Приложение Sequence Viewer интегрирует многие функции последовательности в тулбоксе Bioinformatics Toolbox™. Вместо ввода команд в MATLAB® Командное окно, вы можете выбрать и ввести опции с помощью приложения.
Следующая процедура иллюстрирует, как просмотреть аминокислотную последовательность для ORF, расположенной в нуклеотидной последовательности. Можно импортировать собственную аминокислотную последовательность, или можно получить белковую последовательность от GenBank® база данных. Этот пример использует номер присоединения GenBank NP_000511, который является альфа- подмодулем для фермента человека, связанного с болезнью Тей-Сакса.
Выберите File > Download Sequence from > NCBI.
Откроется диалоговое окно Download Sequence from NCBI.
В диалоговом окне введите номер доступа для записи базы данных NCBI, например, NP_000511. Нажмите кнопку Protein опции и нажмите OK.
Этот Sequence Viewer обращается к базе данных NCBI в Интернете и загружает информацию о аминокислотной последовательности для введенного номера присоединения.
Выберите Display > Amino Acid Color Scheme и затем выберите Charge, Function, Hydrophobicity, Structure, или Taylor. Для примера выберите Function.
Цвета отображения изменяются, чтобы подсветить информацию о заряде аминокислотных остатков. В следующей таблице показаны легенды цветов для аминокислотных цветовых схем.
| Цветовая схема аминокислоты | Легенда о цвете |
|---|---|
| Обвинение |
|
| Функция |
|
| Гидрофобность |
|
| Структура |
|
| Тейлор | Каждой аминокислоте присваивается свой цвет, основанный на цветах, предложенных У.Р. Тейлором. |
Закройте Sequence Viewer из командной строки MATLAB с помощью следующего синтаксиса:
seqviewer('close')[1] Taylor, W.R. (1997). Остаточные цвета: предложение по аминохромографии. Белковая техника 10, 7, 743-746.