Нарисуйте вторичную структуру РНК-последовательности
rnaplot(RNA2ndStruct)
ha = rnaplot(RNA2ndStruct)
[ha, H]
= rnaplot(RNA2ndStruct)
rnaplot(RNA2ndStruct,
...'Sequence', SequenceValue, ...)
rnaplot(RNA2ndStruct, ...'Format', FormatValue,
...)
rnaplot(RNA2ndStruct, ...'Selection', SelectionValue,
...)
rnaplot(RNA2ndStruct, ...'ColorBy', ColorByValue,
...)
RNA2ndStruct | Вторичная структура РНК-последовательности, представленной либо:
Совет Используйте |
SequenceValue | Последовательность построения вторичной структуры РНК, заданная одним из следующих:
RNA2ndStruct. Эта информация требуется, если вы задаете 'Diagram' формат или если вы задаете, чтобы подсветить любой из следующих парных вариантов выбора: 'AU', 'UA', 'GC', 'CG', 'GU' или 'UG'. |
FormatValue | Вектор символов или строка, задающая формат графика. Варианты:
Примечание Если вы задаете |
SelectionValue | Одно из следующих:
Примечание Если вы задаете |
ColorByValue | Вектор символов или строка, задающая цветовую схему для графика. Варианты:
Примечание Если вы задаете Примечание Поскольку внутренние узлы дерева соответствуют парным остаткам, вы не можете задать |
ha | Указатель на ось рисунка. |
H | Структура указателей, содержащая подмножество следующих полей, основанная на том, что вы задаете для 'Selection' и 'ColorBy' свойства:
|
rnaplot( рисует вторичную структуру РНК, заданную RNA2ndStruct)RNA2ndStructвторичная структура РНК-последовательности, представленной вектором символов или строкой, задающей скобку обозначением или матрицей связности.
ha = rnaplot(RNA2ndStruct)ha, указатель на ось рисунка.
[ также возвращается ha, H]
= rnaplot(RNA2ndStruct)H, структура указателей, которую можно использовать, чтобы график элементов в MATLAB® Окно рисунка.
Совет
Используйте указатели, возвращенные в H для изменения свойств элементов графика, таких как цвет, размер маркера и тип маркера.
H содержит подмножество следующих полей на основе того, что вы задаете для 'Selection' и 'ColorBy' свойства.
| Область | Описание |
|---|---|
Paired | Указатели на все парные остатки |
Unpaired | Указатели на все непарные остатки |
A | Указатели на все остатки A |
C | Указатели на все остатки C |
G | Указатели на все остатки G |
U | Указатели на все U-остатки |
AU | Указатели для всех пар AU или UA |
GC | Указатели для всех пар GC или CG |
GU | Указатели для всех пар GU или UG |
Selected | Указатели для всех выбранных остатков |
rnaplot вызывает (RNA2ndStruct... 'PropertyName', PropertyValue, ...)rnaplot с необязательными свойствами, которые используют пары имя/значение свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должны быть заключены в одинарные кавычки и нечувствительны к регистру. Эти имена свойства/пары значения свойств следующие:
rnaplot( рисует вторичную структуру РНК, заданную RNA2ndStruct,
...'Sequence', SequenceValue, ...)RNA2ndStruct, и аннотирует его с позициями последовательности, предоставленными SequenceValue, РНК-последовательность, заданная вектором символов, строкой или структурой, содержащей Sequence поле.
rnaplot( рисует вторичную структуру РНК, заданную RNA2ndStruct, ...'Format', FormatValue,
...)RNA2ndStruct, с использованием формата, заданного FormatValue.
FormatValue - вектор символов или строка, задающая формат графика. Варианты являются следующими.
| Формат | Описание |
|---|---|
'Circle' (по умолчанию) | Каждая основа представлена точкой на окружности круга произвольного размера. Линии соединяют основы, которые соединяются друг с другом.
|
'Diagram' | Двумерное представление вторичной структуры РНК. Каждая основа представлена и идентифицирована буквой. Магистральная и водородная связи между парами оснований представлены линиями.
