niftiwrite

Запись тома в файл в формате NIfTI

Свернуть все на странице

Синтаксис

niftiwrite(V,filename)
niftiwrite(V,filename,info)
niftiwrite(V,filename,info,Name,Value)

Описание

пример

niftiwrite(V,filename) записывает объемные данные изображения V в файл с использованием формата Neuroimaging Informatics Technology Initiative (NIfTI). По умолчанию niftiwrite создает комбинированный файл NIfTI, который содержит как метаданные, так и объемные данные. niftiwrite называет файл filename, добавление .nii расширение файла. niftiwrite заполняет метаданные с помощью соответствующих значений по умолчанию и свойств тома, таких как размер и тип данных.

niftiwrite поддерживает оба NIfTI1 и NIfTI2 форматы файлов. NIfTI1 является форматом файла по умолчанию. Чтобы записать данные NifTI в NIfTI2 формат, используйте синтаксис с Name,Value аргументы в виде пар. Задайте Version аргумент как 'NIfTI2'.

пример

niftiwrite(V,filename,info) записывает объемные данные V в файл, включая метаданные файла из info. Если метаданные не совпадают с содержимым и размером изображения, то niftiwrite возвращает ошибку.

niftiwrite(V,filename,info,Name,Value) записывает объемные данные в файл, используя опции, заданные в Name,Value пар.

Примеры

свернуть все

Открыть Live Script

Загрузка изображения NIfTI с помощью его .nii имя файла.

V = niftiread('brain.nii');

Фильтрация изображения в 3-D с помощью медианного фильтра 3 на 3.

V = medfilt3(V);

Запись отфильтрованного изображения в .nii файл, с использованием значений заголовков по умолчанию.

niftiwrite(V,'outbrain.nii');
Открыть Live Script

Чтение метаданных из файла NIfTI с помощью его .nii имя файла.

info = niftiinfo('brain.nii');

Считайте объемные данные из файла с помощью метаданных файла.

V = niftiread(info);

Отредактируйте Description поле метаданных файла.

info.Description = 'Modified using MATLAB R2017b';

Запишите объемные данные с измененными метаданными в новое .nii файл.

niftiwrite(V,'outbrain.nii',info);

Входные параметры

свернуть все

Имя файла NIfTI, заданное как строковый скаляр или вектор символов. По умолчанию niftiwrite создает комбинированный файл формата, который содержит как метаданные, так и данные изображений и имеет расширение файла .nii. Если вы задаете 'Compressed' Пара "имя-значение", niftiwrite добавляет расширение файла .nii.gz. Если вы задаете 'Combined' Пара "имя-значение" с false, затем niftiwrite создает два файла с одним и тем же именем и различными расширениями файлов. Один файл содержит метаданные, сопоставленные с томом, и имеет расширение файла .hdr. Другой файл содержит данные изображения и имеет расширение файла .img.

Типы данных: char | string

Объемные данные, заданные как числовой массив.

Типы данных: single | double | int8 | int16 | int32 | int64 | uint8 | uint16 | uint32 | uint64 | logical

Метаданные файла, заданные как структура, возвращаемая niftiinfo функция.

Типы данных: struct

Аргументы в виде пар имя-значение

Задайте необязательные разделенные разделенными запятой парами Name,Value аргументы. Name - имя аргумента и Value - соответствующее значение. Name должны находиться внутри кавычек. Можно задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке Name1,Value1,...,NameN,ValueN.

Пример: niftiwrite(V,'outbrain.nii','Compressed',true)

Тип создаваемого файла NIfTI, заданный как true или false. Если true (по умолчанию), niftiwrite создает один файл с расширением .nii. Если false, niftiwrite создает пару файлов с таким же именем, но с другими расширениями файлов: .hdr для файла, содержащего метаданные, и .img для файла, содержащего объемные данные.

Типы данных: single | double | int8 | int16 | int32 | int64 | uint8 | uint16 | uint32 | uint64 | logical

Сжатие данных изображения, заданное как true или false. Если 'Compressed' является true, затем niftiwrite генерирует сжатые файлы, используя gzip, с расширением имени файла .gz.

Типы данных: single | double | int8 | int16 | int32 | int64 | uint8 | uint16 | uint32 | uint64 | logical

Конечность данных, заданная как 'little', для указания маленького эндового формата (по умолчанию) или 'big', для указания большого-эндового формата.

Типы данных: char | string

NIfTI формат данных, заданный как 'NIfTI1' или 'NIfTI2'.

  • Если задано как 'NIfTI1', затем niftiwrite записывает вход согласно NIfTI1 формат данных.

  • Если задано как 'NIfTI2', затем niftiwrite записывает вход согласно NIfTI2 формат данных.

  • Если не указано, то значение по умолчанию для 'Version' выбирается исходя из максимальной размерности входных объемных данных.

    • Если максимальная размерность входа меньше или равна 32767, то значение по умолчанию NIfTI1.

    • Если максимальная размерность входа больше 32767, то значение по умолчанию NIfTI2.

Типы данных: char | string

Ссылки

[1] Кокс, Р. У., Дж. Эшбернер, Х. Бреман, К. Фиссел, К. Хазельгроув, К. Дж. Холмс, Дж. Л. Ланкастер, Д. Э. Рекс, С. М. Смит, Дж. Б. Вудворд и С. К. Стротер. «Стандарт нового формата данных: NiFTI-1.» 10-е ежегодное совещание Организации по отображению мозга человека, Будапешт, Венгрия, июнь 2004 года.

См. также

|

Введенный в R2017b

Документация по Image Processing Toolbox

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте