rnaplot

Нарисуйте вторичную структуру РНК-последовательности

Синтаксис

rnaplot(RNA2ndStruct)
ha = rnaplot(RNA2ndStruct)
[ha, H] = rnaplot(RNA2ndStruct)
rnaplot(RNA2ndStruct, ...'Sequence', SequenceValue, ...)
rnaplot(RNA2ndStruct, ...'Format', FormatValue, ...)
rnaplot(RNA2ndStruct, ...'Selection', SelectionValue, ...)
rnaplot(RNA2ndStruct, ...'ColorBy', ColorByValue, ...)

Входные параметры

RNA2ndStruct

Вторичная структура РНК-последовательности, представленной либо:

  • Вектор символов или строка, задающая обозначение в скобке

  • Матрица связности

Совет

Используйте rnafold функция для создания RNA2ndStruct.

SequenceValue

Последовательность построения вторичной структуры РНК, заданная одним из следующих:

  • Вектор символов или строка

  • Структура, содержащая Sequence поле, которое содержит последовательность РНК

Эта информация используется в всплывающей подсказке, отображаемой кликом по основе на графике вторичной структуры РНК RNA2ndStruct. Эта информация требуется, если вы задаете 'Diagram' формат или если вы задаете, чтобы подсветить любой из следующих парных вариантов выбора: 'AU', 'UA', 'GC', 'CG', 'GU' или 'UG'.
FormatValue

Вектор символов или строка, задающая формат графика. Варианты:

  • 'Circle' (по умолчанию)

  • 'Diagram'

  • 'Dotdiagram'

  • 'Graph'

  • 'Mountain'

  • 'Tree'

Примечание

Если вы задаете 'Diagram', вы также должны использовать 'Sequence' свойство для обеспечения последовательности РНК.

SelectionValue

Одно из следующих:

  • Числовой массив, задающий индексы остатков для выделения на графике.

  • Вектор символов или строка, задающая подмножество остатков для подсветки на графике. Варианты:

    • 'Paired'

    • 'Unpaired'

    • 'AU' или 'UA'

    • 'GC' или 'CG'

    • 'GU' или 'UG'

Примечание

Если вы задаете 'AU', 'UA', 'GC', 'CG', 'GU', или 'UG', вы также должны использовать 'Sequence' свойство для обеспечения последовательности РНК.

ColorByValue

Вектор символов или строка, задающая цветовую схему для графика. Варианты:

  • 'State' (по умолчанию) - Цвет по парному состоянию: парные основы и непарные основы.

  • 'Residue' - Цвет по типу остатка (A, C, G и U).

  • 'Pair' - Цвет по типу пары (AU/UA, GC/CG и GU/UG).

Примечание

Если вы задаете 'residue' или 'pair', вы также должны использовать 'Sequence' свойство для обеспечения последовательности РНК.

Примечание

Поскольку внутренние узлы дерева соответствуют парным остаткам, вы не можете задать 'residue' если вы задаете 'Tree' для 'Format' свойство.

Выходные аргументы

haУказатель на ось рисунка.
HСтруктура указателей, содержащая подмножество следующих полей, основанная на том, что вы задаете для 'Selection' и 'ColorBy' свойства:

  • Paired

  • Unpaired

  • A

  • C

  • G

  • U

  • AU

  • GC

  • GU

  • Selected

Описание

rnaplot(RNA2ndStruct) рисует вторичную структуру РНК, заданную RNA2ndStructвторичная структура РНК-последовательности, представленной вектором символов или строкой, задающей скобку обозначением или матрицей связности.

ha = rnaplot(RNA2ndStruct) возвращает ha, указатель на ось рисунка.

[ha, H] = rnaplot(RNA2ndStruct) также возвращается H, структура указателей, которую можно использовать, чтобы график элементов в MATLAB® Окно рисунка.

Совет

Используйте указатели, возвращенные в H для изменения свойств элементов графика, таких как цвет, размер маркера и тип маркера.

H содержит подмножество следующих полей на основе того, что вы задаете для 'Selection' и 'ColorBy' свойства.

ОбластьОписание
PairedУказатели на все парные остатки
UnpairedУказатели на все непарные остатки
AУказатели на все остатки A
CУказатели на все остатки C
GУказатели на все остатки G
UУказатели на все U-остатки
AUУказатели для всех пар AU или UA
GCУказатели для всех пар GC или CG
GUУказатели для всех пар GU или UG
SelectedУказатели для всех выбранных остатков

rnaplot (RNA2ndStruct... 'PropertyName', PropertyValue, ...) вызывает rnaplot с необязательными свойствами, которые используют пары имя/значение свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должны быть заключены в одинарные кавычки и нечувствительны к регистру. Эти имена свойства/пары значения свойств следующие:

rnaplot(RNA2ndStruct, ...'Sequence', SequenceValue, ...) рисует вторичную структуру РНК, заданную RNA2ndStruct, и аннотирует его с позициями последовательности, предоставленными SequenceValue, РНК-последовательность, заданная вектором символов, строкой или структурой, содержащей Sequence поле.

rnaplot(RNA2ndStruct, ...'Format', FormatValue, ...) рисует вторичную структуру РНК, заданную RNA2ndStruct, с использованием формата, заданного FormatValue.

FormatValue - вектор символов или строка, задающая формат графика. Варианты являются следующими.

ФорматОписание
'Circle' (по умолчанию)

Каждая основа представлена точкой на окружности круга произвольного размера. Линии соединяют основы, которые соединяются друг с другом.

'Diagram'

Двумерное представление вторичной структуры РНК. Каждая основа представлена и идентифицирована буквой. Магистральная и водородная связи между парами оснований представлены линиями.

Примечание

Если вы задаете 'Diagram', вы также должны использовать 'Sequence' свойство для обеспечения последовательности РНК.

'Dotdiagram'

Двумерное представление вторичной структуры РНК. Каждая основа представлено и идентифицируема точкой. Магистральная и водородная связи между парами оснований представлены линиями.

'Graph'

Основы отображаются в их положении последовательности вдоль абсциссы (оси X) графика. Полуэллиптические линии соединяют основы, которые соединяются друг с другом. Высота линий пропорциональна расстоянию между парными основами.

'Mountain'

Каждая основа представлена точкой на двумерном графике, где базовое положение находится в абсциссе (ось X), а количество пар оснований, окружающих заданную основу, находится в ординате (ось Y).

'Tree'

Каждая основа представлена узлом в древовидном графике. Узлы листа указывают на непарные основы, в то время как каждый внутренний узел указывает на базовую пару. Корень дерева является фиктивным узлом, не связанным с какой-либо основой во вторичной структуре.

rnaplot(RNA2ndStruct, ...'Selection', SelectionValue, ...) рисует вторичную структуру РНК, заданную RNA2ndStruct, выделение подмножества остатков, заданных SelectionValue. SelectionValue может быть либо:

  • Числовой массив, задающий индексы остатков для выделения на графике.

  • Вектор символов или строка, задающая подмножество остатков для подсветки на графике. Варианты:

    • 'Paired'

    • 'Unpaired'

    • 'AU' или 'UA'

    • 'GC' или 'CG'

    • 'GU' или 'UG'

Примечание

Если вы задаете 'AU', 'UA', 'GC', 'CG', 'GU', или 'UG', вы также должны использовать 'Sequence' свойство для обеспечения последовательности РНК.

rnaplot(RNA2ndStruct, ...'ColorBy', ColorByValue, ...) рисует вторичную структуру РНК, заданную RNA2ndStruct, с использованием цветовой схемы, заданной ColorByValue, вектор символов или строка, указывающая на цветовую схему. Варианты:

  • 'State' (по умолчанию) - Цвет по парному состоянию: парные основы и непарные основы.

  • 'Residue' - Цвет по типу остатка (A, C, G и U).

  • 'Pair' - Цвет по типу пары (AU/UA, GC/CG и GU/UG).

Примечание

Если вы задаете 'Residue' или 'Pair', вы также должны использовать 'Sequence' свойство для обеспечения последовательности РНК.

Примечание

Поскольку внутренние узлы дерева соответствуют парным остаткам, вы не можете задать 'Residue' если вы задаете 'Tree' для 'Format' свойство.

Примеры

  1. Определите минимальную свободноэнергетическую вторичную структуру РНК-последовательности и постройте ее график в формате круга:

    seq = 'GCGCCCGUAGCUCAAUUGGAUAGAGCGUUUGACUACGGAUCAAAAGGUUAGGGGUUCGACUCCUCUCGGGCGCG';
ss = rnafold(seq);
rnaplot(ss)

  2. Постройте график вторичной структуры РНК-последовательности в формате графа и постройте ее по типу пары.

    rnaplot(ss, 'sequence', seq, 'format', 'graph', 'colorby', 'pair')

  3. Постройте график вторичной структуры РНК-последовательности в горном формате и окрасите ее по типу остатка. Используйте указатель для добавления заголовка к графику.

    ha = rnaplot(ss, 'sequence', seq, 'format', 'mountain',...
             'colorby', 'residue')
title(ha, 'Bacillus halodurans, tRNA Arg')

  4. Мутируйте первые шесть положений в последовательности и наблюдайте эффект, который изменение оказывает на вторичную структуру, подсвечивая первые шесть остатков.

    seqMut = seq;
seqMut(1:6) = 'AAAAAA';
ssMut = rnafold(seqMut);
rnaplot(ss, 'sequence', seq, 'format', 'dotdiagram', 'selection', 1:6);
rnaplot(ssMut, 'sequence', seqMut, 'format', 'dotdiagram', 'selection', 1:6);

Совет

При необходимости перетащите легенду, чтобы она не закрывала график. Щелкните основой на графике, чтобы отобразить всплывающую подсказку с информацией об этой основе.

См. также

|

Введенный в R2007b

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте