Exponenta Banner

rnaconvert

Преобразуйте вторичную структуру последовательности РНК между скобками и матричными обозначениями

Синтаксис

RNAStruct2 = rnaconvert(RNAStruct)

Входные параметры

RNAStructВторичная структура РНК-последовательности, представленной либо:

  • Кронштейн- обозначение

  • Матрица связности

Совет

Используйте rnafold функция для создания RNAStruct.

Выходные аргументы

RNAStruct2Вторичная структура РНК-последовательности, представленной либо:

  • Bracket notation - вектор символов или строка, содержащая точки и скобки, где каждая точка представляет непарную основу, в то время как пара одинаково вложенных, открывающих и закрывающих скобок представляет базовую пару.

  • Connectivity matrix - двоичная, верхняя треугольная матрица, где RNAmatrix(i, j) = 1 если и только если iостаток в РНК-последовательности Seq работает в паре с jвторой остаток Seq.

Описание

RNAStruct2 = rnaconvert(RNAStruct) возвращает RNAStruct2, вторичная структура РНК-последовательности, в матричном обозначении (если RNAStruct находится в скобке обозначения), или в скобке обозначения (если RNAStruct находится в матричном обозначении).

Примеры

Пример 76. Преобразование из скобки в матричное обозначение

  1. Создайте вектор символов, представляющий вторичную структуру последовательности РНК в скобках обозначения.

    Bracket = '(((..((((.......)))).((.....)).))).';

  2. Преобразуйте вторичную структуру в матричное представление связности.

    Matrix = rnaconvert(Bracket);
Пример 77. Преобразование из матрицы в скобку Обозначения

  1. Создайте матрицу связности, представляющую вторичную структуру РНК-последовательности.

        Matrix2 = zeros(12);
    Matrix2(1,12) = 1;
    Matrix2(2,11) = 1;
    Matrix2(3,10) = 1;
    Matrix2(4,9) = 1;

  2. Преобразуйте вторичную структуру в обозначение в скобке.

    Bracket2 = rnaconvert(Matrix2)

Bracket2 =

((((....))))

См. также

|

Введенный в R2007b

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка