dnds

Оцените синонимичные и несинонимичные уровни замены

Синтаксис

[Dn, Ds, Vardn, Vards] = dnds(SeqNT1, SeqNT2) [Dn, Ds, Vardn, Vards] = dnds(SeqNT1, SeqNT2, ...'GeneticCode', GeneticCodeValue, ...) [Dn, Ds, Vardn, Vards] = dnds(SeqNT1, SeqNT2, ...'Method', MethodValue, ...) [Dn, Ds, Vardn, Vards] = dnds(SeqNT1, SeqNT2, ...'Window', WindowValue, ...) [Dn, Ds, Vardn, Vards] = dnds(SeqNT1, SeqNT2, ...'AdjustStops', AdjustStopsValue, ...) [Dn, Ds, Vardn, Vards] = dnds(SeqNT1, SeqNT2, ...'Verbose', VerboseValue, ...)

Входные параметры

`SeqNT1`, `SeqNT2`	Последовательности нуклеотида. Введите вектор символов, строку или структуру с полем `Sequence`.
`GeneticCodeValue`	Свойство задать генетический код. Введите Номер кода, вектор символов или строку с Кодовым названием из таблицы Genetic Code. Если вы используете Кодовое название, можно обрезать его до первых двух символов. Значением по умолчанию является `1` или `Standard`.
`MethodValue`	Вектор символов или строка, задающая метод для вычисления уровней замены. Выбор: `NG` (значение по умолчанию) — Метод Nei-Gojobori (1986) использование количество синонимичных и несинонимичных замен и количество потенциально синонимичных и несинонимичных сайтов. На основе модели Jukes-Cantor. `LWL` — Метод Ли-У-Ло (1985) использование количество переходных и transversional замен на трех разных уровнях степени вырождения генетического кода. На основе модели 2D параметра Кимуры. `PBL` — Метод Pamilo-Bianchi-Li (1993) похож на метод Ли-У-Ло, но с коррекцией смещения. Используйте этот метод, когда количество переходов будет намного больше, чем количество трансверсий.
`WindowValue`	Целое число, задающее размер раздвижного окна, в кодонах, для вычисления уровней замены и отклонений.
`AdjustStopsValue`	Средства управления, исключены ли кодоны остановки из вычислений. Выбором является `true` (значение по умолчанию) или `false`.
`VerboseValue`	Свойство управлять отображением кодонов, рассмотренных в расчетах и их переводах аминокислоты. Выбором является `true` или `false` (значение по умолчанию). Совет Задайте `true` использовать это отображение, чтобы вручную проверить выравнивание кодона двух входных последовательностей. Присутствие кодонов остановки (``) в аминокислоте перевод может указать на тот `SeqNT1`* и `SeqNT2` не выравниваются кодоном.

Выходные аргументы

`Dn`	Несинонимичный уровень (уровни) замены.
`Ds`	Синонимичный уровень (уровни) замены.
`Vardn`	Отклонение для несинонимичного уровня (уровней) замены.
`Vards`	Отклонение для синонимичного уровня (уровней) замен.

Описание

[Dn, Ds, Vardn, Vards] = dnds(SeqNT1, SeqNT2) оценивает синонимичные и несинонимичные уровни замены на сайт между двумя гомологичными последовательностями нуклеотида, SeqNT1 и SeqNT2, путем сравнения кодонов с помощью метода Nei-Gojobori.

dnds возвращается:

Dn — Несинонимичный уровень (уровни) замены.
Ds — Синонимичный уровень (уровни) замены.
Vardn — Отклонение для несинонимичного уровня (уровней) замены.
Vards — Отклонение для синонимичного уровня (уровней) замен.

Этот анализ:

Принимает что последовательности нуклеотида, SeqNT1 и SeqNT2, выравниваются кодоном, то есть, не имейте сдвигов системы координат
Совет
Если ваши последовательности не выравниваются кодоном, используйте nt2aa функция, чтобы преобразовать их в последовательности аминокислот, используйте nwalign функционируйте, чтобы глобально выровнять их, затем использовать seqinsertgaps функция, чтобы восстановить соответствующие выровненные кодоном последовательности нуклеотида. Для примера смотрите Оценку синонимичные и несинонимичные уровни замены между двумя последовательностями нуклеотида.
Исключает кодоны, которые включают неоднозначные символы нуклеотида или разрывы
Рассматривает количество кодонов в короче двух последовательностей нуклеотида

Внимание

Если SeqNT1 и SeqNT2 являются слишком короткими или слишком расходящимися, насыщение может быть достигнуто, и dnds возвращает NaNs и предупреждающее сообщение.

[Dn, Ds, Vardn, Vards] = dnds (SeqNT1, SeqNT2PropertyName ', PropertyValue, ...) вызовы dnds с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:

[Dn, Ds, Vardn, Vards] = dnds(SeqNT1, SeqNT2, ...'GeneticCode', GeneticCodeValue, ...) вычисляет синонимичные и несинонимичные уровни замены с помощью заданного генетического кода. Введите Номер кода, вектор символов или строку с Кодовым названием из таблицы Genetic Code. Если вы используете Кодовое название, можно обрезать его до первых двух символов. Значением по умолчанию является 1 или Standard.

[Dn, Ds, Vardn, Vards] = dnds(SeqNT1, SeqNT2, ...'Method', MethodValue, ...) позволяет вам вычислять синонимичные и несинонимичные уровни замены с помощью следующих алгоритмов:

NG (значение по умолчанию) — Метод Nei-Gojobori (1986) использование количество синонимичных и несинонимичных замен и количество потенциально синонимичных и несинонимичных сайтов. На основе модели Jukes-Cantor.
LWL — Метод Ли-У-Ло (1985) использование количество переходных и transversional замен на трех разных уровнях степени вырождения генетического кода. На основе модели 2D параметра Кимуры.
PBL — Метод Pamilo-Bianchi-Li (1993) похож на метод Ли-У-Ло, но с коррекцией смещения. Используйте этот метод, когда количество переходов будет намного больше, чем количество трансверсий.

[Dn, Ds, Vardn, Vards] = dnds(SeqNT1, SeqNT2, ...'Window', WindowValue, ...) выполняет вычисления по раздвижному окну, заданному в кодонах. Каждый выход является массивом, содержащим уровень или отклонение для каждого окна.

[Dn, Ds, Vardn, Vards] = dnds(SeqNT1, SeqNT2, ...'AdjustStops', AdjustStopsValue, ...) средства управления, исключены ли кодоны остановки из вычислений. Выбором является true (значение по умолчанию) или false.

Совет

Когда 'AdjustStops' свойство установлено в true, следующее верно:

Остановитесь кодоны исключены из таблиц частот.
Пути, содержащие кодоны остановки, не считаются в методе Nei-Gojobori.

[Dn, Ds, Vardn, Vards] = dnds(SeqNT1, SeqNT2, ...'Verbose', VerboseValue, ...) управляет отображением кодонов, рассмотренных в расчетах и их переводах аминокислоты. Выбором является true или false (значение по умолчанию).

Совет

Задайте true использовать это отображение, чтобы вручную проверить выравнивание кодона двух входных последовательностей, SeqNT1 и SeqNT2. Присутствие кодонов остановки (*) в аминокислоте перевод может указать на тот SeqNT1 и SeqNT2 не выравниваются кодоном.

Примеры

свернуть все

Оцените синонимичные и несинонимичные уровни замены между двумя последовательностями нуклеотида

Скрипт Open Live Script

В этом примере показано, как оценить синонимичные и несинонимичные уровни замены между двумя последовательностями нуклеотида, которые не выравниваются кодоном.

Этот пример использует две последовательности нуклеотида, представляющие человеческий ген HEXA (инвентарный номер: NM_000520) и мышь ген HEXA (инвентарный номер: AK080777).

Если у вас есть живое интернет-соединение, можно использовать getgenbank функция, чтобы получить информацию о последовательности из репозитория данных NCBI и загрузить данные в MATLAB®.

humanHEXA = getgenbank('NM_000520');
mouseHEXA = getgenbank('AK080777');

Для вашего удобства MATLAB обеспечивает эти две последовательности в следующем матовом файле. Обратите внимание на то, что данные в общедоступных базах данных часто обновляются и курируются, и результаты в этом примере могут немного отличаться, если вы используете последние данные.

load hexosaminidase.mat

Извлеките области кодирования из двух последовательностей нуклеотида.

humanHEXA_cds = featureparse(humanHEXA,'feature','CDS','Sequence',true);
mouseHEXA_cds = featureparse(mouseHEXA,'feature','CDS','Sequence',true);

Выровняйте последовательности аминокислот, преобразованные от последовательностей нуклеотида.

[sc,al] = nwalign(nt2aa(humanHEXA_cds),nt2aa(mouseHEXA_cds),'extendgap',1);

Используйте seqinsertgaps функционируйте, чтобы скопировать разрывы от выровненных последовательностей аминокислот до их соответствующих последовательностей нуклеотида, таким образом выравнивание кодона их.

humanHEXA_aligned = seqinsertgaps(humanHEXA_cds,al(1,:))

humanHEXA_aligned = 
'atgacaagctccaggctttggttttcgctgctgctggcggcagcgttcgcaggacgggcgacggccctctggccctggcctcagaacttccaaacctccgaccagcgctacgtcctttacccgaacaactttcaattccagtacgatgtcagctcggccgcgcagcccggctgctcagtcctcgacgaggccttccagcgctatcgtgacctgcttttcggttccgggtcttggccccgtccttacctcacagggaaacggcatacactggagaagaatgtgttggttgtctctgtagtcacacctggatgtaaccagcttcctactttggagtcagtggagaattataccctgaccataaatgatgaccagtgtttactcctctctgagactgtctggggagctctccgaggtctggagacttttagccagcttgtttggaaatctgctgagggcacattctttatcaacaagactgagattgaggactttccccgctttcctcaccggggcttgctgttggatacatctcgccattacctgccactctctagcatcctggacactctggatgtcatggcgtacaataaattgaacgtgttccactggcatctggtagatgatccttccttcccatatgagagcttcacttttccagagctcatgagaaaggggtcctacaaccctgtcacccacatctacacagcacaggatgtgaaggaggtcattgaatacgcacggctccggggtatccgtgtgcttgcagagtttgacactcctggccacactttgtcctggggaccaggtatccctggattactgactccttgctactctgggtctgagccctctggcacctttggaccagtgaatcccagtctcaataatacctatgagttcatgagcacattcttcttagaagtcagctctgtcttcccagatttttatcttcatcttggaggagatgaggttgatttcacctgctggaagtccaacccagagatccaggactttatgaggaagaaaggcttcggtgaggacttcaagcagctggagtccttctacatccagacgctgctggacatcgtctcttcttatggcaagggctatgtggtgtggcaggaggtgtttgataataaagtaaagattcagccagacacaatcatacaggtgtggcgagaggatattccagtgaactatatgaaggagctggaactggtcaccaaggccggcttccgggcccttctctctgccccctggtacctgaaccgtatatcctatggccctgactggaaggatttctacatagtggaacccctggcatttgaaggtacccctgagcagaaggctctggtgattggtggagaggcttgtatgtggggagaatatgtggacaacacaaacctggtccccaggctctggcccagagcaggggctgttgccgaaaggctgtggagcaacaagttgacatctgacctgacatttgcctatgaacgtttgtcacacttccgctgtgaattgctgaggcgaggtgtccaggcccaacccctcaatgtaggcttctgtgagcaggagtttgaacagacctga'

mouseHEXA_aligned = seqinsertgaps(mouseHEXA_cds,al(3,:))

mouseHEXA_aligned = 
'atggccggctgcaggctctgggtttcgctgctgctggcggcggcgttggcttgcttggccacggcactgtggccgtggccccagtacatccaaacctaccaccggcgctacaccctgtaccccaacaacttccagttccggtaccatgtcagttcggccgcgcaggcgggctgcgtcgtcctcgacgaggcctttcgacgctaccgtaacctgctcttcggttccggctcttggccccgacccagcttctcaaataaacagcaaacgttggggaagaacattctggtggtctccgtcgtcacagctgaatgtaatgaatttcctaatttggagtcggtagaaaattacaccctaaccattaatgatgaccagtgtttactcgcctctgagactgtctggggcgctctccgaggtctggagactttcagtcagcttgtttggaaatcagctgagggcacgttctttatcaacaagacaaagattaaagactttcctcgattccctcaccggggcgtactgctggatacatctcgccattacctgccattgtctagcatcctggatacactggatgtcatggcatacaataaattcaacgtgttccactggcacttggtggacgactcttccttcccatatgagagcttcactttcccagagctcaccagaaaggggtccttcaaccctgtcactcacatctacacagcacaggatgtgaaggaggtcattgaatacgcaaggcttcggggtatccgtgtgctggcagaatttgacactcctggccacactttgtcctgggggccaggtgcccctgggttattaacaccttgctactctgggtctcatctctctggcacatttggaccggtgaaccccagtctcaacagcacctatgacttcatgagcacactcttcctggagatcagctcagtcttcccggacttttatctccacctgggaggggatgaagtcgacttcacctgctggaagtccaaccccaacatccaggccttcatgaagaaaaagggcttt---actgacttcaagcagctggagtccttctacatccagacgctgctggacatcgtctctgattatgacaagggctatgtggtgtggcaggaggtatttgataataaagtgaaggttcggccagatacaatcatacaggtgtggcgggaagaaatgccagtagagtacatgttggagatgcaagatatcaccagggctggcttccgggccctgctgtctgctccctggtacctgaaccgtgtaaagtatggccctgactggaaggacatgtacaaagtggagcccctggcgtttcatggtacgcctgaacagaaggctctggtcattggaggggaggcctgtatgtggggagagtatgtggacagcaccaacctggtccccagactctggcccagagcgggtgccgtcgctgagagactgtggagcagtaacctgacaactaatatagactttgcctttaaacgtttgtcgcatttccgttgtgagctggtgaggagaggaatccaggcccagcccatcagtgtaggctgctgtgagcaggagtttgagcagacttga'

Оцените синонимичные и несинонимичные уровни замен выровненных кодоном последовательностей нуклеотида и также отобразите кодоны, рассмотренные в расчетах и их переводах аминокислоты.

[nonsynSubRate,synSubRate] = dnds(humanHEXA_aligned,mouseHEXA_aligned,'verbose',true)

DNDS: 
Codons considered in the computations:
ATGACAAGCTCCAGGCTTTGGTTTTCGCTGCTGCTGGCGGCAGCGTTCGCAGGACGGGCGACGGCCCTCTGGCCCTGGCCTCAGAACTTCCAAACCTCCGACCAGCGCTACGTCCTTTACCCGAACAACTTTCAATTCCAGTACGATGTCAGCTCGGCCGCGCAGCCCGGCTGCTCAGTCCTCGACGAGGCCTTCCAGCGCTATCGTGACCTGCTTTTCGGTTCCGGGTCTTGGCCCCGTCCTTACCTCACAGGGAAACGGCATACACTGGAGAAGAATGTGTTGGTTGTCTCTGTAGTCACACCTGGATGTAACCAGCTTCCTACTTTGGAGTCAGTGGAGAATTATACCCTGACCATAAATGATGACCAGTGTTTACTCCTCTCTGAGACTGTCTGGGGAGCTCTCCGAGGTCTGGAGACTTTTAGCCAGCTTGTTTGGAAATCTGCTGAGGGCACATTCTTTATCAACAAGACTGAGATTGAGGACTTTCCCCGCTTTCCTCACCGGGGCTTGCTGTTGGATACATCTCGCCATTACCTGCCACTCTCTAGCATCCTGGACACTCTGGATGTCATGGCGTACAATAAATTGAACGTGTTCCACTGGCATCTGGTAGATGATCCTTCCTTCCCATATGAGAGCTTCACTTTTCCAGAGCTCATGAGAAAGGGGTCCTACAACCCTGTCACCCACATCTACACAGCACAGGATGTGAAGGAGGTCATTGAATACGCACGGCTCCGGGGTATCCGTGTGCTTGCAGAGTTTGACACTCCTGGCCACACTTTGTCCTGGGGACCAGGTATCCCTGGATTACTGACTCCTTGCTACTCTGGGTCTGAGCCCTCTGGCACCTTTGGACCAGTGAATCCCAGTCTCAATAATACCTATGAGTTCATGAGCACATTCTTCTTAGAAGTCAGCTCTGTCTTCCCAGATTTTTATCTTCATCTTGGAGGAGATGAGGTTGATTTCACCTGCTGGAAGTCCAACCCAGAGATCCAGGACTTTATGAGGAAGAAAGGCTTCGAGGACTTCAAGCAGCTGGAGTCCTTCTACATCCAGACGCTGCTGGACATCGTCTCTTCTTATGGCAAGGGCTATGTGGTGTGGCAGGAGGTGTTTGATAATAAAGTAAAGATTCAGCCAGACACAATCATACAGGTGTGGCGAGAGGATATTCCAGTGAACTATATGAAGGAGCTGGAACTGGTCACCAAGGCCGGCTTCCGGGCCCTTCTCTCTGCCCCCTGGTACCTGAACCGTATATCCTATGGCCCTGACTGGAAGGATTTCTACATAGTGGAACCCCTGGCATTTGAAGGTACCCCTGAGCAGAAGGCTCTGGTGATTGGTGGAGAGGCTTGTATGTGGGGAGAATATGTGGACAACACAAACCTGGTCCCCAGGCTCTGGCCCAGAGCAGGGGCTGTTGCCGAAAGGCTGTGGAGCAACAAGTTGACATCTGACCTGACATTTGCCTATGAACGTTTGTCACACTTCCGCTGTGAATTGCTGAGGCGAGGTGTCCAGGCCCAACCCCTCAATGTAGGCTTCTGTGAGCAGGAGTTTGAACAGACC
ATGGCCGGCTGCAGGCTCTGGGTTTCGCTGCTGCTGGCGGCGGCGTTGGCTTGCTTGGCCACGGCACTGTGGCCGTGGCCCCAGTACATCCAAACCTACCACCGGCGCTACACCCTGTACCCCAACAACTTCCAGTTCCGGTACCATGTCAGTTCGGCCGCGCAGGCGGGCTGCGTCGTCCTCGACGAGGCCTTTCGACGCTACCGTAACCTGCTCTTCGGTTCCGGCTCTTGGCCCCGACCCAGCTTCTCAAATAAACAGCAAACGTTGGGGAAGAACATTCTGGTGGTCTCCGTCGTCACAGCTGAATGTAATGAATTTCCTAATTTGGAGTCGGTAGAAAATTACACCCTAACCATTAATGATGACCAGTGTTTACTCGCCTCTGAGACTGTCTGGGGCGCTCTCCGAGGTCTGGAGACTTTCAGTCAGCTTGTTTGGAAATCAGCTGAGGGCACGTTCTTTATCAACAAGACAAAGATTAAAGACTTTCCTCGATTCCCTCACCGGGGCGTACTGCTGGATACATCTCGCCATTACCTGCCATTGTCTAGCATCCTGGATACACTGGATGTCATGGCATACAATAAATTCAACGTGTTCCACTGGCACTTGGTGGACGACTCTTCCTTCCCATATGAGAGCTTCACTTTCCCAGAGCTCACCAGAAAGGGGTCCTTCAACCCTGTCACTCACATCTACACAGCACAGGATGTGAAGGAGGTCATTGAATACGCAAGGCTTCGGGGTATCCGTGTGCTGGCAGAATTTGACACTCCTGGCCACACTTTGTCCTGGGGGCCAGGTGCCCCTGGGTTATTAACACCTTGCTACTCTGGGTCTCATCTCTCTGGCACATTTGGACCGGTGAACCCCAGTCTCAACAGCACCTATGACTTCATGAGCACACTCTTCCTGGAGATCAGCTCAGTCTTCCCGGACTTTTATCTCCACCTGGGAGGGGATGAAGTCGACTTCACCTGCTGGAAGTCCAACCCCAACATCCAGGCCTTCATGAAGAAAAAGGGCTTTACTGACTTCAAGCAGCTGGAGTCCTTCTACATCCAGACGCTGCTGGACATCGTCTCTGATTATGACAAGGGCTATGTGGTGTGGCAGGAGGTATTTGATAATAAAGTGAAGGTTCGGCCAGATACAATCATACAGGTGTGGCGGGAAGAAATGCCAGTAGAGTACATGTTGGAGATGCAAGATATCACCAGGGCTGGCTTCCGGGCCCTGCTGTCTGCTCCCTGGTACCTGAACCGTGTAAAGTATGGCCCTGACTGGAAGGACATGTACAAAGTGGAGCCCCTGGCGTTTCATGGTACGCCTGAACAGAAGGCTCTGGTCATTGGAGGGGAGGCCTGTATGTGGGGAGAGTATGTGGACAGCACCAACCTGGTCCCCAGACTCTGGCCCAGAGCGGGTGCCGTCGCTGAGAGACTGTGGAGCAGTAACCTGACAACTAATATAGACTTTGCCTTTAAACGTTTGTCGCATTTCCGTTGTGAGCTGGTGAGGAGAGGAATCCAGGCCCAGCCCATCAGTGTAGGCTGCTGTGAGCAGGAGTTTGAGCAGACT
Translations:
M  T  S  S  R  L  W  F  S  L  L  L  A  A  A  F  A  G  R  A  T  A  L  W  P  W  P  Q  N  F  Q  T  S  D  Q  R  Y  V  L  Y  P  N  N  F  Q  F  Q  Y  D  V  S  S  A  A  Q  P  G  C  S  V  L  D  E  A  F  Q  R  Y  R  D  L  L  F  G  S  G  S  W  P  R  P  Y  L  T  G  K  R  H  T  L  E  K  N  V  L  V  V  S  V  V  T  P  G  C  N  Q  L  P  T  L  E  S  V  E  N  Y  T  L  T  I  N  D  D  Q  C  L  L  L  S  E  T  V  W  G  A  L  R  G  L  E  T  F  S  Q  L  V  W  K  S  A  E  G  T  F  F  I  N  K  T  E  I  E  D  F  P  R  F  P  H  R  G  L  L  L  D  T  S  R  H  Y  L  P  L  S  S  I  L  D  T  L  D  V  M  A  Y  N  K  L  N  V  F  H  W  H  L  V  D  D  P  S  F  P  Y  E  S  F  T  F  P  E  L  M  R  K  G  S  Y  N  P  V  T  H  I  Y  T  A  Q  D  V  K  E  V  I  E  Y  A  R  L  R  G  I  R  V  L  A  E  F  D  T  P  G  H  T  L  S  W  G  P  G  I  P  G  L  L  T  P  C  Y  S  G  S  E  P  S  G  T  F  G  P  V  N  P  S  L  N  N  T  Y  E  F  M  S  T  F  F  L  E  V  S  S  V  F  P  D  F  Y  L  H  L  G  G  D  E  V  D  F  T  C  W  K  S  N  P  E  I  Q  D  F  M  R  K  K  G  F  E  D  F  K  Q  L  E  S  F  Y  I  Q  T  L  L  D  I  V  S  S  Y  G  K  G  Y  V  V  W  Q  E  V  F  D  N  K  V  K  I  Q  P  D  T  I  I  Q  V  W  R  E  D  I  P  V  N  Y  M  K  E  L  E  L  V  T  K  A  G  F  R  A  L  L  S  A  P  W  Y  L  N  R  I  S  Y  G  P  D  W  K  D  F  Y  I  V  E  P  L  A  F  E  G  T  P  E  Q  K  A  L  V  I  G  G  E  A  C  M  W  G  E  Y  V  D  N  T  N  L  V  P  R  L  W  P  R  A  G  A  V  A  E  R  L  W  S  N  K  L  T  S  D  L  T  F  A  Y  E  R  L  S  H  F  R  C  E  L  L  R  R  G  V  Q  A  Q  P  L  N  V  G  F  C  E  Q  E  F  E  Q  T  
