Считайте данные из файла FASTA
FASTAData = fastaread(File)
[Header, Sequence]
= fastaread(File)
... = fastaread(File,
...'IgnoreGaps', IgnoreGapsValue, ...)
... = fastaread(File, ...'Blockread', BlockreadValue,
...)
... = fastaread(File, ...'TrimHeaders', TrimHeadersValue,
...)
... = fastaread(File, ...'TimeOut', TimeOutValue,
...)
File | Любое из следующего:
|
IgnoreGapsValue | Управляет удалением символов разрыва. Выбором является true или false (значение по умолчанию). |
BlockreadValue | Скаляр или вектор, который управляет чтением одной записи последовательности или блоком записей последовательности из FASTA-отформатированного файла, содержащего несколько последовательностей. Введите скалярный N считать Nзапись th в файле. Введите вектор 1 на 2 [ считать блок записей, запускающихся в M1 запись и заканчивающийся в M2 запись. Считать все остающиеся записи в файле, запускающемся в M1 запись, введите положительное значение для M1 и введите Inf для M2. |
TrimHeadersValue | Задает, обрезать ли заголовок после первого пробельного символа. Пробельные символы включают пробел (char (32)) и вкладка (char (9)). Выбором является |
TimeOutValue | Тайм-аут связи в секундах в виде положительной скалярной величины. Значение по умолчанию равняется 5. Для получения дополнительной информации смотрите здесь. |
FASTAData | Структура MATLAB с полями Header и Sequence. |
fastaread считывает данные из FASTA-отформатированного файла в структуру MATLAB со следующими полями.
| Поле | Описание |
|---|---|
Header | Информация о заголовке. |
Sequence | Одно представление алфавитного кода последовательности нуклеотида. |
FASTA-отформатированный файл начинается с правой угловой скобки (>) и однострочное описание. После этого описания последовательность как серия линий с меньше, чем 80 'characters'. Последовательности должны использовать стандартную аминокислоту IUB/IUPAC и алфавитные коды нуклеотида.
Для списка кодов смотрите aminolookup и baselookup.
FASTAData = fastaread(File)FASTAData.HeaderFASTAData.Sequence
[ считывает данные из файла в отдельные переменные. Если файл содержит несколько последовательностей, то Header, Sequence]
= fastaread(File)Header и Sequence массивы ячеек информации о последовательности и заголовка.
... = fastaread ( вызовы FilePropertyName ', PropertyValue, ...)fastaread с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Имя свойства / пары значения может быть в любом формате, поддержанном функциональным set (например, пары "имя-значение" и структуры). Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
... = fastaread(, когда File,
...'IgnoreGaps', IgnoreGapsValue, ...)IgnoreGapsValue true, удаляет любой символ разрыва ('-' или '.') от последовательностей. Значением по умолчанию является false.
... = fastaread( позволяет вам читать в одной записи последовательности или блоке записей последовательности из файла, содержащего несколько последовательностей. Если File, ...'Blockread', BlockreadValue,
...)BlockreadValue скалярный N, затем fastaread читает Nзапись th в файле. Если BlockreadValue вектор 1 на 2 [M1, M2], затем fastaread читает блок записей, запускающихся в M1 запись и заканчивающийся в M2 запись. Считать все остающиеся записи в файле, запускающемся в M1 запись, введите положительное значение для M1 и введите Inf для M2.
... = fastaread( задает, обрезать ли заголовок к первому пробелу. File, ...'TrimHeaders', TrimHeadersValue,
...)
... = fastaread( задает тайм-аут связи (в секундах), чтобы считать данные из удаленного файла или URL.File, ...'TimeOut', TimeOutValue,
...)
aminolookup | baselookup | BioIndexedFile | emblread | fastainfo | fastawrite | fastqinfo | fastqread | fastqwrite | genbankread | genpeptread | multialignread | saminfo | samread | seqprofile | seqviewer | sffinfo | sffread