emblread

Считайте данные из файла EMBL

Синтаксис

EMBLData = emblread(File) EMBLSeq = emblread (File, 'SequenceOnly', SequenceOnlyValue) EMBLSeq = emblread (File, 'TimeOut', TimeOutValue)

Входные параметры

`File`	Любое из следующего: Вектор символов или строка, задающая имя файла, путь и имя файла или URL, указывающий на файл. Файл, на который ссылаются, является EMBL-отформатированным файлом. Если вы задаете только имя файла, тот файл должен быть на MATLAB^® путь поиска файлов или в Текущей папке MATLAB. Вектор символов или строка, которая содержит текст EMBL-отформатированного файла Совет Можно использовать `getembl` функция с `'ToFile'` свойство получить данные от базы данных European Molecular Biology Laboratory (EMBL) и создать EMBL-отформатированный файл.
`SequenceOnlyValue`	Управляет чтением только последовательности без метаданных. Выбором является `true` или `false` (значение по умолчанию).
`TimeOutValue`	Тайм-аут связи в секундах в виде положительной скалярной величины. Значение по умолчанию равняется 5. Для получения дополнительной информации смотрите здесь.

Выходные аргументы

`EMBLData`	Структура с полями, соответствующими данным EMBL.
`EMBLSeq`	Вектор символов, представляющий последовательность.

Описание

EMBLData = emblread(File) считывает данные из File, EMBL-отформатированный файл, и создает EMBLData, структура MATLAB, содержащая поля, соответствующие 2D символьной линии EMBL, вводит код, на основе релиза 107 формата плоского файла EMBL-Bank. Каждый код типа линии хранится как отдельный элемент в структуре. Для списка 2D символьных кодов типа линии EMBL см. ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/embl/doc/usrman.txt.

Примечание

Информация о топологии не была включена в плоские файлы EMBL перед релизом 87 базы данных. При чтении файла, созданного перед релизом 87, EMBLREAD возвращает пустой Identification.Topology поле .

Примечание

Имя записи больше не отображается в линии ID плоских файлов EMBL в релизе 87. При чтении файла, созданного в релизе 87, EMBLREAD возвращает инвентарный номер в Identification.EntryName поле .

EMBLSeq = emblread (File, 'SequenceOnly', SequenceOnlyValue) управляет чтением только последовательности без метаданных. Выбором является true или false (значение по умолчанию).

EMBLSeq = emblread (File, 'TimeOut', TimeOutValue) устанавливает тайм-аут связи (в секундах) считывать данные из удаленного файла или URL.

Примеры

свернуть все

Считайте информации последовательности из файла EMBL

Открыть скрипт

Загрузите информацию о последовательности с сети и сохраните в файл.

out = getembl('X00558','ToFile','rat_protein.txt');

Считайте данные из файла EMBL.

seqData = emblread('rat_protein.txt')

seqData = 

  struct with fields:

            Identification: [1×1 struct]
                 Accession: 'X00558'
           SequenceVersion: 'X00558.1'
               DateCreated: '13-JUN-1985  Rel. 06, Created '
               DateUpdated: '18-APR-2005  Rel. 83, Last updated, Version 4 '
               Description: 'Rat liver apolipoprotein A-I mRNA  apoA-I    ...'
                   Keyword: 'apolipoprotein; lipoprotein; signal peptide. ...'
           OrganismSpecies: 'Rattus norvegicus  Norway rat                ...'
    OrganismClassification: [3×75 char]
                 Organelle: ''
                 Reference: {[1×1 struct]}
    DatabaseCrossReference: [4×75 char]
                  Comments: ''
                  Assembly: ''
                   Feature: [22×75 char]
                 BaseCount: [1×1 struct]
                  Sequence: 'agctccgggggaggtcgcccacatccttcgggatgaaagctgcag...'

Представлено до R2006a

Документация