M  A  G  C  R  L  W  V  S  L  L  L  A  A  A  L  A  C  L  A  T  A  L  W  P  W  P  Q  Y  I  Q  T  Y  H  R  R  Y  T  L  Y  P  N  N  F  Q  F  R  Y  H  V  S  S  A  A  Q  A  G  C  V  V  L  D  E  A  F  R  R  Y  R  N  L  L  F  G  S  G  S  W  P  R  P  S  F  S  N  K  Q  Q  T  L  G  K  N  I  L  V  V  S  V  V  T  A  E  C  N  E  F  P  N  L  E  S  V  E  N  Y  T  L  T  I  N  D  D  Q  C  L  L  A  S  E  T  V  W  G  A  L  R  G  L  E  T  F  S  Q  L  V  W  K  S  A  E  G  T  F  F  I  N  K  T  K  I  K  D  F  P  R  F  P  H  R  G  V  L  L  D  T  S  R  H  Y  L  P  L  S  S  I  L  D  T  L  D  V  M  A  Y  N  K  F  N  V  F  H  W  H  L  V  D  D  S  S  F  P  Y  E  S  F  T  F  P  E  L  T  R  K  G  S  F  N  P  V  T  H  I  Y  T  A  Q  D  V  K  E  V  I  E  Y  A  R  L  R  G  I  R  V  L  A  E  F  D  T  P  G  H  T  L  S  W  G  P  G  A  P  G  L  L  T  P  C  Y  S  G  S  H  L  S  G  T  F  G  P  V  N  P  S  L  N  S  T  Y  D  F  M  S  T  L  F  L  E  I  S  S  V  F  P  D  F  Y  L  H  L  G  G  D  E  V  D  F  T  C  W  K  S  N  P  N  I  Q  A  F  M  K  K  K  G  F  T  D  F  K  Q  L  E  S  F  Y  I  Q  T  L  L  D  I  V  S  D  Y  D  K  G  Y  V  V  W  Q  E  V  F  D  N  K  V  K  V  R  P  D  T  I  I  Q  V  W  R  E  E  M  P  V  E  Y  M  L  E  M  Q  D  I  T  R  A  G  F  R  A  L  L  S  A  P  W  Y  L  N  R  V  K  Y  G  P  D  W  K  D  M  Y  K  V  E  P  L  A  F  H  G  T  P  E  Q  K  A  L  V  I  G  G  E  A  C  M  W  G  E  Y  V  D  S  T  N  L  V  P  R  L  W  P  R  A  G  A  V  A  E  R  L  W  S  S  N  L  T  T  N  I  D  F  A  F  K  R  L  S  H  F  R  C  E  L  V  R  R  G  I  Q  A  Q  P  I  S  V  G  C  C  E  Q  E  F  E  Q  T

nonsynSubRate = 0.0933

synSubRate = 0.5181

Ссылки

[1] Литий, W., Ву, C. и Ло, C. (1985). Новый метод для оценки синонимичных и несинонимичных уровней замены нуклеотида, рассматривая относительную вероятность нуклеотида и изменений кодона. Молекулярная биология и Эволюция 2 (2), 150–174.

[2] Nei, M. и Gojobori, T. (1986). Простые методы для оценки количеств синонимичных и несинонимичных замен нуклеотида. Молекулярная биология и Эволюция 3 (5), 418–426.

[3] Nei, M. и Чжин, L. (1989). Отклонения средних количеств замен нуклеотида в и между популяциями. Молекулярная биология и Эволюция 6 (3), 290–300.

[4] Nei, M. и Кумар, S. (2000). Синонимичные и несинонимичные замены нуклеотида” в Молекулярной Эволюции и Филогенетике (издательство Оксфордского университета).

[5] Pamilo, P. и Бьянки, N. (1993). Эволюция Zfx И генов Zfy: уровни и взаимозависимость между генами. Молекулярная биология и Эволюция 10 (2), 271–281.

Темы

Представлено до R2006a

Документация