seqsplitpe

Разделите объединенные последовательности парного конца на отдельные файлы

Свернуть все на странице

Синтаксис

seqsplitpe(fastqFile)
seqsplitpe(___,Name,Value)
[outFiles,N] = seqsplitpe(___)

Описание

пример

seqsplitpe(fastqFile) разделяет объединенные последовательности парного конца из fastqFile в два отдельных файла. Каждая последовательность разделена посередине. Первая половина последовательности сохранена в первом выходном файле, а другая - во втором выходном файле. По умолчанию каждое имя выходного файла состоит из входа файла, добавленного суффиксом '_1' или '_2' перед расширением файла.

пример

seqsplitpe(___,Name,Value) использует дополнительные опции, заданные одним или несколькими Name,Value аргументы в виде пар.

пример

[outFiles,N] = seqsplitpe(___) возвращает имена файлов выхода в массиве ячеек outFiles. N представляет вектор, содержащий количества последовательностей, сохраненных в каждом выходном файле.

Примеры

свернуть все

Открыть Live Script

Разделите каждую из парных последовательностей пополам и сохраните каждую половину в отдельных выходных файлах.

[outFiles, N] = seqsplitpe('SXX123456_merged.fastq');

Проверьте количество последовательностей в каждом выходном файле.

N
N = 2×1

    50
    50

Входные параметры

свернуть все

Имена файлов FASTQ с информацией о последовательности и качестве, заданные как вектор символов, строка, строковый вектор или массив ячеек из векторов символов.

Пример: 'SRR005164_1_50.fastq'

Аргументы в виде пар имя-значение

Задайте необязательные разделенные разделенными запятой парами Name,Value аргументы. Name - имя аргумента и Value - соответствующее значение. Name должны находиться внутри кавычек. Можно задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке Name1,Value1,...,NameN,ValueN.

Пример: 'OutputSuffix','PairedEnd_split' задает использование пользовательского суффикса в именах выхода файлов.

Относительный или абсолютный путь к выходу файлу директории, заданный как вектор символов или строка. По умолчанию это текущая директория.

Пример: 'OutputDir','F:\results'

Пользовательский суффикс для использования в именах выхода файлов в виде вектора символов или строки. Он вставляется после имени файла входа и перед суффиксом '_1' или '_2'. Значение по умолчанию является ''.

Пример: 'OutputSuffix','_MisMatches2'

Логическое значение, указывающее, выполнять ли расчеты параллельно, задается как true или false.

Для параллельных вычислений необходимо иметь Toolbox™ Parallel Computing. Если параллельный пул не существует, он создается автоматически, когда опция автоматического создания включена в ваших параллельных настройках. В противном случае расчет выполняется в последовательном режиме.

Примечание

Существует стоимость, связанная с совместным использованием больших входных файлов между работниками в распределённом окружении. В некоторых случаях параллельная работа может быть неэффективной с точки зрения эффективности.

Пример: 'UseParallel',true

Выходные аргументы

свернуть все

Выходы файлов, возвращенные как массив ячеек из векторов символов. По умолчанию имя каждого выходного файла состоит из входа файла, добавленного суффиксом '_1' или '_2' перед расширением файла.

Количество последовательностей, сохраненных в каждом файле выходов, возвращенных как n -by- 1 вектор, где n количество файлов выхода. Если существует несколько выходных файлов, порядок в N соответствует порядку выходных файлов.

Расширенные возможности

См. также

| |

Введенный в R2016b

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте