addspecies (model, compartment)

Создайте видовой объект и добавьте к отсечному объекту в объект модели

Синтаксис

speciesObj = addspecies(compObj, 'NameValue') speciesObj = addspecies(compObj, 'NameValue', InitialAmountValue) speciesObj = addspecies(modelObj, 'NameValue') speciesObj = addspecies(modelObj, 'NameValue', InitialAmountValue) speciesObj = addspecies(...'PropertyName', PropertyValue...)

Аргументы

`compObj`	`Compartment object`.
`modelObj`	`Model object` содержащего нуль или один отсек.
`NameValue`	Имя для видового объекта. Введите вектор символов, уникальный среди видов внутри `modelObj` или `compObj`. Видовые объекты идентифицируются по имени в `Event`, `ReactionRate`, и `Rule` свойства. Для получения информации об именовании видов смотрите `Name`. Можно использовать функцию `sbioselect` для поиска объекта с определенным `Name` значение свойства.
`InitialAmountValue`	Начальное значение для объекта вида. Введите `double`. Положительное вещественное число, значение по умолчанию `0`.
`PropertyName`	Введите имя допустимого свойства. Допустимые имена свойства перечислены в сводных данных свойств.
`PropertyValue`	Введите значение свойства, указанного в `PropertyName`. Допустимые значения свойств перечислены на каждой странице с описанием свойств.

Описание

speciesObj = addspecies(compObj, 'NameValue') создает speciesObj, видовой объект и добавляет его в compObj, объект отсека. В видовом объекте этот метод присваивает NameValue на Name свойство, присваивает compObj на Parent свойство и присваивает 0 на InitialAmount свойство. В отсеке объекта этот метод добавляет видовой объект к Species свойство.

speciesObj = addspecies(compObj, 'NameValue', InitialAmountValue), в дополнение к вышесказанному, присваивает InitialAmountValue на InitialAmount свойство для видового объекта.

speciesObj = addspecies(modelObj, 'NameValue') создает speciesObj, видовой объект и добавляет его в compObj, объект отсека в modelObj, а Model object. Если modelObj не содержит никаких отсеков, создает compObj с Name свойство 'unnamed'. В видовом объекте этот метод присваивает NameValue на Name свойство, присваивает compObj на Parent свойство и присваивает 0 на InitialAmount свойство. В отсеке объекта этот метод добавляет видовой объект к Species свойство.

speciesObj = addspecies(modelObj, 'NameValue', InitialAmountValue), в дополнение к вышесказанному, присваивает InitialAmountValue на InitialAmount свойство для видового объекта.

Можно также добавить вид к реакции с помощью методов addreactant и addproduct.

Видовой объект должен иметь уникальное имя на уровне, на котором он создан. Например, объект-отсек не может содержать два вида объектов с именем H2O. Однако другой отсек может иметь вид, названный H2O.

Просмотрите свойства для видового объекта с get Команда и изменение свойств для видового объекта с set команда. Можно просмотреть сводную таблицу видовых объектов в отсеке (compObj) с get(compObj, 'Species') или свойства первого вида с get(compObj.Species(1)).

speciesObj = addspecies(...'PropertyName', PropertyValue...) задает дополнительные свойства. Пары имя свойства/ значение могут быть в любом формате, поддерживаемом функцией set (например, пары имя-значение, структуры и пары массива ячеек имя-значение). В сводных данных свойств на этой странице показан список свойств.

При наличии более одного объекта отсека (compObj) в модели необходимо указать название вида с именем отсека. Для примера, cell.glucose обозначает, что вы хотите поместить вид под названием glucose в отсек по наименованию cell. Дополнительно, если отсек назван cell не существует, процесс добавления реакции создает отсек и называет его cell.

Если вы изменяете имя вида, необходимо сконфигурировать все применимые элементы, такие как события и правила, которые используют вид, любой пользовательский ReactionRate, или свойство объекта кинетического закона SpeciesVariableNames. Используйте метод setspecies чтобы сконфигурировать SpeciesVariableNames.

Обновление имен видов в SimBiology^® графический пользовательский интерфейс, доступ к каждой соответствующей панели через Project Explorer. Вы также можете использовать функцию Find, чтобы найти имена, которые вы хотите обновить. Откроется панель Output с результатами Find. Дважды кликните строку результата, чтобы перейти в расположение компонента модели.

Имена видов автоматически обновляются для реакций, которые используют MassAction кинетический закон.

Сводные данные по методам

Методы для видовых объектов

copyobj	Скопируйте объект SimBiology и его дети
delete	Удаление объекта SimBiology
display	Отображение сводных данных по объекту SimBiology
findUsages (вид, параметр, отсек)	Узнайте, как вид, параметр или отсек используется в модели
get	Получите свойства объекта SimBiology
move	Переместите виды SimBiology или объект параметра к новому родительскому элементу
rename	Переименуйте объект и обновите выражения
set	Установите свойства объекта SimBiology

Сводные данные свойств

Свойства для видовых объектов

Active	Укажите объект, используемый во время симуляции
BoundaryCondition	Указать граничное условие вида
Constant	Задайте переменное или постоянное количество видов, значение параметров или емкость отсека
ConstantAmount	Задайте переменное или постоянное количество видов
InitialAmount	Исходное количество видов
InitialAmountUnits	Начальное количество видов модулей
Name	Задайте имя объекта
Notes	HTML, описывающий объект SimBiology
Parent	Укажите родительский объект
Tag	Задайте метку для объекта SimBiology
Type	Отобразите тип объекта SimBiology
Units	Модули для количества видов, значение параметров, емкость отсека, наблюдаемое выражение
UserData	Задайте данные для связи с объектом
Value	Значение вида, отсека или объекта параметра

Примеры

Добавьте два вида к модели, где один является реагентом, а другой - ферментом, катализирующим реакцию.

Создайте объект модели с именем my_model и добавить объект отсека.
```
modelObj = sbiomodel ('my_model');
compObj = addcompartment(modelObj, 'comp1');
```

Добавьте два видовых объекта с именем glucose_6_phosphate и glucose_6_phosphate_dehydrogenase.

speciesObj1 = addspecies (compObj, 'glucose_6_phosphate');
speciesObj2 = addspecies (compObj, ...
                         'glucose_6_phosphate_dehydrogenase');

Установите начальное количество glucose_6_phosphate на 100 и проверьте.
```
set (speciesObj1, 'InitialAmount',100);
get (speciesObj1, 'InitialAmount')
```
MATLAB возвращает:
```
ans =

   100
```

Использование get чтобы отметить, что modelObj содержит видовые объектные массивы.

get(compObj, 'Species')

MATLAB возвращает:

SimBiology Species Array

Index: Name:                             InitialAmount: InitialAmountUnits:
 1     glucose_6_phosphate                100               
 2     glucose_6_phosphate_dehydrogenase  0

Получите информацию о первых видах массива.

get(compObj.Species(1))
            Annotation: ''
     BoundaryCondition: 0
        ConstantAmount: 0
         InitialAmount: 100
    InitialAmountUnits: ''
                  Name: 'glucose_6_phosphate'
                 Notes: ''
                Parent: [1x1 SimBiology.Compartment]
                   Tag: ''
                  Type: 'species'
              UserData: []

См. также

Model object, Compartment object, addcompartment, addproduct, addreactant, addreaction, get, set

Введенный в R2006a

Документация