Exponenta Banner

goannotread

Считайте аннотации из аннотированного файла Gene Ontology

свернуть все на странице

Синтаксис

Annotation = goannotread(File)
Annotation = goannotread(File, ...'Fields', FieldsValue, ...)
Annotation = goannotread(File, ...'Aspect', AspectValue, ...)

Входные параметры

File

Вектор символов или строка, задающая имя файла Генной онтологии (GO), аннотировали формат (GAF) файл.

FieldsValue

Вектор символов, строка, вектор строки или массив ячеек из символьных векторов, задающий одно или несколько полей, чтобы читать из Генной Онтологии, аннотировали файл. Значение по умолчанию должно считать все поля. Допустимые поля описаны ниже.

AspectValue

Вектор символов или строка, задающая один или несколько символов. Допустимые аспекты:

  • P — Биологический процесс

  • F — Молекулярная функция

  • C — Сотовый компонент

Значением по умолчанию является 'CFP', который задает, чтобы считать все аспекты.

Выходные аргументы

AnnotationMATLAB® массив структур, содержащих аннотации от Генной Онтологии, аннотировал файл.

Описание

Примечание

goannotread функционируйте GAF 1.0 поддержек и 2,0 форматов файлов.

Annotation = goannotread(File) преобразует содержимое File, Генная Онтология аннотировала файл в Annotation, массив структур. Файлам должен задать структуру Генный консорциум Онтологии, доступный в:

http://www.geneontology.org/

Annotation = goannotread (FilePropertyName ', PropertyValue, ...) вызовы goannotread с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:

Annotation = goannotread(File, ...'Fields', FieldsValue, ...) указывает, что поля, чтобы читать из Генной Онтологии аннотировали файл. FieldsValue вектор символов, строка, вектор строки или массив ячеек из символьных векторов, задающий одно или несколько полей. Значение по умолчанию должно считать все поля. Допустимые поля:

  • Database

  • DB_Object_ID

  • DB_Object_Symbol

  • Qualifier

  • GOid

  • DBReference

  • Evidence

  • WithFrom

  • Aspect

  • DB_Object_Name

  • Synonym

  • DB_Object_Type

  • Taxon

  • Date

  • Assigned_by

Annotation = goannotread(File, ...'Aspect', AspectValue, ...) указывает, что аспекты, чтобы читать из Генной Онтологии аннотировали файл. AspectValue вектор символов или строка, задающая один или несколько символов. Допустимые аспекты:

  • P — Биологический процесс

  • F — Молекулярная функция

  • C — Сотовый компонент

Значением по умолчанию является 'CFP', который задает, чтобы считать все аспекты.

Примеры

свернуть все

  1. Загрузите gene_association.sgd.gz, файл, содержащий GO аннотации для генных продуктов Saccharomyces cerevisiae, от веб-сайта генома дрожжей до вашей текущей папки MATLAB.

  2. Распакуйте файл с помощью gunzip функция.

    gunzip('gene_association.sgd.gz')

  3. Загрузите файл.

    SGDGenes = goannotread('gene_association.sgd');

  4. Создайте структуру с GO аннотации и отображение список первых пяти генов.

    S = struct2cell(SGDGenes);
genes = S(3,1:5)'

    genes = 

    '15S_RRNA'
    '15S_RRNA'
    '15S_RRNA'
    '15S_RRNA'
    '21S_RRNA'

  5. Можно ограничить аннотации генами, связанными с молекулярной функцией (F) и к полям для названия гена и связанного ID, то есть, DB_Object_Symbol и GOid.

    sgdSelect = goannotread('gene_association.sgd','Aspect','F','Fields',{'DB_Object_Symbol','GOid'})
    sgdSelect = 

  30701×1 struct array with fields:

    DB_Object_Symbol
    GOid

  6. Создайте список генов, и связанные ИДУТ термины.

    selectGenes = {sgdSelect.DB_Object_Symbol};
selectGO = [sgdSelect.GOid];

Смотрите также

| | | | | |

Представлено до R2006a

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка