bioma.data.ExptData class

Пакет: bioma.data
Суперклассы:

Содержите значения данных из эксперимента микромассивов

расширьте все на странице

Описание

Класс ExptData спроектирован, чтобы содержать значения данных, такие как значения экспрессии гена, из эксперимента микромассивов. Это хранит значения данных в одном или нескольких объектах DataMatrix, каждый имеющий те же имена строки (покажите имена), и имена столбцов (демонстрационные имена). Это предоставляет удобный способ связанным с хранилищем данным об эксперименте в одной структуре данных (объект). Это также позволяет вам справиться и подмножество данные.

Класс ExptData включает свойства и методы, которые позволяют вам доступ, получают и изменяют значения данных из эксперимента микромассивов. Эти свойства и методы полезны, чтобы просмотреть и анализировать данные.

Конструкция

EDobj = bioma.data.ExptData(Data1, Data2, ...) создает объект ExptData, из одной или нескольких матриц данных. Каждая матрица может быть логической матрицей, числовой матрицей или объектом DataMatrix.

EDobj = bioma.data.ExptData(..., {DMobj1, Name1}, {DMobj2, Name2}, ...) задает имя элемента для каждого объекта DataMatrix. Name# вектор символов или строка, задающая уникальное имя. Именами по умолчанию является Elmt1, Elmt2, и т.д.

EDobj = bioma.data.ExptData({Data1, Data2, ...}) создает объект ExptData, от массива ячеек матриц данных. Каждая матрица может быть логической матрицей, числовой матрицей или объектом DataMatrix.

EDobj = bioma.data.ExptData(..., 'PropertyName', PropertyValue) создает объект с помощью опций в виде имени свойства / пары значения свойства.

EDobj = bioma.data.ExptData(..., 'ElementNames', ElementNamesValue) задает имена элементов для матричных входных параметров. ElementNamesValue вектор строки или массив ячеек из символьных векторов. Именами по умолчанию является Elmt1, Elmt2, и т.д.

EDobj = bioma.data.ExptData(..., 'FeatureNames', FeatureNamesValue) задает имена функции (имена строки) для объекта ExptData..

EDobj = bioma.data.ExptData(..., 'SampleNames', SampleNamesValue) задает демонстрационные имена (имена столбцов) для объекта ExptData.

Входные параметры

Data#

Матрица значений экспериментальных данных, заданных любым следующим:

Все входные параметры должны иметь те же размерности. Все объекты DataMatrix должны также иметь те же имена строки и имена столбцов. Если вы предоставляете логические или числовые матрицы, bioma.data.ExptData преобразует их в объекты DataMatrix или с именами строки и столбца по умолчанию или с именами строки и столбца входных параметров DataMatrix, если обеспечено.

Строки должны соответствовать функциям, и столбцы должны соответствовать выборкам.

DMobj#

Имя переменной объекта DataMatrix в рабочем пространстве MATLAB.

Name#

Вектор символов или строка, задающая имя элемента для соответствующего объекта DataMatrix

ElementNamesValue

Массив ячеек из символьных векторов или вектор строки, который задает уникальные имена элементов для матричных входных параметров. Число элементов в ElementNamesValue должен равняться входным матрицам номера.

Значение по умолчанию: {Elmt1, Elmt2, ...}

FeatureNamesValue

Покажите имена (имена строки) для объекта ExptData, заданного одним из следующего:

  • Массив ячеек из символьных векторов

  • Массив символов

  • Вектор строки

  • Числовой или логический вектор

  • Вектор символов или строка, которая используется в качестве префикса для имен функции с числами функции, добавленными к префиксу

  • Логический true или false (значение по умолчанию). Если true, bioma.data.ExptData имена уникальной функции присвоений с помощью формата Feature1, Feature2, и т.д.

Если вы используете массив ячеек из символьных векторов, символьный массив, вектор строки, числовой или логический вектор, то число элементов должно быть равным в номере к количеству строк в Data1.

SampleNamesValue

Демонстрационные имена (имена столбцов) для объекта ExptData, заданного одним из следующего:

  • Массив ячеек из символьных векторов

  • Массив символов

  • Вектор строки

  • Числовой или логический вектор

  • Вектор символов или строка, которая используется в качестве префикса для демонстрационных имен с демонстрационными числами, добавленными к префиксу

  • Логический true или false (значение по умолчанию). Если true, bioma.data.ExptData присваивает уникальные демонстрационные имена с помощью формата Sample1, Sample2, и т.д.

Если вы используете массив ячеек из символьных векторов, символьный массив, вектор строки, числовой или логический вектор, то число элементов должно быть равным в номере к количеству столбцов в Data1. Если объект ExptData является частью объекта ExpressionSet, который содержит объект MetaData, демонстрационные имена (имена столбцов) в объекте ExptData должны совпадать с демонстрационными именами (имена строки) в объекте MetaData.

Свойства

ElementClass

Тип класса DataMatrix возражает в эксперименте

Массив ячеек из символьных векторов, задающий тип класса каждого объекта DataMatrix в объекте ExptData. Возможными значениями является MATLAB® классы, такие как single'double', и logical. Эта информация только для чтения.

Атрибуты:

SetAccessprivate

Name

Имя объекта ExptData.

Вектор символов, задающий имя объекта ExptData. Значением по умолчанию является [].

NElements

Число элементов в эксперименте

Положительное целое число, задающее число элементов (объекты DataMatrix) в данных об эксперименте. Это значение эквивалентно количеству объектов DataMatrix в объекте ExptData. Эта информация только для чтения.

Атрибуты:

SetAccessprivate

NFeatures

Количество функций в эксперименте

Положительное целое число, задающее количество функций в эксперименте. Это значение эквивалентно количеству строк в каждом объекте DataMatrix в объекте ExptData. Эта информация только для чтения.

Атрибуты:

SetAccessprivate

NSamples

Количество отсчетов в эксперименте

Положительное целое число, задающее количество отсчетов в эксперименте. Это значение эквивалентно количеству столбцов в каждом объекте DataMatrix в объекте ExptData. Эта информация только для чтения.

Атрибуты:

SetAccessprivate

Методы

объединениеОбъедините два объекта ExptData
dmNamesПолучите или установите Name свойства DataMatrix возражают в объекте ExptData
elementDataПолучите или установите элемент данных (объект DataMatrix) в объекте ExptData
elementNamesПолучите или имена элемента набора объектов DataMatrix в объекте ExptData
featureNamesПолучите или определите имена функции в объекте ExptData
isemptyОпределите, пуст ли объект ExptData
sampleNamesПолучите или определите демонстрационные имена в объекте ExptData
размерВозвратите размер объекта ExptData

Иерархия экземпляра

Объект ExpressionSet содержит объект ExptData. Объект ExptData содержит один или несколько объектов DataMatrix.

Атрибуты

Чтобы узнать об атрибутах классов, см. Атрибуты класса.

Копировать семантику

Значение. Чтобы изучить, как это влияет на ваше использование класса, смотрите Копирование Объектов.

Индексация

Объекты ExptData поддерживают 1D круглую скобку () индексирующий, чтобы извлечь, присвоить, и удалить данные.

Объекты ExptData не поддерживают:

  • Точка. индексация

  • Изогнутая фигурная скобка {} индексация

Примеры

свернуть все

Скрипт Open Live Script

В этом примере показано, как создать объект ExptData, содержащий один объект DataMatrix.

Импортируйте bioma.data пакет, чтобы сделать функции конструктора доступными.

import bioma.data.*

Создайте объект DataMatrix из .txt файла, содержащего значения выражения из эксперимента микромассивов.

dmObj = DataMatrix('File', 'mouseExprsData.txt');

Создайте объект ExptData из объекта DataMatrix.

EDObj = ExptData(dmObj)
EDObj = 
Experiment Data:
  500 features,  26 samples
  1 elements
  Element names: Elmt1

Ссылки

[1] Hovatta, я., Теннант, R S., Helton, R., и др. (2005). Glyoxalase 1 и редуктаза глутатиона 1 регулируют беспокойство в мышах. Природа 438, 662–666.

Смотрите также

| | | |

Темы

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте