Предварительно обработайте данные о чтении последовательности с помощью различных функций. Отфильтруйте чтения на основе качества секвенирования данных и обрежьте конечные остановки последовательностей. Выполните соответствие штрихкода (демультиплексирование), чтобы сгруппировать выборки на основе их штрихкодов. Разделите объединенные данные о последовательности парного конца в два отдельных файла. Вычислите качественную статистику и визуализируйте такую информацию с помощью графиков контроля качества.
seqfilter | Отфильтруйте последовательности на основе заданного критерия |
seqtrim | Последовательности для обрезки на основе заданного критерия |
seqsplit | Разделите последовательности в отдельные файлы на основе штрихкодов |
seqsplitpe | Разделите объединенные последовательности парного конца в отдельные файлы |
seqqcplot | Создайте графики контроля качества для качественных данных и последовательности |
Визуализируйте данные NGS Используя приложение Genomics Viewer
Используйте приложение Genomics Viewer для данных о выравнивании представления NGS для одного изменения нуклеотида цитохрома p450 ген.