Создайте объект кинетического закона и добавьте к объекту реакции
kineticlawObj =
addkineticlaw(reactionObj, 'KineticLawNameValue')
kineticlawObj=
addkineticlaw(..., 'PropertyName', PropertyValue,
...)
reactionObj | Объект реакции. Введите имя переменной для объекта реакции. |
KineticLawNameValue | Свойство для выбора типа создаваемого объекта кинетического закона. Для встроенного кинетического закона допустимыми значениями являются:
Поиск допустимых
|
kineticlawObj =
addkineticlaw(reactionObj, 'KineticLawNameValue')KineticLaw object на reactionObj.
В объекте кинетического права этот метод присваивает имя (KineticLawNameValueKineticLawName и присваивает объект реакции свойству Parent. В объекте реакции этот метод присваивает объект кинетического закона свойству KineticLaw.
modelObj = sbiomodel('cell');
reactionObj = addreaction(modelObj, 'a -> b');
kineticlawObj = addkineticlaw(reactionObj, 'MassAction');
parameterObj = addparameter(kineticlawObj, 'K1_forward', 0.1);
set(kineticlawObj, ParameterVariableName, 'K1_forward');
KineticLawNameValue
создает объект кинетического закона, kineticlawObj=
addkineticlaw(..., 'PropertyName', PropertyValue,
...)kineticlawObjkineticlawObjset. The kineticlawObj свойства перечислены в Сводных данных свойств.
Примечание
Чтобы задать кинетическое уравнение скорости Хилла с нецелочисленной экспонентой, которая совместима с DimensionalAnalysis, см. «Определение пользовательского кинетического закона холма, который работает с размерным анализом».
Свойства для объектов кинетического закона
| Выражение | Выражение для определения уравнения скорости реакции или выражения наблюдаемого объекта |
| KineticLawName | Имя кинетического закона, применяемого к реакции |
| Name | Задайте имя объекта |
| Notes | HTML, описывающий объект SimBiology |
| ParameterVariableNames | Массив ячеек параметров скорости реакции |
| ParameterVariables | Параметры в определении кинетического закона |
| Parameters | Массив объектов параметров |
| Parent | Укажите родительский объект |
| SpeciesVariableNames | Массив ячеек видов в уравнении скорости реакции |
| SpeciesVariables | Виды в абстрактном кинетическом праве |
| Tag | Задайте метку для объекта SimBiology |
| Type | Отобразите тип объекта SimBiology |
| UserData | Задайте данные для связи с объектом |
Этот пример показывает, как моделировать превращение субстрата в продукт с помощью кинетики фермента Анри-Михаэлиса-Ментен.
Создайте модель с именем mymodel.
model = sbiomodel('mymodel');Добавьте реакцию, которая представляет превращение субстрата в продукт.
reaction = addreaction(model,'Substrate -> Product');Добавьте к реакции встроенный кинетический закон Анри-Михаэлиса-Ментен.
kineticLaw = addkineticlaw(reaction,'Henri-Michaelis-Menten');
kineticLaw.Expressionans = 'Vm*S/(Km + S)'
Кинетический закон имеет два параметра и вид, который необходимо задать. Просмотрите эти параметры.
kineticLaw.ParameterVariables
ans = 2x1 cell
{'Vm'}
{'Km'}
kineticLaw.SpeciesVariables
ans = 1x1 cell array
{'S'}
Чтобы определить параметры, создайте два объекта параметра и установите значения параметров.
Vm_param = addparameter(kineticLaw,'Vm_param','Value',6.0); Km_param = addparameter(kineticLaw,'Km_param','Value',1.25);
Сопоставьте параметры соответственно путем установки ParameterVariableNames свойство. Это связывает параметры в выражении с двумя параметрами, которые вы только что создали с помощью взаимно-однозначного отображения в заданном порядке.
kineticLaw.ParameterVariableNames = {'Vm_param','Km_param'};Также связывайте Substrate виды с видами S в выражении.
kineticLaw.SpeciesVariableNames = {'Substrate'};Проверьте отображение, посмотрев на скорость реакции и проверив, что параметры и виды правильно замещены в соответствии с выражением.
reaction.ReactionRate
ans = 'Vm_param*Substrate/(Km_param+Substrate)'
Введите начальное количество видов субстратов для симуляции.
model.Species(1).InitialAmount = 8;
Симулируйте модель и постройте график результатов.
simdata = sbiosimulate(model); sbioplot(simdata);