Примечание Если вы задаете |
'Dotdiagram' | Двумерное представление вторичной структуры РНК. Каждая основа представлено и идентифицируема точкой. Магистральная и водородная связи между парами оснований представлены линиями.
|
'Graph' | Основы отображаются в их положении последовательности вдоль абсциссы (оси X) графика. Полуэллиптические линии соединяют основы, которые соединяются друг с другом. Высота линий пропорциональна расстоянию между парными основами.
|
'Mountain' | Каждая основа представлена точкой на двумерном графике, где базовое положение находится в абсциссе (ось X), а количество пар оснований, окружающих заданную основу, находится в ординате (ось Y).
|
'Tree' | Каждая основа представлена узлом в древовидном графике. Узлы листа указывают на непарные основы, в то время как каждый внутренний узел указывает на базовую пару. Корень дерева является фиктивным узлом, не связанным с какой-либо основой во вторичной структуре.
|
rnaplot( рисует вторичную структуру РНК, заданную RNA2ndStruct, ...'Selection', SelectionValue,
...)RNA2ndStruct, выделение подмножества остатков, заданных SelectionValue. SelectionValue может быть либо:
Числовой массив, задающий индексы остатков для выделения на графике.
Вектор символов или строка, задающая подмножество остатков для подсветки на графике. Варианты:
'Paired'
'Unpaired'
'AU' или 'UA'
'GC' или 'CG'
'GU' или 'UG'
Примечание
Если вы задаете 'AU', 'UA', 'GC', 'CG', 'GU', или 'UG', вы также должны использовать 'Sequence' свойство для обеспечения последовательности РНК.
rnaplot( рисует вторичную структуру РНК, заданную RNA2ndStruct, ...'ColorBy', ColorByValue,
...)RNA2ndStruct, с использованием цветовой схемы, заданной ColorByValue, вектор символов или строка, указывающая на цветовую схему. Варианты:
'State' (по умолчанию) - Цвет по парному состоянию: парные основы и непарные основы.
'Residue' - Цвет по типу остатка (A, C, G и U).
'Pair' - Цвет по типу пары (AU/UA, GC/CG и GU/UG).
Примечание
Если вы задаете 'Residue' или 'Pair', вы также должны использовать 'Sequence' свойство для обеспечения последовательности РНК.
Примечание
Поскольку внутренние узлы дерева соответствуют парным остаткам, вы не можете задать 'Residue' если вы задаете 'Tree' для 'Format' свойство.
Определите минимальную свободноэнергетическую вторичную структуру РНК-последовательности и постройте ее график в формате круга:
seq = 'GCGCCCGUAGCUCAAUUGGAUAGAGCGUUUGACUACGGAUCAAAAGGUUAGGGGUUCGACUCCUCUCGGGCGCG';
ss = rnafold(seq);
rnaplot(ss)
Постройте график вторичной структуры РНК-последовательности в формате графа и постройте ее по типу пары.
rnaplot(ss, 'sequence', seq, 'format', 'graph', 'colorby', 'pair')
Постройте график вторичной структуры РНК-последовательности в горном формате и окрасите ее по типу остатка. Используйте указатель для добавления заголовка к графику.
ha = rnaplot(ss, 'sequence', seq, 'format', 'mountain',... 'colorby', 'residue') title(ha, 'Bacillus halodurans, tRNA Arg')
Мутируйте первые шесть положений в последовательности и наблюдайте эффект, который изменение оказывает на вторичную структуру, подсвечивая первые шесть остатков.
seqMut = seq; seqMut(1:6) = 'AAAAAA'; ssMut = rnafold(seqMut); rnaplot(ss, 'sequence', seq, 'format', 'dotdiagram', 'selection', 1:6); rnaplot(ssMut, 'sequence', seqMut, 'format', 'dotdiagram', 'selection', 1:6);
Совет
При необходимости перетащите легенду, чтобы она не закрывала график. Щелкните основой на графике, чтобы отобразить всплывающую подсказку с информацией об этой основе.