Предсказать минимальную свободноэнергетическую вторичную структуру РНК-последовательности
rnafold(Seq)
RNAbracket = rnafold(Seq)
[RNAbracket, Energy] =
rnafold(Seq)
[RNAbracket, Energy, RNAmatrix]
= rnafold(Seq)
... = rnafold(Seq,
...'MinLoopSize', MinLoopSizeValue, ...)
... = rnafold(Seq,
...'NoGU', NoGUValue, ...)
... = rnafold(Seq,
...'Progress', ProgressValue, ...)
Seq | Одно из следующих:
|
MinLoopSizeValue | Целое число, задающее минимальный размер циклов (в основах), которые должны учитываться при вычислении свободной энергии. По умолчанию это 3. |
NoGUValue | Управляет тем, запрещается ли формирование пар GU или UG. Варианты true или false (по умолчанию). |
ProgressValue | Управляет отображением индикатора прогресса во время расчета минимальной вторичной структуры с свободной энергией. Варианты true или false (по умолчанию). |
RNAbracket | Вектор символов точек и скобок, указывающий обозначение в скобке для минимально свободной энергетической вторичной структуры РНК-последовательности. В обозначении скобок каждая точка представляет непарную основу, в то время как пара одинаково вложенных, открывающих и закрывающих скобок представляет базовую пару. |
Energy | Значение, определяющее энергию (в ккал/моле) минимальной свободноэнергетической вторичной структуры РНК-последовательности. |
RNAmatrix | Матрица связности, представляющая минимальную свободноэнергетическую вторичную структуру РНК-последовательности. Двоичная, верхняя треугольная матрица, где iостаток в РНК-последовательности Seq работает в паре с jвторой остаток Seq. |
rnafold( предсказывает и отображает вторичную структуру (в скобках обозначения), сопоставленную с минимальной свободной энергией для последовательности РНК, Seq)Seq, с использованием термодинамического ближайшего соседнего подхода.
Примечание
Для длинных последовательностей это предсказание может быть длительным. Для примера 600-нуклеотидная последовательность может занять несколько минут, а последовательности, больше 1000 нуклеотидов, могут занять более 1 часа, в зависимости от вашей системы.
RNAbracket = rnafold(Seq)Seq, с использованием термодинамического ближайшего соседнего подхода. Возвращенная структура, RNAbracket, находится в обозначении скобок, то есть вектор точек и скобок, где каждая точка представляет непарную основу, в то время как пара одинаково вложенных, открывающих и закрывающих скобок представляет собой пару оснований.
[ также возвращается RNAbracket, Energy] =
rnafold(Seq)Energy, энергетическое значение (в ккал/моль) минимальной свободноэнергетической вторичной структуры РНК-последовательности.
[ также возвращается RNAbracket, Energy, RNAmatrix]
= rnafold(Seq)RNAmatrix, матрица связности, представляющая вторичную структуру, связанную с минимальной свободной энергией. RNAmatrix является верхней треугольной матрицей, где RNAmatrix(i, j) = 1iостаток в РНК-последовательности Seq работает в паре с jвторой остаток Seq.
... = rnafold вызывает (Seq... 'PropertyName', PropertyValue, ...)rnafold с необязательными свойствами, которые используют пары имя/значение свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должны быть заключены в одинарные кавычки и нечувствительны к регистру. Эти имена свойства/пары значения свойств следующие:
задает минимальный размер циклов (в основах), которые должны учитываться при вычислении свободной энергии. По умолчанию это ... = rnafold(Seq,
...'MinLoopSize', MinLoopSizeValue, ...)3.
... = rnafold(Seq,
...'NoGU', NoGUValue, ...)true или false (по умолчанию).
... = rnafold(Seq,
...'Progress', ProgressValue, ...)true или false (по умолчанию).
Определите минимальную вторичную структуру свободной энергии (как в скобках, так и в матричном обозначении) и энергетическое значение следующей последовательности РНК:
seq = 'ACCCCCUCCUUCCUUGGAUCAAGGGGCUCAA';
[bracket, energy, matrix] = rnafold(seq);bracket
bracket =
..(((((...((....))...))))).....[1] Wuchty, S., Fontana, W., Hofacker, I. and Schuster, P. (1999). Полное неоптимальное складывание РНК и стабильность вторичных структур. Биополимеры 49, 145-165.
[2] Matthews, D., Sabina, J., Zuker, M. and Turner, D. (1999). Расширенная последовательность зависимости термодинамических параметров улучшает предсказание вторичной структуры РНК. Дж. Моль. Biol. 288, 911-940.