SimBiology® поддерживает различные методы оптимизации для задач оценки методом наименьших квадратов и смешанных эффектов. В зависимости от метода оптимизации, можно задать границы параметров для предполагаемых параметров, а также специфические для отклика модели ошибки, то есть модель ошибки для каждой переменной отклика. В следующей таблице представлены поддерживаемые методы оптимизации в SimBiology, опции подгонки и соответствующие тулбоксы, которые требуются в дополнение к MATLAB® и SimBiology.
| Метод | Требуется дополнительный тулбокс | Поддерживает ограничения параметров | Использует чувствительность параметра† | Специфические для ответа модели ошибок | Фиксированные или смешанные эффекты | Поддерживает алгоритм Стохастика EM | SimBiology функция для использования |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
fminsearch | — | Да * | Нет | Да | Фиксированный | Нет | sbiofit
|
| scattersearch | — | Да | Зависит от выбранного локального решателя. | Зависит от выбранного локального решателя. | Фиксированный | Нет | |
nlinfit (Statistics and Machine Learning Toolbox) | Statistics and Machine Learning Toolbox™ | Да * | Нет | Нет | Фиксированный | Нет | |
fminunc (Optimization Toolbox) | Optimization Toolbox™ | Да * | Да | Да | Фиксированный | Нет | |
fmincon (Optimization Toolbox) | Optimization Toolbox | Да | Да | Да | Фиксированный | Нет | |
lsqcurvefit (Optimization Toolbox) | Optimization Toolbox | Да | Да | Да | Фиксированный | Нет | |
lsqnonlin (Optimization Toolbox) | Optimization Toolbox | Да | Да | Да | Фиксированный | Нет | |
patternsearch (Global Optimization Toolbox) | Global Optimization Toolbox | Да | Нет | Да | Фиксированный | Нет | |
ga (Global Optimization Toolbox) | Global Optimization Toolbox | Да | Нет | Да | Фиксированный | Нет | |
particleswarm (Global Optimization Toolbox) | Global Optimization Toolbox | Да | Нет | Да | Фиксированный | Нет | |
nlmefit (Statistics and Machine Learning Toolbox) | Statistics and Machine Learning Toolbox | Нет | Нет | Нет | Смешанный | Нет | sbiofitmixed
|
nlmefitsa (Statistics and Machine Learning Toolbox) | Statistics and Machine Learning Toolbox | Нет | Нет | Нет | Смешанный | Да |
† Этот столбец указывает, позволяет ли алгоритм использовать чувствительности параметра для определения градиентов целевой функции.
* При использовании fminsearch, nlinfit, или fminunc с границами целевая функция возвращает Inf если ограничения превышены. Когда вы включаете такие опции, как FunValCheckоптимизация может ошибиться, если ограничения превышены во время оценки. При использовании nlinfitон может сообщать предупреждения о том, что якобиец является плохо обусловленным или не может оценить, является ли конечный результат слишком близким к границам.