Извлечение косого среза из 3-D объемных данных
B = obliqueslice(V,point,normal)V. Срез извлекается со ссылкой на заданную точку на объёме и нормальный вектор. Плоскость нарезки перпендикулярна вектору нормали и проходит через заданную точку.
Для получения информации о способе извлечения среза относительно заданной точки и нормали см. раздел «Наклонное срезание». Ориентация извлеченного среза в плоскости изображения зависит от его положения в 3-D координатном пространстве. Для получения дополнительной информации см. раздел «Ориентация среза в плоскости изображения».
B = obliqueslice(___,Name,Value)
Загрузите 3-D набор объемных данных в рабочую область.
load mriУдалите синглтонные размерности при помощи squeeze функция.
V = squeeze(D);
Отобразите горизонтальные срезы данных при помощи montage функция.
montage(V,map,'Size',[3 9]);
Задайте точку в объеме, через которую будет проходить срез.
point = [73 50 15.5];
Задайте вектор нормы в 3-D координатном пространстве.
normal = [0 15 20];
Извлеките срез из объемных данных. Срез перпендикулярен вектору normal и проходит через заданную точку.
[B,x,y,z] = obliqueslice(V,point,normal);
Отобразите извлеченный срез в 3-D координатном пространстве.
figure surf(x,y,z,B,'EdgeColor','None','HandleVisibility','off'); grid on view([-38 12]) colormap(gray) xlabel('x-axis') ylabel('y-axis'); zlabel('z-axis'); title('Slice in 3-D Coordinate Space')
Постройте график точки и вектора нормали.
hold on plot3(point(1),point(2),point(3),'or','MarkerFaceColor','r'); plot3(point(1)+[0 normal(1)],point(2)+[0 normal(2)],point(3)+[0 normal(3)], ... '-b','MarkerFaceColor','b'); hold off legend('Point in the volume','Normal vector')
Отобразите извлеченный срез в плоскости изображения.
figure
imshow(B,[])
title('Slice in Image Plane')
Загрузите 3-D набор объемных данных в рабочую область.
s = load(fullfile(toolboxdir('images'),'imdata','BrainMRILabeled','images','vol_001.mat')); V = s.vol;
Отобразите горизонтальные срезы данных при помощи montage функция.
montage(V,'Indices',12:118,'Size',[8 12],'DisplayRange',[]);
Задайте вектор нормали к плоскости в 3-D координатном пространстве.
normal = [20 0 10];
Извлеките несколько срезы вдоль направления вектора нормали с помощью for цикл. В каждой итерации:
Укажите точку, через которую должен пройти срез.
Извлеките срез, задав размер выходного сигнала 'Full' и значение заливки для пикселей заполнения как 255. Извлеченные срезы перпендикулярны вектору normal и проходят через заданную точку.
Отобразите извлеченные срезы.
sliceIdx = 10:5:180; figure for s = 1:length(sliceIdx) pt = [sliceIdx(s) 150 80]; [B,x,y,z] = obliqueslice(V,pt,normal,'OutputSize','Full','FillValues',255); Bslices(:,:,s) = B; % Display the slice in 3-D coordinate space subplot('Position',[0.11 0.36 0.38 0.5]) surf(x,y,z,B,'EdgeColor','None','HandleVisibility','off'); grid on view([-24 12]) colormap(gray) xlabel('x-axis') ylabel('y-axis'); zlabel('z-axis'); zlim([0 155]); ylim([0 250]); xlim([0 250]); title('Slice in 3-D Coordinate Space') % Plot the point and the normal vector. hold on plot3(pt(1),pt(2),pt(3),'or','MarkerFaceColor','r') plot3( ... pt(1)+[-normal(1) normal(1)], ... pt(2)+[-normal(2) normal(2)], ... pt(3)+[-normal(3) normal(3)], ... '-b','MarkerFaceColor','b') legend('Point in the volume','Normal vector','Position',[0.1 0.12 0.3 0.08]) hold off % Display the extracted slice. subplot('Position',[0.6 0.37 0.34 0.49]) imshow(B,[]) title('Slice in Image Plane') pause(0.5); end
Отобразите извлеченные срезы изображения при помощи montage функция.
figure montage(Bslices,'Size',[5 7],'DisplayRange',[]);
Учитывая точку (px, py, pz) и вектор нормали (a, b, c), функция решает плоское уравнение a (x - px) + b (y - py) + c (z - pz) = 0
Точка (px, py, pz) лежит в объемных данных. Плоскость нарезки перпендикулярна вектору нормали и проходит через заданную точку.
Ориентация извлеченного среза в плоскости изображения зависит от его угла наклона относительно горизонтальной и вертикальной плоскостей.
Угол среза, который находится близко к источнику последнего среза (0, 0, P), в объемных данных, составляет верхний левый пиксель в плоскости изображения. Чтобы заполнить пиксельные значения в плоскости изображения, начните с угла среза и считайте значения интенсивности в порядке слева направо, сверху вниз скан.
