Получите информацию о последовательности из базы данных EMBL
EMBLData = getembl(AccessionNumber)
EMBLData = getembl(...,
'ToFile', ToFileValue, ...)
EMBLSeq = getembl(...,
'SequenceOnly', SequenceOnlyValue, ...)
EMBLSeq = getembl(...,
'TimeOut', TimeOutValue, ...)
AccessionNumber | Уникальный идентификатор для записи последовательности. Введите уникальную комбинацию букв и чисел. |
ToFileValue | Вектор символов, задающий имя файла или путь и имя файла, к которому можно сохранить данные. Если вы задаете только имя файла, файл хранится в текущей папке. |
SequenceOnlyValue | Управляет получением только последовательности без метаданных. Выбором является true или false (значение по умолчанию). |
TimeOutValue | Тайм-аут связи в секундах в виде положительной скалярной величины. Значение по умолчанию равняется 5. Для получения дополнительной информации смотрите здесь. |
EMBLData | MATLAB® структура с полями, соответствующими данным EMBL. |
EMBLSeq | Вектор символов MATLAB, представляющий последовательность. |
getembl получает информацию из базы данных European Molecular Biology Laboratory (EMBL) для последовательностей нуклеотида. Эта база данных обеспечена Европейским институтом биоинформатики (EBI). Для получения дополнительной информации о базе данных EMBL, смотрите
EMBLData = getembl(AccessionNumber)https://www.ebi.ac.uk/) и возвращает EMBLData, структура MATLAB с полями, соответствующими 2D символьной линии EMBL, вводит код. Каждый код типа линии хранится как отдельный элемент в структуре.
EMBLData содержит следующие поля.
| Поле |
|---|
Identification |
Accession |
SequenceVersion |
DateCreated |
DateUpdated |
Description |
Keyword |
OrganismSpecies |
OrganismClassification |
Organelle |
Reference |
DatabaseCrossReference |
Comments |
Assembly |
Feature |
BaseCount |
Sequence |
EMBLData = getembl (..., 'PropertyName', PropertyValue, ...)getembl с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
сохраняет информацию к EMBL-отформатированному файлу. EMBLData = getembl(...,
'ToFile', ToFileValue, ...)ToFileValue вектор символов, задающий имя файла или путь и имя файла, к которому можно сохранить данные. Если вы задаете только имя файла, файл хранится в текущей папке.
Совет
Считайте EMBL-отформатированный файл назад в программное обеспечение MATLAB с помощью emblread функция.
EMBLSeq = getembl(...,
'SequenceOnly', SequenceOnlyValue, ...)true или false (значение по умолчанию).
EMBLSeq = getembl(...,
'TimeOut', TimeOutValue, ...)
Получите данные для аполипопротеина печени крысы A-I.
emblout = getembl('X00558')
Получите данные для аполипопротеина печени крысы A-I и сохраните его в файл rat_protein. Если вы задаете имя файла без пути, файл хранится в текущей папке.
emblout = getembl('X00558','ToFile','c:\project\rat_protein.txt')
Получите только последовательность для аполипопротеина печени крысы A-I.
Seq = getembl('X00558','SequenceOnly',true)
emblread | getgenbank | getgenpept | getpdb | seqviewer