Создайте объект реакции и добавьте к объекту модели
reactionObj =
addreaction(modelObj,'ReactionValue')
reactionObj =
addreaction(modelObj, 'ReactantsValue', 'ProductsValue')
reactionObj = addreaction(modelObj,
'ReactantsValue', RStoichCoefficients,
'ProductsValue', PStoichCoefficients)
reactionObj =
addreaction(...'PropertyName', PropertyValue...)
| SimBiology®
model object. |
| Задайте уравнение реакции. Введите вектор символов. Дефис, которому предшествует пространство и за которым следует правый угол скобка ( Примерами являются Если существует несколько отсеков или чтобы задать имя отсека, используйте Примерами являются |
| Вектор символов, определяющий имя вида, массив ячеек из векторов символов, объект вида или массив видовых объектов. При использовании имен указывайте имена отсеков, если существует несколько отсеков. |
| Вектор символов, определяющий имя вида, массив ячеек из векторов символов, объект вида или массив видовых объектов. При использовании имен указывайте имена отсеков, если существует несколько отсеков. |
| Стехиометрические коэффициенты для реагентов, длина массива равна длине |
| Стехиометрические коэффициенты для продуктов, длина массива равна длине |
Примечание
Если вы определяете любое видовое наименование с именем отсека, то необходимо квалифицировать каждый вид с соответствующим наименованием отсека.
reactionObj =
addreaction(modelObj,'ReactionValue')ReactionValueReaction, присвоения виды реагентов объектов (объектов ) свойствам Reactants, назначает объект (объекты) разновидностей продукта на свойство Products, и присваивает model object к свойству Parent. В объекте модели (modelObj), этот метод присваивает объект реакции свойству Reactions, и возвращает объект реакции (reactionObj).
reactionObj = addreaction(modelObj, 'a -> b')
Когда вы определяете реакцию с новым видом:
Если в модели нет объектов отсека, метод создает объект отсека (называемый ') в модели и добавляет вновь созданный вид в этот отсек.unnamed'
Если только один объект отсека (compObj) существует в модели, метод создает видовой объект в этом отсеке.
При наличии более одного объекта отсека (compObj) в модели необходимо указать название вида с именем отсека.
Для примера, cell.glucose обозначает, что вы хотите поместить вид под названием glucose в отсек по наименованию cell. Дополнительно, если отсек назван cell не существует, процесс добавления реакции создает отсек и называет его cell.
Можно вручную добавить вид в отделение с объектом метода addspecies.
Вы можете добавить виды к объекту реакции с помощью методов addreactant или addproduct. Можно удалить виды из объекта реакции с помощью методов rmreactantrmproduct. Свойство Reaction модифицируют путем добавления или удаления частиц из уравнения реакции.
Можно скопировать объект реакции SimBiology в объект модели с функцией copyobj. Можно удалить объект реакции SimBiology из объекта модели SimBiology с функцией delete.
Можно просмотреть дополнительные свойства объекта реакции с помощью get команда. Для примера, уравнение реакции reactionObj можно просмотреть с помощью команды get . Можно изменить дополнительные свойства объекта реакции с помощью команды (reactionObj, 'Реакция')set.
reactionObj =
addreaction(modelObj, 'ReactantsValue', 'ProductsValue')Reaction использование реагента (ReactantsValueProductsValueReactants и Products, и присваивает объект модели свойству Parent. В объекте модели (modelObj), этот метод присваивает объект реакции свойству Reactions, и возвращает объект реакции (reactionObj). Стехиометрические значения приняты 1.
reactionObj = addreaction( добавляет стехиометрические коэффициенты (modelObj,
'ReactantsValue', RStoichCoefficients,
'ProductsValue', PStoichCoefficients)RStoichCoefficientsPStoichCoefficients) для видов продуктов в свойство Stoichiometry. Длина Reactants и RCoefficients должно быть равным, и длина Products и PCoefficients должно быть равным.
задает дополнительные свойства. Пары имя свойства/ значение могут быть в любом формате, поддерживаемом функцией reactionObj =
addreaction(...'PropertyName', PropertyValue...)set.
Примечание
Если вы используете addreaction метод для создания выражения скорости реакции, которое не является непрерывным и дифференцируемым, см. Использование событий для устранения разрывов в выражениях правила и скорости реакции перед симуляцией модели.
Методы для объектов реакции
| addkineticlaw (реакция) | Создайте объект кинетического закона и добавьте к объекту реакции |
| аддпродукт (реакция) | Добавьте объект вида продукта к объекту реакции |
| аддреактант (реакция) | Добавьте объект вида в качестве реагента к объекту реакции |
| copyobj | Скопируйте объект SimBiology и его дети |
| delete | Удаление объекта SimBiology |
| display | Отображение сводных данных по объекту SimBiology |
| get | Получите свойства объекта SimBiology |
| getadjacencymatrix (модель) | Получите матрицу смежности из объекта модели |
| getstoichmatrix (модель) | Получите матрицу стехиометрии из объекта модели |
| rename | Переименуйте объект и обновите выражения |
| rmproduct (реакция) | Удалите видовой объект из продуктов объекта реакции |
| rmreactant (реакция) | Удалите видовой объект из реактивов объекта реакции |
| set | Установите свойства объекта SimBiology |
Свойства для объектов реакции
| Active | Укажите объект, используемый во время симуляции |
| KineticLaw | Покажите кинетический закон, используемый для ReactionRate |
| Name | Задайте имя объекта |
| Notes | HTML, описывающий объект SimBiology |
| Parent | Укажите родительский объект |
| Products | Массив продуктов реакции |
| Reactants | Массив реактивных реагентов |
| Reaction | Реакция объекта реакции |
| ReactionRate | Уравнение скорости реакции в объекте реакции |
| Reversible | Определите, является ли реакция обратимой или необратимой |
| Stoichiometry | Видовые коэффициенты в реакции |
| Tag | Задайте метку для объекта SimBiology |
| Type | Отобразите тип объекта SimBiology |
| UserData | Задайте данные для связи с объектом |
Создайте модель, добавьте объект реакции и присвойте выражение для уравнения скорости реакции.
Создайте объект модели, а затем добавьте объект реакции.
modelObj = sbiomodel('my_model'); reactionObj = addreaction(modelObj, 'a -> c + d');
Создайте объект кинетического закона для объекта реакции типа 'Henri-Michaelis-Menten'.
kineticlawObj = addkineticlaw(reactionObj, 'Henri-Michaelis-Menten');reactionObj KineticLaw свойство настроено на kineticlawObj.
The 'Henri-Michaelis-Menten' кинетический закон имеет две переменные параметра (Vm и Km) и одной видовой переменной (S), который должен быть установлен. Чтобы задать эти переменные, сначала создайте переменные параметра как объекты параметра (parameterObj1, parameterObj2) с именами Vm_d, и Km_d, и назначать объекты Parent значение свойства для kineticlawObj.
parameterObj1 = addparameter(kineticlawObj, 'Vm_d'); parameterObj2 = addparameter(kineticlawObj, 'Km_d');
Установите имена переменных для объекта кинетического закона.
set(kineticlawObj,'ParameterVariableNames', {'Vm_d' 'Km_d'}); set(kineticlawObj,'SpeciesVariableNames', {'a'});
Проверьте, что скорость реакции выражена правильно в объекте реакции ReactionRate свойство.
get (reactionObj, 'ReactionRate')MATLAB возвращает:
ans = Vm_d*a/(Km_d+a)
model object, addkineticlaw, addproduct, addreactant, rmproduct, rmreactant