.
Connectivity matrix - двоичная, верхняя треугольная матрица, где RNAmatrix(i, j) = 1 если и только если iостаток в РНК-последовательности Seq работает в паре с jвторой остаток Seq.

Описание

RNAStruct2 = rnaconvert(RNAStruct) возвращает RNAStruct2, вторичная структура РНК-последовательности, в матричном обозначении (если RNAStruct находится в скобке обозначения), или в скобке обозначения (если RNAStruct находится в матричном обозначении).

Примеры

Пример 76. Преобразование из скобки в матричное обозначение

Создайте вектор символов, представляющий вторичную структуру последовательности РНК в скобках обозначения.
```
Bracket = '(((..((((.......)))).((.....)).))).';
```
Преобразуйте вторичную структуру в матричное представление связности.
```
Matrix = rnaconvert(Bracket);
```

Пример 77. Преобразование из матрицы в скобку Обозначения

Создайте матрицу связности, представляющую вторичную структуру РНК-последовательности.
```
    Matrix2 = zeros(12);
    Matrix2(1,12) = 1;
    Matrix2(2,11) = 1;
    Matrix2(3,10) = 1;
    Matrix2(4,9) = 1;
```
Преобразуйте вторичную структуру в обозначение в скобке.
```
Bracket2 = rnaconvert(Matrix2)

Bracket2 =

((((....))))
```

См. также

rnafold | rnaplot

Введенный в R2007b

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Памятка переводчика

1. Если смысл перевода понятен, то лучше оставьте как есть и не придирайтесь к словам, синонимам и тому подобному. О вкусах не спорим.

2. Не дополняйте перевод комментариями “от себя”. В исправлении не должно появляться дополнительных смыслов и комментариев, отсутствующих в оригинале. Такие правки не получится интегрировать в алгоритме автоматического перевода.

3. Сохраняйте структуру оригинального текста - например, не разбивайте одно предложение на два.

4. Не имеет смысла однотипное исправление перевода какого-то термина во всех предложениях. Исправляйте только в одном месте. Когда Вашу правку одобрят, это исправление будет алгоритмически распространено и на другие части документации.

5. По иным вопросам, например если надо исправить заблокированное для перевода слово, обратитесь к редакторам через форму технической поддержки.