Указать граничное условие вида
The BoundaryCondition свойство указывает, имеет ли видовой объект граничное условие.
Когда BoundaryCondition вида false (по умолчанию), количество видов изменяется реакциями, правилами, событиями и дозами. Если на BoundaryCondition является trueколичество вида изменяется правилами, событиями и дозами, но не реакциями.
Установите BoundaryCondition на true когда вы хотите, чтобы вид участвовал в реакции, но не хотите, чтобы какие-либо реакции изменяли ее количество.
Вся SimBiology® виды являются переменными состояния независимо от BoundaryCondition или ConstantAmount свойство.
Рассмотрим два следующих примера использования граничных условий:
Моделирование взаимодействий рецептор-лиганд, которые влияют на скорость изменения рецептора, но не лиганда. Например, в ответ на гормон стероидные рецепторы, такие как глюкокортикоидный рецептор (GR), транслоцируют из цитоплазмы (cyt) ядру (nuc). Комплекс hsp90/hsp70 шаперона направляет эту ядерную транслокацию [Pratt 2004]. Естественным лигандом для GR является кортизол; синтетический гормон дексаметазон (dex) используется вместо кортизола в экспериментальных системах. В этой системе дексаметазон участвует в реакции, но количество дексаметазона в камере регулируется с помощью правила. Для простой модели транслокации GR можно использовать следующие реакции:
Образование комплекса шаперон-рецептор,
Hsp90_complex + GR_cyt -> Hsp90_complex:GR_cyt
В ответ на синтетический гормон дексаметазон (dex), GR переходит от цитоплазмы к ядру.
Hsp90_complex:GR_cyt + dex -> Hsp90_complex + GR_nuc + dex
dex,BoundaryCondition = true; ConstantAmount = false
dex моделируется как граничное условие с правилом, регулирующим скорость изменения dex в системе. Здесь, количество dex определяется не скоростью второй реакции, а правилом скорости, таким какddex/dt = 0.001
dex = 0.001
Моделирование роли нуклеотидов (для примера, GTP, ATP, cAMP) и кофакторов (для примера, Ca++, NAD+, кофермент А). Рассмотрим роль GTP в активации Ras рецепторными тирозинкиназами.
Ras-GDP + GTP -> Ras-GTP + GDP
For GTP, BoundaryCondition = true; ConstantAmount = true
Моделируйте GTP и ВВП с граничными условиями, таким образом делая их краевыми видами. В сложение можно задать ConstantAmount свойство этих видов к true чтобы указать, что их количество не изменяется во время симуляции.
| Применяется к | Объект: виды |
| Тип данных | boolean |
| Значения данных | true или false. Значение по умолчанию false. |
| Доступ | Чтение/запись |
Этот пример иллюстрирует, как использовать BoundaryCondition свойство вида так, чтобы количество вида изменялось не реакцией, в которой оно участвует, а определяемым пользователем объектом дозы.
Загрузите образец проекта.
sbioloadproject radiodecay.sbprojМодель SimBiology с именем m1 загружается в Рабочее пространство MATLAB. Модель является простой моделью радиоактивного распада, в которой два вида (x и z) модифицируют следующей реакцией.
m1.Reactions
SimBiology Reaction Array Index: Reaction: 1 x -> z
Моделируйте модель и просматривайте результаты перед добавлением каких-либо граничных условий.
[t,x,names] = sbiosimulate(m1); plot(t,x); legend(names) xlabel('Time'); ylabel('Amount');
Добавление RepeatDose объект модели и укажите виды, которые будут дозироваться, суммарную дозу, график доз и модули.
d1 = adddose(m1,'d1','repeat'); set(d1,'TargetName','z','Amount',100.0,'Interval',1.0,'RepeatCount',8); set(d1,'TimeUnits','second','AmountUnits','molecule');
Установите BoundaryCondition видовых z быть верным так, чтобы вид был модифицирован объектом дозы d1, но не реакцией.
set(m1.species(2),'BoundaryCondition',true);Симулируйте модель путем применения объекта дозы.
[t2,x2,names] = sbiosimulate(m1,d1);
Постройте график результатов. Заметьте, что количество видов z модифицирован объектом повторной дозы, но не реакцией.
[t2,x2,names] = sbiosimulate(m1,d1); plot(t2,x2); legend(names); xlabel('Time'); ylabel('Amount');
Pratt, W.B., Galigniana, M.D., Morishima, Y., Murphy, P.J. (2004), Роль молекулярных шаперонов в действии стероидных рецепторов, Essays Biochem, 40: 41-58.