reroot (phytree)

Измените корень филогенетического дерева

Синтаксис

Tree2 = reroot(Tree1)
Tree2 = reroot(Tree1, Node)
Tree2 = reroot(Tree1, Node, Distance)

Аргументы

Tree1

Филогенетическое дерево (phytree объект) созданный с функцией phytree.

NodeИндекс узла возвращен phytree методом объекта getbyname.
DistanceРасстояние от ссылочной ветви.

Описание

Tree2 = reroot(Tree1) изменяет корень филогенетического дерева (Tree1) использование метода средней точки. Средняя точка является местоположением, где средние значения продолжительностей ветви, по обе стороны от дерева, компенсируются. Исходный корень удален из дерева.

Tree2 = reroot(Tree1, Node) изменяет корень филогенетического дерева (Tree1) к узлу ветви с помощью индекса узла (Node). Новый корень помещается в половину расстояния между узлом ветви и его родительским элементом.

Tree2 = reroot(Tree1, Node, Distance) изменяет корень филогенетического дерева (Tree1) к новому корню на данном расстоянии (Distance) от ссылочного узла ветви (Node) к исходному корню дерева. Примечание: новая ветвь, представляющая корень в новом дереве (Tree2) помечен 'Root'.

Примеры

  1. Создайте ультраметрическое дерево.

    tr_1 = phytree([5 7;8 9;6 11; 1 2;3 4;10 12;...
                    14 16; 15 17;13 18])
    plot(tr_1,'branchlabels',true)

    Фигура с филогенетическими древовидными отображениями.

  2. Поместите корень в 'Branch 7'.

    sel = getbyname(tr_1,'Branch 7');
    tr_2 =  reroot(tr_1,sel)
    plot(tr_2,'branchlabels',true)

    Фигура филогенетического дерева отображается с корнем, перемещенным в центр ветви 7.

  3. Переместите корень в ветвь, которая делает дерево максимально ультраметрическим.

    tr_3 = reroot(tr_2)
    plot(tr_3,'branchlabels',true)

    Фигура нового дерева отображается с корнем, перемещенным от центра ветви 7, чтобы перейти 8.

Смотрите также

| | | | |

Представлено до R2006a
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте